I.
PENDAHULUAN
I.1 Latar Latar Bela Belakan kang g Bioteknologi berasal dari dua kata, yaitu ‘bio’ yang yang berarti makhuk
hidup dan ‘teknologi’ yang berarti cara untuk memproduksi barang. Dengan definisi tersebut bioteknologi bukan merupakan sesuatu yang baru. Nenek moyang kita telah memanfaatkan mikroba untuk membuat produk-produk berguna seperti tempe, oncom, tape, arak, terasi, kecap, yogurt, dan nata de coco .Hampir semua antibiotik berasal dari mikroba, demikian pula enzimenzim yang dipakai untuk membuat sirop fruktosa hingga pencuci pakaian. Biot Biotek ekno nolo logi gi
adal adalah ah
peng penggu guna naan an
biok biokim imia, ia,
mikr mikrob obio iolo logi gi,,
dan dan
rekayasa genetika secara terpadu, untuk menghasilkan barang atau lainnya bagi kepentingan manusia.Biokimia mempelaari struktur kimia!i organisme. "ekayasa "ekayasa genetika genetika adalah aplikasi genetik genetik dengan dengan mentransplanta mentransplantasi si gen dari satu organisme ke organisme lain. #ada #ada masa masa seka sekaran rang g ini ini biote biotekn knol olog ogii berk berkem emba bang ng sang sangat at pesa pesat, t, terutama di negara negara mau. $emauan ini ditandai dengan ditemukannya berbagai macam teknologi semisal rekayasa genetika, kultur aringan, DN% rekombinan, pengembangbiakan sel induk, kloning, dan lain-lain. Bioteknologi merupakan cabang ilmu yang mempelaari pemanfaatan makhluk hidup &bakteri, amur, 'irus( maupun produk dari makhluk hidup &enzim, alkohol( dalam proses produksi untuk menghasilkan barang dan asa. #enggunaan biokimia, mikrobiologi, dan rekayasa genetika bertuuan untuk menghasilkan barang atau lainnya bagi kepentingan manusia. Dengan kata lain, bioteknologi adalah ilmu terapan yang menggabungkan berbagai cabang ilmu dalam proses produksi barang dan asa &)erck, *++(. #ada bioteknologi uga dipelaari mengenai teknik ekstraksi DN%. kstraksi DN% adalah langkah pertama yang sangat penting dalam langkah langkah kera analisis DN% se/uencing. )etode untuk isolasi asam nukleat sering sering dikerak dikerakan an mengguna menggunakan kan
pengha penghancu ncuran ran mekanik mekanik atau metode metode
kimia!i, yang kadang kadang uga ter otomatisasi. Baik metode ekstraksi manual manual maupun maupun otomat otomatis is yang yang diguna digunakan kan,, kita kita harus harus berhat berhati-h i-hati ati untuk untuk meminimalisir meminimalisir degradasi DN%, dengan dengan menghindar menghindarii ekspos ekspos terhadap terhadap panas, cahay cahaya, a, freeze freeze-t -tha ha! ! yang beru berulan lang g - ulan ulang g dan dan 'orte 'orte0. 0. 1ela 1elan nut utny nya, a,
labo labora rato tori rium um
haru haruss
diat diatu ur
sede sedem mikia ikian n
rupa rupa
untu ntuk
memin eminim imal alis isir ir
kemungkinan kontaminasi silang diantara sample &Bro!n 233*(. Dengan Dengan banyak banyakny nyaa fungsi fungsi DN% bagi kehidu kehidupan pan manusi manusia, a, maka maka dilakukanlah modul praktikum tentang 4isualisasi DN% agar praktikan lebih mengerti apa itu DN% dan fungsinya. fungsinya. I.2 I.2 Tujuan juan )elat )elatih ih prak prakti tikan kan untu untuk k dapat dapat cara cara meng mengek ekst strak raksi si DN% DN% secara secara •
•
sederhana. )elatih )elatih prakti praktikan kan untuk untuk dapat dapat melihat melihat presip presipita itasi si DN% dari hasil hasil
•
ekstraksi. )elatih praktikan untuk dapat melakukan analisa hasil ekstraksi DN%.
II. 2.1
DNA
TINJAUAN PUSTAKA
DN% adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DN% terdapat pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. #erbedaan di antara ketiganya adalah5 DN% nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DN% mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. 1elain itu, DN% mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya me!ariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu &1emagn, $., Bornstad, %., Ndiondop, ).N, *++6(. DN% merupakan persenya!aan kimia yang paling penting pada makhluk hidup, yang memba!a keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya. )olekul DN% terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol. )olekul DN% pada nucleus memiliki bentuk sebagai benang lurus dan tidak bercabang, sedangkan DN% yang terletak pada mitokondria dan plastida berbentuk lingkaran. $omponen basa nitrogen pada DN% terdiri dari %denina &%(, 7imina &7(, 1itosina &8(, 9uanina &9( &:amilah, *++(. DN% bukanlah suatu molekul tunggal, nampaknya ia adalah sepasang molekul yang digandeng oleh ikatan hidrogen5 DN% tersusun sebagai untai komplementer dengan ikatan hidrogen di antara mereka. )asing-masing untai DN% adalah rantai kimia batu bata penyusun, yakni nukleotida, yang terdiri dari empat tipe5 %denine &%(, 8ytosine &8(, 9uanine &9( dan 7hymine &7(. DN% mengandung informasi genetika yang di!ariskan oleh keturunan dari suatu organisme; informasi ini ditentukan oleh barisan pasangan basa. 1ebuah untai DN% mengandung gen, sebagai cetak biru organisme. DN% membuat genom organisme &1emagn, $., Bornstad, %., Ndiondop, ).N, *++6(. DN% pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 2<6< oleh ilmu!an 1!iss =riedrich )iescher , di 7ubingen, :erman yang menamainya nuclein berdasarkan lokasinya di dalam inti sel. Namun demikian, penelitian terhadap peranan DN% di dalam sel baru dimulai pada a!al abad *+, bersamaan dengan ditemukannya postulat genetika )endel. DN% dan protein dianggap dua molekul yang paling memungkinkan sebagai pemba!a sifat genetis berdasarkan teori tersebut. &4an Berkum, 233(.
%sam nukleat merupakan molekul makro yang memberi keterangan tiap asam nukleat mempunyai urutan nukleotida yang unik sama seperti urutan asam amino yang unik dari suatu protein tertentu karena asam nukleat merupakan rantai polimer yang tersusun dari satuan monomer yang disebut nukleotida. :ames >atson dan =rancis 8rick memenangkan Nobel di tahun 236* mengenai model penyatuan struktur DN%. Bersama dengan "osalind =ranklin dan )aurice >ilkins, mereka menyatakan bah!a struktur DN% merupakan dua untaian nukleotida yang disebut dengan double heli0, dimana untaian tersebut tersusun secara spiral dengan posisi gula dan gugus fosfat terletak di sisi luar dan basa-basa nitrogen saling berpasangan di sisi dalam &menyambung kedua untaian tersebut &:amilah, *++(.
2.2
Ekstraksi DNA
kstraksi DN% adalah langkah pertama yang sangat penting dalam analisis DN% se/uencing. $ualitas secara keseluruhan, akurasi dan panang pembacaan urutan basa DN% dapat dipengaruhi secara signifikan oleh karakter sample itu sendiri, dan metode yang dipakai untuk ekstraksi DN%. )engisolasi DN% dengan kualitas tinggi dari berbagai enis sample memiliki tantangan tersendiri, dan metode yang ideal akan beragam bergantung pada enis aringan?tissue &termasuk darah(, bagaimana ia diperoleh dari sumbernya, dan bagaimana sample ditangani atau disimpan sebelum diekstrak. )etode untuk isolasi asam nukleat sering dikerakan menggunakan penghancuran mekanik atau metode kimia!i, yang kadang-kadang uga terotomatisasi. Baik metode ekstraksi manual maupun otomatis yang digunakan, kita harus berhati-hati untuk meminimalisir degradasi DN%, dengan menghindari ekspos terhadap panas, cahaya, freeze-tha! yang berulang-ulang dan 'orte0. 1elanutnya, laboratorium harus diatur sedemikian rupa untuk meminimalisir kemungkinan kontaminasi silang diantara sample eters, 233@(. DN% memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan komponen-komponennya, yaitu gula pentosa &deoksiribosa(, gugus fosfat, dan pasangan basa. #asangan basa pada DN% terdiri atas dua macam, yaitu basa purin dan pirimidin. Basa purin terdiri atas adenin &%( dan guanin &9( yang memiliki
struktur cincin-ganda, sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin &8( dan timin &7( yang memiliki struktur cincin-tunggal. $etika 9uanin berikatan dengan 1itosin, maka akan terbentuk tiga ikatan hidrogen, sedangkan ketika %denin berikatan dengan 7imin maka hanya akan terbentuk dua ikatan hidrogen. 1atu komponen pembangun &building block( DN% terdiri atas satu gula pentosa, satu gugus fosfat dan satu pasang basa yang disebut nukleotida &)ichel #eyrard, *++A(. )etode yang digunakan untuk mengisolasi DN% dari berbagai enis tanaman, organ tanaman, maupun aringannya dapat dilakukan dengan berbagai cara. Namun pada intinya terdapat tiga faktor utama yang sangat penting untuk dalam melakukan purifikasi dan ekstraksi DN% secara maksimal. #ertama adalah cara dalam menghomogenkan aringan tanaman khususnya adalah dinding selnya. $edua adalah komposisi dari larutan buffer yang ditambahkan dalam penggerusan aringan tanaman dan yang ketiga adalah penghilangan enzim penghambat polisakarida &)ichel #eyrard, *++A(. kstraksi
merupakan
suatu
proses
pemisahan
suatu
bahan
dari
campurannya dengan menggunakan pelarut yang berbeda yang tidak saling campur. 8ara yang paling sederhana adalah dengan ekstraksi bertahap, yaitu cukup dengan hanya menambahkan pelarut pengekstraksi yang tidak saling campur dengan pelarut semula. $emudian dikocok sehingga teradi keseimbangan konsentrasi zat yang akan diekstraksi dan dicapai suatu lapisan kemudian didiamkan dan dipisahkan &)ichel #eyrard, *++A(. 2.3
Elektr!resis
lektroforesis
adalah
teknik
pemisahan
komponen
atau
molekul
bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik . )edan listrik dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan. 7eknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul, misalnya DN% yang bermuatan negatif. :ika molekul yang bermuatan negatif dile!atkan melalui suatu medium, kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang berla!anan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif& >estermeier, *++A(.
lektroforesis digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi, dan memurnikan fragmen DN%. 1ecara teknis, elektroforesis merupakan istilah yang diberikan untuk migrasi partikel yang bermuatan akibat diberikan arus listrik searah atau D8 &Direct 8urrent(. 7eknik elektroforesis ditentukan oleh ciri molekular ionik dan adanya muatan sebagai sifat fisik. %rah dan lau pergerakan tergantung pada spot dan intensitas muatan ionik. Bufer elektroda digunakan untuk konduktor arus dengan menadi embatan konduksi diantara dua elektroda sehingga memungkinkan teradinya aliran medan listrik. 7eknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul misalnya DN% yang bermuatan negatif. :ika molekul yang bermuatan negatif dile!atkan melalui suatu medium, kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang berla!anan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. $ecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya &e!is, *++@(. lektroferesis merupakan teknik pemisahan suatu partikel, spesies, ion atau partikel koloid berdasarkan kemampuan berpindah melalui medium konduktif, biasanya berupa larutan bufer, sebagai respon adanya suatu medan listrik. #rinsip kera dari elektroforesis adalah adanya pergerakan komponen bermuatan positif &C( pada kutub negatif &-( serta komponen bermuatan negatif &-( pada kutub positif &C(. #egerakan yang teradi disebut elektrokinetik . Hasil yang didapatkan dari elektroforesis adalaha elektroforegram yang memberikan informasi mengenai seberapa cepat perpindahan komponen &tm( atau biasa disebut kecepatan migrasi. Besaran yang digunakan sama dengan pada proses kromatografi &)adha'an et al., *++<(. )enurut
#eters
&233@(,
berikut
ini
adalah
macam-macam
dari
elektroforesis 5 2.
lektroforesis $ertas lektroforesis kertas adalah enis elektroforesis yang terdiri dari kertas
sebagai fase diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ialah ion-ion kompleks. #emisahan ini teradi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanang sistem
pemisahan. #ergerakan partikel dalam kertas
tergantung pada muatan atau 'alensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang digunakan, konsentrasi elektrolit, kekuatan ion, pH, 'iskositas, dan adsorpsi'itas zat terlarut &%nonym, *+22(. *.
lektroforesis 9el lektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase
diam untuk memisahkan molekul-molekul. %!alnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel kani &sebagai fase diam( untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-protein. $emudian elektroforesis gel berkembang dengan menadikan agarosa dan poliakrilamida sebagai gel media. Dalam elektroforesis gel terdapat dua material dasar yang disebut fase diam dan fase bergerak &eluen(. =ase diam berfungsi menyaring obek yang akan dipisah, sementara fase bergerak berfungsi memba!a obek yang akan dipisah. 1ering kali ditambahkan larutan penyangga pada fase bergerak untuk menaga kestabilan obek elektroforesis gel. lektroda positif dan negatif diletakkan pada masingmasing uung aparat elektroforesis gel &:amilah, *++(. @.
lektroforesis $apiler lektroforesis kapiler adalah metode elektroforesis yang digunakan untuk
memisahkan asam amino, protein, lipid, karbohidrat, dan nukleotida dengan resolusi tinggi yang dilakukan pada pipa kapiler berisi buffer. )etode ini mulai digunakan secara luas pada akhir tahun 23A+ untuk aplikasi dalam berbagai bidang
seperti
bioteknologi,
kimia,
lingkungan,
dan
analisis
farmasi.
lektroforesis kapiler menggunakan listrik bertegangan tinggi yang menyebabkan semua komponen ion atau molekul netral bergerak ke katoda. Deteksi dapat dilakukan dengan teknik pendeteksian spektrometri atau elektrokimia. 7eknik pemisahan ini dipengaruhi oleh tegangan listrik, koefisien difusi, panang, dan diameter pipa kapiler, serta konsentrasi sampel. )etode ini memiliki efisiensi danselekti'itas yang baik namun boros listrik karena menggunakan tegangan tinggi dan alatnya uga mahal &:amilah, *++(.
2."
DNA La##er
DN% adder berfungsi sebagai DN% marker yaitu penanda untuk membandingkan dengan DN% yang dipisahkan dengan metode elektroforesis. DN% yang dipisahkan dapat dibandingkan ukuran DN% dengan membandingkan posisi dari DN% yang terpisahkan dengan posisi DN% pada ladder. #osisi dari DN% ditentukan berdasarkan umlah pasang basa yang terdapat pada DN%. :ika salah satu band DN% ladder memiliki posisi yang sama dengan band DN% yang terpisahkan maka DN% tersebut memiliki ukuran yang sama dengan DN% tersebut pada ladder. Namun, metode pembadingan menggunakan DN% ladder tidak begitu akurat. )etode ini cukup membantu ika penelitian membutuhkan data yang bersifat kualitatif &4all'ey et. al., 233E(. DN% ladder merupakan salah satu komponen elektoforesis, Dna ladder digunakan untuk membandingkan ukuran panang basa pada fragmen DN% sampel. #emendaran yang dihasilkan dihasilkan oleh pe!arna lBr dapat dilihat menggunakan sinar F4 &:amilah, *++(. #ada DN% ladder terdiri dari satu set fragmen DN% dengan ukuran yang berbeda. =ragmen DN% dipisahkan dan di'isualisasikan sebagai pita DN% pada gel. #ita DN% dipisahkan bersama-sama terlihat seperti ladder &tangga( pada gel. DN% ladder dalam elektroforesis gel digunakan untuk menentukan ukuran dan umlah fragmen tes DN% dari genom &Gubaidah, *++A(. DN% ladder yang ukurannya sudah diketahui dimasukkan uga ke dalam gel untuk mengidentifikasi DN%. %garose gel elektroforesis a dalah suatu prosedur yang
terdiri
dari
pengisian
DN%
dalam
agarose
gel
dan
kemudian
menghubungkan arus listrik pada gel. 1ebagai hasilnya, rantai DN% yang lebih kecil bergerak lebih cepat dari pada rantai yang lebih besar melalui gel menuu arus positif &Hays, *++(.
III.
$ATE%I DAN $ET&DE
3.1 'aktu #an Te()at
Hari ? 7anggal 5 1elasa, *6 %pril *+26 >aktu
5 2A.++ 26.++ >B
7empat5 aboratorium )ikrobiologi aut 9edung =#$ FND# 3.2 Alat #an Ba*an 3.2.1
Alat Praktiku( +isualissasi Ekstraksi DNA
7abel 2.%lat #raktikum4isualisasi kstraksi DN% No 2
Nama %lat 7abung
9ambar
=ungsi 1ebagai tempat sampel ekstraksi
1entrifuge + m *
9elas
1ebagai !adah buffer lisis
Beaker
@
1aringan
1ebagai alat untuk menyaring ekstrak sampel
A
$ertas
1ebagai alat untuk membantu
1aring
dalam proses penyaringan
#lastik
1ebagai tempat menghancurkan
Giplock
sampel sebelum dilarutkan dengan larutan buffer lisis
6
abel
1ebagai alat untuk menandai sampel
3.2.1.1 Alat Praktiku( Elektr!resis
7abel *. %lat#raktikum#raktikum lektroforesis N
Nama %lat
9ambar
=ungsi
I 2
#erangkat
1ebagai alat dalam proses
9el
elektroforesis
lektrofor *
esis F4-
1ebagai alat untuk
luminator
mem'isualisasikan DN% selalu dicampur dengan loading dye ? dirunning dalam DN%
@
elektroforesis 1ebagai !adah untuk loading dye
#ara film $ertas
A
)icropipe
1ebagai alat untuk mengambil
t
loading dye dan menghomogenkannya dengan ekstrak sampel
3.2.2
Ba*an Praktiku( +isualisasi Ekstraksi DNA
7abel @.Bahan #raktikum4isualisasi kstraksi DN% No
Nama
2
1hampo 2+ m
9ambar
=ungsi Bahan untuk membuat larutan buffer lysis
*
9aram
Bahan untuk membuat larutan
iodium
buffer lysis
@
1tra!berry
1ampel yang akan digunakan
A
#isang
1ampel yang akan digunakan
"umput
1ampel yang akan digunakan
aut
6
%/uabides 3+ m
E
<
%lkohol
Bahan untuk membuat larutan buffer lysis
Fntuk proses presipitasi
3J
&pemekatan(
nzim
Bahan untuk membuat larutan
embersih
buffer lysis
kacamata(
3.2.2.1 Ba*an Praktiku( Elektr!resis
7abel A.Bahan #raktikum lektroforesis No
Nama
2
9el %garose
9ambar
=ungsi 1ebagai media untuk meletakkan sampel saat dilakukan elektroforesis
*
oading
1ebagai pemberat agar tidak keluar
Dye
@
dari sumuran
Buffer 7%
1ebagai penyangga dan media
2J
penghanntar listrik yang tepat
A
DN%
Fntuk dicampurkan di
eader AKl
elektroforesis
$etiga
1ampel yang akan dielektroforesis
sampel yang telah diekstraksi
3.2
$et#e 3.2.1
+isualisasi Ekstraksi DNA
Buat buffer lysis sebanyak 2++ m dengan mengambil 3+ m a/uabides dan 2+ m detergent, serta L sendok garam
arutan buffer lysis diaduk sampai homogen dengan menggunakan pengaduk
1ampel ekstraksi DN% &pisang, stra!berry, rumput laut( dimasukkan masing-masing pada plastik zip-lock yang berbeda
1ampel dihaluskan dengan diremas-remas
1etelah sampel ekstrak halus, buffer lysis sebanyak 2+ m dituangkan kedalam plastik ziplock yang berisi ekstrak halus dan tutup kembali plastik ziplock
Buffer lysis dan sampel ekstrak yang telah dihaluskan dihomogenkan dengan meremas plastik selama *-@ menit
1etelah homogen, sampel dan buffer lysis yang telah bercampur disaring denganmenggunakankertassaringdansaringanpadagelassteril.
1aringan diaduk secara perlahan hingga sari cairan ekstrak menetes ke tabung sentrifuge
1isa ampas ekstrak kemudian dibuang
%lkohol 3J sebanyak @+ m dituangkan pada tabung sentrifuge ber'olume + m menggunakan pipet gondok
DN% akan mulai mengalami presipitasi sehingga akan muncul benang-benang halus kemudian amati hingga beberapa menit
8airan sari ekstrak dituangkan pada tabung sentrifuge, kemudian tuang alkohol dan homogenkan
Hasil ekstraksi kemudian disiapkan untuk selanutnya akan dianalisa menggunakan gel elektroforesis
3.2.2
,el Elektr!resis
9el agarose 2J disiapkan pada perangkat gel elektroforesis
9el agarose 2J diletakkan pada mesin elektroforesis dan ditambahkan buffer 7% 20 hingga terendam
1ebanyak 2m loading dye dan @m sampel dicampurkan hingga homogeny menggunakan mikropipet
$emudian loading dye dan sampel dimasukkan kedalam sumur gel agarose
#roses elektroforesis dilakukan dengan mengalirkan listrik sebesar 2++ 'olt selama @+ menit
$emudian gel diamati menggunakanmesin F4-transluminator
1elesai
I+.
HASIL DAN PE$BAHASAN
I+.1 Hasil I+.1.1 Ekstraksi DNA
&9ambar 2. Hasil ekstraksi DN% dari sampel stra!berry(
&9ambar *. Hasil ekstraksi DN% dari sampel rumput laut(
&9ambar @. Hasil ekstraksi DN% dari sampel pisang( I+.1.2 ,el Elektr!resis
&9ambar A. 1umuran gel agarose(
&9ambar . Hasil 'isualisasi(
".2
Pe(-a*asan ".2.1
Ekstraksi DNA
Dalam praktikum ekstraksi DN% kali ini menggunakan beberapa bahan yaitu stra!berry, rumput laut, dan pisang. Dari beberapa bahan yng digunakan seperti stra!berry, rumput laut, dan pisang memilki sifat yang lunak, 1ehingga mudah untuk dihancurkan tanpa menggunakan alat. Dengan
sifatnya
yang
lunak
maka
proses
pengahncuran
dapat
menggunakan dengan cara di remas menggunakan tangan saa. #ada proses
ekstraksi
DN% menggunakan metode
ekstraksi
sederhana,
disamping mudah dan tidak terlalu mahal uga hasil tidak terlalu lama. 7ekhnik ekstraksi DN% memerlukan lisis buffer yang dalam praktikum ini menggunakan bahan shampoo dengan fungsi sebagai katalisator yan mempercepat proses ekstraksi. $emudiam dilanutkan dengan ekstraksi protein dengan menggunakan larutan alkohol 3J. alu ditambahkan enzim untuk bisa mengikat protein-protein yang terdapat dalam DN% kedua buah tersebut. $emurnian DN% dapat diketahui dengan menggunakan elektroforesis untuk mengetahui keutuhan relati'e DN% tersebut. =ungsi shampo dalam isolasi DN% dalam proses isolasi DN% adalah untuk melisiskan barier &penghalang( sel secara kimia sebagai pengganti senya!a kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel
antara lain lisozim yang dapat mendegesti senya!a polimerik yang akan menyebabkan kekakuan sel dan til ndiamintetra %setat &D7%( yang berfungsi
untuk
menghilangkan
ion
)g*C
yang
penting
untuk
mempertahankan keseluruhan struktur selubung sel, serta menghambat enzim-enzim seluler yang dapat merusak DN% &ion )g*C merupakan kofaktor penting bagi DN%se yang biasa memakan DN%(. %da tahap untuk melakukan isolasi DN%, yaitu5 isolasi sel, pelisisan dinding dan membran sel, pengekstraksian dalam larutan, #ada isolasi DN% kedua buah tersebutdidapatkan hasil, DN% naik keatas setelah diberi alcohol dengan !arna dari DN% itu sendiri ber!arna bening dan berupa benang-benang putih. kstrak sel tersebut ditambahkan protease, fungsi protease adalah mendegradasi protein dan ditambahkan "Nase menggunakan pembersih kacamata yang berfungsi untuk mendegradasi "N%, sehingga yang tinggal adalah DN%. arutan DN% kemudian di presipitasi dengan dilarutkan lagi menggunakan alkohol. #ada proses penghancuran aringan sampel yang teradi di a!al proses isolasi DN%, teradi pelepasan senya!a polifenol dan polisakarida. #olisakarida mengalami kompresipitasi dengan asam nukleat saat presipitasi dengan penambahan alkohol sehingga terbentuk suatu matriks seperti lem dalam umlah berlebihan sedangkan senya!a polifenol yang teroksidasi akan mengadakan ikatan ko'alen dengan DN% yang membentuk suatu senya!a kompleks ber!arna kecokelatan. Hal ini dapat menyebabkan DN% menadi kental, sulit larut secara sempurna dan sulit di pipet meskipun telah dilarutkan dalam larutan buffer. %kan tetapi ika ditinau dari sudut pandang media, DN% yang baik adalah DN% yang serupa pintalan benang. =aktor penambahan garam ke dalam larutan shampo pada proses isolasi DN% bertuuan untuk melarutkan DN% hal itu karena ion NaC yang dikandung oleh garam mampu memblokir &membentuk ikatan( dengan kutub negatif fosfat DN%, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekulmolekul saling tolak menolak satu sama lain sehinggga pada saat ion NaC membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DN%, DN% akan
terkumpul. Dari pernyataan tersebut maka dapat disimpulkan yaitu5 selain digunakan untuk menghilangkan protein, karbohidrat dan menaga kesetabilan pH lysing buffer, garam uga berfungsi pada saat proses pemekatan DN%. $onsentrasi DN% yang terpresipitasi tergantung dari beberapa hal,misalnya keenceran sumber DN% yang digunakan. 1emakin encer filtrat, maka DN% yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Dari sampel yang telah diekstraksi DN%, sampel pisang gagal dan tidak terbentuk benang-benang DN%. Hal tersebut dikarenakan saat proses penghalusan sampel kurang lembut. 1edangkan pada sampel stra!berry dan sampel ikan terbentuk benang-benang DN% setelah dipresipitasi dengan alkohol. #ada saat proses penambahan alkohol, larutan akan seperti terbalik untuk beberapa saat, dan akhirnya alkohol akan berada di bagian atas tabung, sementara filtrat berada di bagian dasar tabung. 1ifat itu karena alkohol memiliki densitas &kerapatan( yang lebih kecil dibandingkan air. DN% akan tampak nyata sebagai strands &unting( putih atau suatu bahan yang kental dengan gelembung udara yang terperangkap di dalamnya. 9elembung ini yang akan menyebabkan DN% naik ke bagian atas lar utan. I+.1.3 ,el Elektr!resis #ada gel elektroforesis menggunakan gel agarose 2J dan buffer
7% 20. 9el agarose sendir berfungsi sebagai media untuk memisahkan DN% berukuran lebih dari 2++bp. 1edangkan buffer 7% 20 berfungsi sebagai penyangga dan media penghantar listrik yang tepat. #ada saat proses gel agarose dan buffer 7% sudah tercetak di perangkat gel elektoforesis, maka sampel dapat dimasukkan. #roses elektroforesis sendiri dilakukan dengan cara mengalirkan sebesar 2++ 4IH selama + menit. #rinsip dalam gel elektroforesis adalah pemisahan terhadap campuran bahan dengan muatan listrik yang berbeda-beda. Hasil dari ekstraksi DN% berupa benang-benang DN% yang kemudian diambil sebanyak AKl dan dicampurkan dengan loading dye sebanyak 2Kl dengan menggunakan bantuan mikropipet. =ungsi oading dye adalah sebagai pemberat dari benang-benang DN% agar tidak berceceran saat masuk
kedalam gel agarose. #ada saat proses elektroforesis selesai, hasil dari se/uence DN% dapat dilihat di F4-7ransluminator. 7etapi, pada praktikum sift * mendapatkan hasil yang gagal. Hal tersebut karena hasil tidak muncul saat dilihat di F4-7ransluminator. Hasil yang gagal dapat disebabkan oleh berbagai faktor seperti faktor human error atau kesalahan praktikan sendiri pada saat melakukan ektraksi DN% danpada saat memindahkan sampel ke gel agarose sehingga hasilnya tidak muncul.
+.
PENUTUP
+.1 Kesi()ulan #ada praktikum ini metode yang digunakan dalam proses ekstraksi •
•
DN% yaitu )etode $on'ensional. #roses presipitasi ekstraksi DN% menggunakan larutan alkohol yang dituangkan ke dalam sampel yang telah dihaluskan untuk mendapatkan * macam fraksi yang terpisah &supernatan pada bagian atas dan pelet
•
pada bagian ba!ah(. DN% yang telah diekstraksi akan terlihat seperti benang-benang putih tipis yang bergerak ke atas larutan.
+.2 Saran #ahami terlebih dahulu materi yang akan digunakan pada saaat •
•
praktikum #raktikan lebih berhati-hati dan teliti dalam praktikum.
DATA% PUSTAKA
Bro!n, . >. 233*. Character Regognition by Feature Point Extraction College of Computer and Information Science. 8ooper &*+++(. The Cell - !olecular pproach "edi#i $e-%& . 1underland &)%(5 1inauer %ssociates. hlm. Heredity, 9enes, and DN%. 1BN +-B. Hays, ana. *++. Introduction to '( Extraction. Diaksespadahari1elasa 26 :uni *+2pukul +<.++ >B. :amilah. *++. Pengaruh )erbagai !acam 'etergen* Penambahan En+im* dan E$#tra$ (ana# "nana# comu#u# ",& !err& Terhadap a#il I#ola#i '( )erbagai !acam )uah Sebagai Topi$ Pra$ti$um !ata$uliah .eneti$a . 1kripsi tidak diterbitkan. )alang5 Fni'ersitas Negeri )alang e!is, ". *++@. uman genetic#/ Concept# and application#. 7he )c9ra!-Hills 8ompany, nc., Boston5 0'iii C AA hlm. )adha'an 9, Iakley B, $un . *++<. Career 'e0elopment in )ioengineering and )iotechnology. Ne! Mork5 1pringerCBusiness media, 8. )erck.
Biotechnology
nstitute.
*++.
1hat
i#
biotechnology.
http5??!!!.biotechinstitute.org?!hatis?. Diaksespadahari1elasa 26 :uni *+2pukul *@.++ >B #eters #. 233@. )iotechnology/ .uide To .enetic Engineering2 1m C )ro3n5 %1.
1mith :. *++A. )iotechnology / Studie# in )iology2 Ed $e-4. 8ambridge5 nggris. 4an Berkum, #., ".. 7ully, and D.. $eister. 233. (on-pigmented and bacteriochlorophyll-containing bradyrhi+obia i#olated from e#chynomene indica2 ppl2 5 En02 !icrobiol . 65 6*@-6*3. Gubaidah, 1iti. *++A. Identifi$a#i* 6aria#i .eneti$* 'i#tribu#i dan 7paya Elimina#i )a$teri Penyebab C6P' "Citru# 6ein Phloem 'egeneration&. Desertasi tidak diterbitkan. )alang5 #rogram #asca 1arana Fni'ersitas Bra!iaya.
D&KU$ENTASI
,a(-ar 1. %lat dan bahan disiapkan
,a(-ar 2. 1ampel rumput laut yang
sudah dihancurkan.
,a(-ar 3. 1ampel pisang yang sudah
,a(-ar ". 1ampel stra!berry yang
dihancurkan.
sudah dihancurkan.
,a(-ar /. ysis buffer siap
,a(-ar 0. 1ampel pisang
digunakan.
ditambahkan 2+ ml lysis buffer.
,a(-ar . 1ampel stra!berry
,a(-ar . 1ampel rumput laut
ditambahkan 2+ ml lysis buffer.
ditambahkan 2+ ml lysis buffer.
,a(-ar 14. 1ampel pisang disaring ,a(-ar . 1ampel stra!berry
agar di dapat ekstraknya.
disaring agar di dapat ekstraknya.
,a(-ar 11. Hasil ekstrak ketiga
,a(-ar 12. Hasil ekstraksi pada
sampel masing-masing ditambahkan
sampel stra!berry, terlihat pita bening
alkohol sebanyak @+ ml.
yang berarti terdapat pita DN%.
,a(-ar 13. Hasil ekstraksi pada
,a(-ar 1". Hasil ekstraksi pada
sampel pisang, tidak terlihat pita
sampel rumput laut, terlihat pita
bening &transparan( karena sampel
bening &transparan( yang berarti
kurang halus.
terdapat pita DN%.
,a(-ar 21. #ita DN% masing-
,a(-ar 22.1ampel sebanyakA Kl dan
masing sampel diambil menggunakan
2 Kl loading dye dihomogenkan
mikrotip sebanyak A Kl.
menggunakan mikropipet.
,a(-ar 23. 8ampuran loading dye
dan sampel dimasukkan ke dalam
,a(-ar 2". #roses elektroforesis
sumur gel agarose.
dilakukan dengan mengalirkan listrik sebesar 2++ 'olt selama + menit.