NILAI DIAGNOSTIK VITEK2 DALAM IDENTIFIKASI GEN SHV, TEM, CTX-M DARI ISOLAT ESBL DIBANDINGKAN DENGAN HYBRI SPOT 24 PADA PASIEN RAWAT INAP DI RSUP DR KARIADI SEMARANG
TESIS
Diajukan untuk Memenuhi Sebagian dari Persyaratan Persyaratan Mendapatkan Gelar Keahlian di Bidang Mikrobiologi Klinik
Diajukan Oleh JIHAN SAMIRA
PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS ILMU PENYAKIT DALAM BAGIAN MIKROBIOLOGI KLINIK FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS DIPONEGORO 2018
1
DAFTAR ISI
.................................................................................................................................. 2 DAFTAR ISI ................................................................................................................................... ............................................................................................................ .................................................. 4 LEMBAR PENGESAHAN .......................................................... ................................................................................ ............. 5 PERNYATAAN KEASLIAN PENELITIAN ................................................................... ..................................................................................................................................... 6 PRAKATA ...................................................................................................................................... .......................................................................................................................... 7 DAFTAR TABEL ........................................................................................................................... ...................................................................................................................... ............................................................. 8 DAFTAR GAMBAR ......................................................... ................................................................................................................ .................................................. 9 DAFTAR SINGKATAN .............................................................. .............................................................................................................................. ................................................................................. .............. 10 BAB I ........................................................... ........................................................................................................................ ........................................................... 10 PENDAHULUAN ............................................................. .................................................................................................................... ........................................................... 10 1.1 Latar Belakang ......................................................... .................................................................................................... 13 1.2 Permasalahan Peneliti Penelitian an. .................................................................................................... ............................................................................................................... ................................................ 13 1.3 Tujuan Penelitian ............................................................... .............................................................................................................. ................................................ 13 1.3.1 Tujuan Umum .............................................................. ............................................................................................................. ................................................ 13 1.3.2 Tujuan Khusus ............................................................. ............................................................................................................ ................................................ 13 1.4 Manfaat Penelitian ............................................................ ......................................................................................... ...................... 13 1.4.1 Manfaat untuk pengetahuan ................................................................... ......................................................................................................... ................................................ 14 1.5 Orisinalitas Penelitian ......................................................... .......................................................................................................................................... 16 BAB II ........................................................................................................................................... ................................................................................................................ ............................................... 16 TINJAUAN PUSTAKA................................................................. .................................................................................................................... ........................................................... 16 2.1 Beta-laktam Beta-laktamase ase ......................................................... ................................................................................................ 18 2.2 Klasifikasi Beta-laktam Beta-laktamase ase ................................................................................................. ....................................................................................................... 18 2.2.1 Klasifikasi Ambler Klasifikasi Ambler ........................................................................................................
2.2.2 Klasifikasi Bush-Jacoby Medeiros ............................................................................... 21 2.3 Epidemiologi ESBL Extended-spectrum beta laktamase (ESBL) ...................................... 24 2.4 Jenis Extended-spectrum beta laktamase (ESBL) ............................................................... 27 2.5 Pemeriksaan Laboratorium Extended-spe Laboratorium Extended-spectrum ctrum beta lactamase lactamase (ESBL) ........................... 29 2.6 Faktor Risiko Kolonisasi dan infeksi bakteri penghasil Extendedpenghasil Extended-spectrum spectrum beta beta lactamase ...................................................................................................................................... ..................................................................... 31 (ESBL) ................................................................. 2.7 Terapi infeksi Organism Organismee penghasil Extendedpenghasil Extended-spectrum spectrum beta beta lactamase (ESBL) ............. 33 ......................................................................................................................................... ...................................................................... 40 BAB III ...................................................................
KERANGKA TEORI DAN KERANGKA KONSEP .................................................................. 40
2
DAFTAR ISI
.................................................................................................................................. 2 DAFTAR ISI ................................................................................................................................... ............................................................................................................ .................................................. 4 LEMBAR PENGESAHAN .......................................................... ................................................................................ ............. 5 PERNYATAAN KEASLIAN PENELITIAN ................................................................... ..................................................................................................................................... 6 PRAKATA ...................................................................................................................................... .......................................................................................................................... 7 DAFTAR TABEL ........................................................................................................................... ...................................................................................................................... ............................................................. 8 DAFTAR GAMBAR ......................................................... ................................................................................................................ .................................................. 9 DAFTAR SINGKATAN .............................................................. .............................................................................................................................. ................................................................................. .............. 10 BAB I ........................................................... ........................................................................................................................ ........................................................... 10 PENDAHULUAN ............................................................. .................................................................................................................... ........................................................... 10 1.1 Latar Belakang ......................................................... .................................................................................................... 13 1.2 Permasalahan Peneliti Penelitian an. .................................................................................................... ............................................................................................................... ................................................ 13 1.3 Tujuan Penelitian ............................................................... .............................................................................................................. ................................................ 13 1.3.1 Tujuan Umum .............................................................. ............................................................................................................. ................................................ 13 1.3.2 Tujuan Khusus ............................................................. ............................................................................................................ ................................................ 13 1.4 Manfaat Penelitian ............................................................ ......................................................................................... ...................... 13 1.4.1 Manfaat untuk pengetahuan ................................................................... ......................................................................................................... ................................................ 14 1.5 Orisinalitas Penelitian ......................................................... .......................................................................................................................................... 16 BAB II ........................................................................................................................................... ................................................................................................................ ............................................... 16 TINJAUAN PUSTAKA................................................................. .................................................................................................................... ........................................................... 16 2.1 Beta-laktam Beta-laktamase ase ......................................................... ................................................................................................ 18 2.2 Klasifikasi Beta-laktam Beta-laktamase ase ................................................................................................. ....................................................................................................... 18 2.2.1 Klasifikasi Ambler Klasifikasi Ambler ........................................................................................................
2.2.2 Klasifikasi Bush-Jacoby Medeiros ............................................................................... 21 2.3 Epidemiologi ESBL Extended-spectrum beta laktamase (ESBL) ...................................... 24 2.4 Jenis Extended-spectrum beta laktamase (ESBL) ............................................................... 27 2.5 Pemeriksaan Laboratorium Extended-spe Laboratorium Extended-spectrum ctrum beta lactamase lactamase (ESBL) ........................... 29 2.6 Faktor Risiko Kolonisasi dan infeksi bakteri penghasil Extendedpenghasil Extended-spectrum spectrum beta beta lactamase ...................................................................................................................................... ..................................................................... 31 (ESBL) ................................................................. 2.7 Terapi infeksi Organism Organismee penghasil Extendedpenghasil Extended-spectrum spectrum beta beta lactamase (ESBL) ............. 33 ......................................................................................................................................... ...................................................................... 40 BAB III ...................................................................
KERANGKA TEORI DAN KERANGKA KONSEP .................................................................. 40
2
.................................................................................................................... ........................................................... 40 3.1 Kerangka Teori.........................................................
3.2 Kerangk Kerangkaa Konsep ............................................................................................................... 41 ......................................................................................................................................... ...................................................................... 42 BAB IV ................................................................... ............................................................................................................. 42 METODE PENELITIAN ..............................................................................................................
4.1
Ruang Lingkup Penelitian ............................................................................................. 42
4.2
....................................................................................... ......................... 42 Tempat dan Waktu Penelitian ..............................................................
4.3
.................................................................................... ......................... 42 Jenis dan Rancang Rancangan an Penelitian ...........................................................
4.4
.................................................................................... ......................... 42 Populasi dan Sampel Penelitian ...........................................................
4.5
........................................................................................................ ............................................... 44 Variabel Penelitian .........................................................
4.6
..................................................................................................... 44 Definisi Operasiona Operasionall. .....................................................................................................
4.7
Alat dan Bahan .............................................................................................................. 45
4.8
.............................................................................................................. ................................................ 46 Alur Penelitian ..............................................................
4.9
............................................................................................................. ................................................ 46 Etika Penelitian .............................................................
4.10
.................................................................. ... Error! Bookmark not defined. Pengolah Data ...............................................................
4.11
............................................................................................................. ................................................ 46 Analisis Data .............................................................
................................................................................................................... ........................................................... 47 DAFTAR PUSTAKA ........................................................
3
LEMBAR PENGESAHAN
4
PERNYATAAN KEASLIAN PENELITIAN
5
PRAKATA
6
DAFTAR TABEL
Tabel 1. Orisinalitas penelitian Tabel 2. Klasifikasi beta laktamase berdasarkan Ambler Tabel 3. Klasifikasi beta laktamase berdasarkan Bush-Jacoby Medeiros Tabel 4. Faktor risiko kolonisasi bakteri penghasil ESBL Tabel 5. Rekomendasi terapi infeksi Organisme penghasil ESBL
7
DAFTAR GAMBAR
Gambar 1. Mekanisme resistensi penisilin .................................................................... 16 Gambar 2. Struktur Antibiotik beta laktamase inhibitor .............................................. 34
8
DAFTAR SINGKATAN
AMRIN
: Antimicrobial Resistance in Indonesia: prevalence and prevention
CDC
: Center or Disease Control and Prevention
CLSI
: The Clinical and Laboratory Standards Institute
CTX-M
: Cefotaxim Munich
ESBL
: Extended-Spectrum beta lactamase
KPC
: Klebsiella Producing Carbapenemases
NDM
: New Delhi Metalo Beta Lactamase (
NNIS
: National Nosocomial Infection Surveillance
PCR
: Polymerase Chain Reaction
SHV
: sulfhydryl variable
TEM
: Temoneira
9
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Dalam beberapa dekade terakhir infeksi yang diakibatkan oleh bakteri Enterobacteriaceae penghasil Extended-Spectrum beta lactamase (ESBL) semakin meningkat di berbagai belahan dunia. 2-4 Infeksi ini memberikan dampak yang signifikan bagi pasien rawat inap dikarenakan pilihan terapi infeksi untuk bakteri penghasil ESBL sangat terbatas dan menyebabkan angka mortalitas yang lebih tinggi. 3,
5-7
ESBL
merupakan enzim yang dapat menghidrolisis antibiotik beta laktam yang mengandung grup oxyimino seperti sefalosporin generasi ketiga dan aztreonam. Enzim ini dapat dihambat oleh beta laktamase inhibitor seperti asam klavulanat, sulbaktam, dan tazobaktam. ESBL berasal dari beta laktamase yang termutasi. Enzim ini sering ditemukan pada Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli dan basil Gram negatif lainnya.8 Esherichia coli merupakan patogen opportunistik yang selain menduduki posisi tertinggi penyebab insidensi infeksi saluran kemih 9, serta tertinggi sebagai bakteri penghasil ESBLs. Enterobacteriaceae penghasil ESBL bertanggung jawab terhadap kejadian wabah infeksi nosokomial, peningkatan morbiditas dan mortalitas, serta peningkatan biaya kesehatan.6, 7, 10-13 Di USA, National Nosocomial Infection Surveillance (NNIS) menemukan sejak
Januari 1998 sampai Juni 2002 didapati 6,1% dari 6.101 isolat Klebsiella pneumonia resisten terhadap sefalosporin generasi ke-tiga.14 Untuk wilayah Asia, isolat Klebsiella pneumonia penghasil ESBL di China untuk pertama kali dilaporkan pada tahun 1988 dan prevalensinya terus meningkat.15,
16
Survey nasional menunjukkan ESBL pada 5%-8%
isolat Eschericia coli di Korea, Jepang, Malaysia, dan Singapura, serta mencapai 12%24% di Thailand, Taiwan, Filipina, India dan Indonesia. 16-19 Di Indonesia sendiri, 10
terutama di RSUP Dr. Kariadi Semarang, selama kurun waktu 2004-2005 didapatkan proporsi bakteri penghasil ESBL sebesar 50,6% berdasarkan tes skrining awal.12 Hasil penelitian Antimicrobial Resistance in Indonesia: prevalence and prevention (AMRIN Study) di RS dr Soetomo Surabaya tahun 2010-2011 menemukan bahwa kejadian ESBL cukup tinggi yakni 29% pada E. coli dan 36% pada K. pneumonia. Penelitian di Medan, tahun 2012 oleh Mayasari melaporkan dari 282 sampel urin dengan kultur positif, diperoleh kejadian ESBL E.coli 18,7%. Dari data di bagian Mikrobiologi RS H Adam Malik Medan, dijumpai kejadian infeksi ESBL yang cukup tinggi. Pada tahun 2012 kejadian ESBL 16,9% (12% ESBL K. pneumoniae dan 4,9% ESBL E.coli) meningkat menjadi 19,51% (12,24% ESBL K. pneumoniae dan 7,17% ESBL E.coli) pada tahun 2013.
Faktor risiko terjadinya kolonisasi kuman ESBL pada manusia ialah lama pemakaian antibiotik, lama perawatan di ICU/rumah sakit, instrumentasi/kateterisasi dan penyakit berat (severe
illness). Strategi
menghadapi
resistensi
antibiotik
yang
dilakukan oleh Center or Disease Control and Prevention (CDC) terdiri dari empat bagian, yaitu deteksi dan pemetaan pola resistensi antibiotik, respon terhadap perjangkitan (outbreaks) bakteri yang resisten terhadap antibiotik, pencegahan terjadinya infeksi dan penyebaran bakteri resisten serta penemuan antibiotik baru dan tes diagnostik baru untuk bakteri resisten. 7, 10-13 Deteksi mikroorganisme penghasil ESBL dapat dilakukan secara fenotipik dan genotipik. Identifikasi family Enterobacteriaceae dan konfirmasi ESBL di RSUP Dokter Kariadi Semarang menggunakan vitek 2 secara fenotipik. Vitek 2 memiliki tingkat keakuratan 90% untuk identifikasi family Enterebacteriaceae, dan sensitifitasnya 95,9% dalam mendetek si ESBL. Dalam jurnal “Unacceptably High Error Rates in Vitek 2 Testing of Cefepime Susceptibility in Extended-Spectrum- beta laktamase-Producing Escherichia coli” dikatakan bahwa vitek 2 memiliki tingkat erorr rate yang tinggi untuk
11
cefepime, sehingga perlu berhati-hati bagi para klinisi dalam memberikan terapi berdasarkan hasil tersebut. Metode PCR merupakan pemeriksaan teknik molekuler secara genotipik yang paling dapat diandalkan untuk identifikasi dan konfirmasi ESBL20 dan metode ini memiliki peran yang signifikan dalam laboratorium mikrobiologi klinis serta penting dalam pemilihan terapi.17Karateristik genotipe ESBL dapat membantu mengetahui substrat yang dihidrolisis oleh antibiotik dengan mengetahui jenis gen penyandi ESBL, seperti Temoneira (TEM), sulfhydryl variable (SHV) dan Cefotaxim Munich (CTX-M) sehingga dapat diketahui antibiotik yang sesuai untuk digunakan sebagai terapi empiris pada daerah tersebut. Gen pembawa ESBL seperti blaTEM-1, blaTEM-2,atau blaSHV-1 didapat dari mutasi yang mengubah konfigurasi asam amino di sekitar daerah yang aktif dari beta laktamase tersebut.5,
21
Jumlah varian ESBL terus meningkat
mencapai 300 varian ESBL berbeda yang diketahui. 8 ESBL yang bukan turunan TEM atau SHV telah banyak ditemukan belakangan ini.5,
22-25
Gen blaSHV-1 dan blaTEM-1
memiliki struktur yang mirip, 68 % asam amino yang ada di blaSHV-1 juga terdapat di blaTEM-1. blaSHV-1 sering ditemukan dalam K. pneumoniae. Sekitar 20% plasmidmediated ampicillin resistance disebabkan oleh organisme ini. 21,
26
Dalam dekade
terakhir, genotipe blaCTX-M banyak ditemukan pada Escherichia coli dan Klebsiella pneumonia yang terisolasi secara klinis di seluruh dunia.21 Di Indonesia sendiri, sebuah studi melaporkan bahwa blaCTX-M-15 merupakan gen beta laktamase dengan prevalensi paling tinggi pada Escherichia coli diikuti oleh Klebsiella pneumonia.19 Penderita infeksi oleh ESBL akan mengalami peningkatan resiko kegagalan terapi menggunakan antibiotik beta laktam spectrum luas. Sebagian galur produsen ESBL akan tampak over resistance terhadap expanded-spectrum -lactam antibiotic tetapi sebagian lagi secara fenotip "tidak resisten" sesuai kriteria NCCLS.
27
Penelitian ini
12
bertujuan untuk mengetahui kesesuaian antara vitek 2 dan hybridspot 24 dalam mendeteksi Enterobacteriaceae penghasil ESBL serta karateristik gen penghasil ESBL pada pasien rawat inap di RSUP dr Kariadi Semarang. 1.2 Permasalahan Penelitian
Bagaimana kesesuaian antara vitek 2 dan hybridspot 24 dalam mendeteksi Enterobacteriac eae penghasil ESBL serta karateristik gen penghasil ESBL pada pasien rawat inap di RSUP dr Kariadi Semarang? 1.3 Tujuan Penelitian 1.3.1 Tujuan Umum
Mengetahui kesesuaian antara vitek 2 dan hybridspot 24 dalam mendeteksi Enterobacteriaceae penghasil ESBL serta karateristik gen penghasil ESBL pada pasien rawat inap di RSUP dr Kariadi Semarang 1.3.2 Tujuan Khusus
a. Mengetahui prevalensi bakteri Enterobacteriaceae penghasil ESBL pada pasien rawat inap di RSUP dr Kariadi Semarang b. Mengetahui kesesuaian antara vitek 2 dan hybridspot 24 dalam mendeteksi Enterobacteriaceae penghasil ESBL c. Mengidentifikasi karateristik gen bakteri Enterobacteriaceae penghasil ESBL pada pasien rawat inap di RSUP dr Kariadi Semarang 1.4 Manfaat Penelitian 1.4.1 Manfaat untuk pengetahuan
Hasil penelitian ini diharapkan dapat menambah pengetahuan tentang kesesuaian antara vitek 2 dan hybridspot 24 dalam mendeteksi Enterobacteriaceae penghasil
13
ESBL serta karateristik gen penghasil ESBL pada pasien rawat inap di RSUP dr Kariadi Semarang 1.4.2 Manfaat untuk masyarakat
Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi dasar pemilihan terapi antibiotik bagi para klinisi pada pasien dengan infeksi ESBL, dan diharapkan dapat menurunkan angka morbiditas dan mortalitas. 1.4.3 Manfaat untuk penelitian
Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi acuan bagi penelitian selanjutnya 1.5 Orisinalitas Penelitian Peneliti, tahun AMRIN study,2005
Judul Molecular characterization of extended-spectrum beta-laktamase in clinical Escherichia coli and Klebsiella pneumonia isolates from Surabaya, Indonesia
Metode Observasional,
Hasil The blaCTX-M-15 gene was found to be highly prevalent (69/73 strains, 94.5%) among the 73 ESBL-positive E. coli isolates. Among the 72 ESBLpositive K. pneumoniae isolates, blaCTX-M-15 was again the most prevalent ESBL (40/72, 55.6%). Several SHVtype enzymes were also frequently detected: SHV-5 (n = 28); SHV-12 (n = 13); and SHV-2 (n = 6). TEM-type ESBLs were not detected in any of the isolates.
Winarto, 2005
Prevalensi kuman ESBL dari material darah di RSUP dr Kariadi Semarang tahun 2004-2005
Retrospektif
Hasil kultur positif 34,76%, kuman ESBL didapatkan 50,9% dengan predominan Ps. aeruginosa, E. aerogenes dan E. coli . Kuman ESBL di ruang perawatan intensif lebih banyak, dengan sensitifitas antibiotika yang masih baik ialah meropenem, aminoglikosida dan kuinolon.
Yulianto Ade Prasetya, 2014
Identifikasi gen CTXM pada E.coli penghasil ESBL di RSUD Dr.Soetomo
Observasional deskriptif dengan pendekatan
sebesar 90% (27/30) isolat E.coli penghasil ESBLs positif mengandung gen CTX-M dengan prevalensi tertinggi 14
Surabaya
Md. Hasanul Karim1,3*, Sayad Md. Didarul Alam2 and Tanzima Yeasmin, 201418
Dr.Savitha Rani1, Dr.I.Jahnavi2, Dr.K.Nagamani, 201828
Molecular Identification of TEM and SHV Genes in Extended Spectrum Beta-laktamase Producing E scherichi a coli and Klebsiellae pneumoniae Isolates in a Tertiary Care Hospital, Bangladesh
Phenotypic and Molecular Characterization of ESBL sproducing Enterobacteriaceaein A Tertiary Care Hospital
molekuler
ditemukan di Ruang Interna sebanyak 11 isolat dan dilanjutkan di Ruang IRJ, ruang Anakdan Ruang Bedah, Ruang Jiwa, Ruang Kulit, dan Ruang Saraf .
Observasional deskriptif dengan pendekatan molekuler
Out of 50 samples, 41 strains were PCR positive. In case of E. coli, 36% contained both TEM and SHV genes; 40% contained TEM gene; 8% contained SHV gene; 16% were PCR negative and contained others genes. In case of K. pneumoniae, 40% strains contained both TEM and SHV genes; 28% contained TEM gene; 12% contained SHV gene; 20% were PCR negative for and contained others genes.
Prospektif
Out 0f 240 Gram negative isolates 35.8% were phenotypically confirmed ESBLs producers. Predominant organism isolated was E.coli 61.62%. All the isolates were 100% resistant to 3rd generation Cephalosporins, 100% Sensitive to Carbapenems, Single Predominant gene was blaCTX-M 71.9%, commonest multiple genes combination was CTXM&SHV12.82%.
Penelitian ini berbeda dengan penelitian sebelumnya. Pada penelitian ini mengetahui kesesuaian antara vitek 2 dan hybridspot 24 dalam mendeteksi Enterobacteriaceae penghasil ESBL dan identifikasi karateristik gen pada Enterobacteriaceae penghasil ESBL yang diambil dari rectal swab??? pasien yang dirawat di RSUP dr Kariadi Semarang. 15
BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Beta-laktamase
Antibiotik beta-laktam seperti penisilin, sefamisin dan karbapenem, dan sefalosporin merupakan obat infeksi anti bakteri lini pertama karena potensinya yang tinggi, spektrum anti-bakteri yang luas, dan efek samping yang minimal. Antibiotik ini banyak digunakan dalam pengobatan berbagai infeksi, seperti paru, saluran kemih, dan infeksi pada aliran darah. Namun, penggunaan antibiotik secara luas telah meningkatkan masalah resistensi antibiotik terhadap bakteri.29,
30
Antibiotik golongan ini memiliki
unsur yang sama dalam struktur molekulnya yaitu 4 cincin atom dan disebut sebagai beta lactam. Untuk mengatasi kerja dari antibiotik beta laktam, bakteri menghasilkan enzim, yang disebut dengan enzim beta laktamase yang bekerja merusak cincin beta laktam dari penisilin melalui proses hidrolisis (gambar 1). Sehingga bakteri tetap dapat membentuk dinding sel bahkan ketika diberikan antibiotik beta laktam.
Gambar 1. Mekanisme resistensi penisilin.
Setelah munculnya resistensi terhadap golongan beta laktam, banyak obat-obatan baru yang dikembangkan untuk melawan resistensi ini. Turunan dari antibiotik ini disebut dengan beta laktam spektrum luas (extended spectrum beta-lactams), 16
Penggunaan antibiotik sefalosporin spektrum luas semakin banyak digunakan dalam dua dekade terakhir. Penggunaan obat ini secara luas dan tidak tepat mengakibatkan munculnya strain bakteri yang resisten terhadap antibiotik, dengan menghasilkan enzim extended spectrum beta lactamase (ESBL). ESBL adalah enzim yang dapat menyebabkan resistensi terhadap hampir seluruh antibiotik beta laktam, termasuk penisilin, sefalosporin, dan monobaktam aztreonam. 31 Enzim-enzim ESBL mempunyai kemampuan yang bervariasi terhadap berbagai substrat beta laktam oxyimino, tetapi tidak dapat menyerang sefamisin (sefoksitin, sefotetan dan sefmetazole) dan karbapenem (imipenem, meropenem, doripenem, dan ertapenem). Enzim-enzim ini sensitif terhadap inhibitor beta laktamase, seperti klavulanat, sulbaktam, dan tazobaktam. Enzim-enzim ESBL ini ditemukan secara khusus pada bakteri gram negatif, terutama Klebsiella pneumonia, Klebsiella oxytoca, dan Eschericia coli. Tetapi dapat juga ditemukan pada Acinetobacter, Burkhlorderia, Citobacter, Enterobacter, Morganella, Proteus, Pseudomonas, Salmonella, dan Seratia spp.31 Kelompok dari enzim-enzim ESBL ini bersifat heterogenus. Enzim tipe SHV dan TEM muncul dari pergantian asam amino yang memungkinkan enzim dengan spektrum yang lebih sempit untuk menyerang beta laktam oxyimino baru. Kelompok lainnya, dari golongan CTX-M, mempunyai kemampuan menyerang beta laktam dengan spektrum luas, yang didapat dari plasmid, yang ditentukan oleh gen-gen kromosom. Famili enzim ESBL yang lain yang telah cukup lama dikenal adalah OXA beta laktamase, agak jarang ditemukan dan dimediasi oleh plasmid. OXA beta laktamase dapat menghidrolisis oksasilin dan berhubungan dengan penisilin anti stafilokokus. Enzim beta laktamase yang lain, seperti PER, VEB, dan GES telah dilaporkan tetapi sangat jarang dan terutama ditemukan pada P. aeruginosa dan hanya didapati pada daerah geografis tertentu. Enzim
17
ESBL lainnya, yang juga cukup jarang, dan ditemukan di Enterobacteriaceae antara lain BES, SFO, dan TLA.
2.2 Klasifikasi Beta-laktamase
Saat ini sudah ditemukan lebih dari 700 jenis beta laktamase sehingga perlu dibuat suatu klasifikasi agar mempermudah identifikasi enzim ini. Terdapat banyak cara yang digunakan untuk mengklasifikasikan beta laktamase , namun yang sering digunakan adalah klasifikasi menurut Ambler molecular dan Bush-Jakoby-Medieros functional classification. Ambler membagi beta laktamase ke dalam empat kelompok utama (A sampai D).
21, 32
Dasar pembagian ini terletak pada homologi protein (kesamaan dalam
asam amino), bukan karakteristik fenotipnya. Serine beta laktamase adalah dasar klasifikasi beta laktamase kelas A, C, dan D, sebaliknya enzim kelas B adalah Metallo beta laktamase. Klasifikasi Bush-Jacoby-Medeiros membagi grup beta laktamase berdasarkan kesamaan fungsi (substrat dan profil inhibitor). Ada empat grup utama dan beberapa subgrup dalam sistem ini. Klasifikasi ini lebih relevan untuk praktisi medis atau mikrobiologi di laboratorium karena berdasarkan beta laktamase inhibitor dan beta laktamase substrate. 21, 32, 33 2.2.1 Klasifikasi Ambler
Berikut merupakan tabel klasifikasi oleh Ambler yang dibagi menjadi empat kelas. Tabel 2. Klasifikasi Ambler32 Class
Serine beta laktamase
A
beta laktamase
Broad
spectrum
Examples
beta
TEM-1, TEM-2
laktamase
SHV-1
ESBL TEM-type
TEM-3
ESBL SHV-type
SHV-5
ESBL CTX-M-type
CTX-MI, CTX-M9
18
C
Carbapenemases
KPC
AmpC cephamycinases
AmpC
(chromosomal encode) AmpC cephamycinases
CMY, DHA
(Plasmid encode) D
Broad spectrum beta
OXA-1, OXA-9
laktamase
OXA-2, OXA-10
ESBL-OXA-type
OXA-48, OXA-23
Carbapenemases Metallo beta
B
Metallo beta laktamase
VIM, IMP
laktamase
TEM: Temorina E -coli variant, SHV: Sulfhydryl variant, ESBLs: Extended spectrum b-laktamases. OXA: Oxacillanase
Kelas A, C, dan D merupakan serine-beta-laktamase yang menggunakan site aktif serine untuk mengkatalisa hidrolisis, sedangkan kelas B, beta-laktamase adalah metalloenzim yang membutuhkan satu atau dua ion zink untuk aktivitasnya. 1) Beta Laktamase Kelas A
Terdiri dari penisilinase kromosomal dan dimediasi plasmid, sefalosporinase dan karbapenemase yang memiliki serine di sisi aktifnya.
Penisilinase (PCI), yang menghidrolisis benzilpenisilin lebih efisien daripada sefalosporin. Golongan ini dihambat oleh asam klavulanat.
Penisilinase dan early sefalosporinase (TEM-1, TEM-2, SHV-1), yang sama sama menghidrolisis penisilinase dan sefalosporinase. Golongan ini dapat dihambat dengan asam klavulanat.
Extended-spectrum
beta
lactamase (SHV-2, TEM-3, CTX-M-15), yang
menghidrolisis sefalosporin dengan kecepatan 10% lebih dibandingkan dengan penisilinase. Golongan ini dapat menghidrolisis oxyimino-sefalosporin dan monobaktam dan dapat dihambat oleh asam klavulanat.
19
Penisilinase (TEM-30, SHV-10), yang resisten terhadap asam klavulanat, tazobaktam dan sulbaktam.
Extended-spectrum sefalosporinase (TEM-50), yang menghidrolisis extended spectrum sefalosporin dan monobakta namun resisten terhadap asam klavulanat, tazobaktam dan sulbaktam.
Extended-spectrum
sefalosporinase (CepA),
yang
dapat
menghidrolisis
sefalosporin namun tidak aztreonam. Golongan ini dapat dihambat oleh asam klavulanat.
Karbenisilinase (PSE-1, CARB-3), yang menghidrolisis karbenisilin dan sensitive terhadap asam klavulanat.
Karbenisilinase (RTG-4), yang juga menghidrolisis sefepim dan sefpirome, namun dapat dihambat oleh asam klavulanat.
Karbapenemase (KPC-2, IMI-1, SME-1), yang dapat menghidrolisis oxyiminosefalosporin, sefamisin dan karbapenemase. Sensitivitasnya terhadap asam klavulanat bervariasi.
2) Beta Laktamase Kelas B
Karbapenemase dengan ion zink pada daerah aktifnya. Golongan ini juga dikenal sebagai metallo-beta-laktamase. Dapat menghidrolisis penisilin, sefalosporin, karbapenem, dan resisten terhadap inhibitor beta laktamase. Meskipun demikian, aktivitas hidrolisisnya tidak berkembang pada aztreonam. Gen blaMBL berlokasi pada kromosom, plasmid dan integron. 3) Beta Laktamase Kelas C
Sefalosporinase dengan serine di daerah aktifnya. Golongan ini dikode oleh gen yang ada pada kromosom bakteri, namun pengkodean oleh plasmid mulai banyak ditemukan. Golongan ini secara kromosom dikode pada Enterobacter spp dan
20
Citrobacter spp namun pada Klebsiella spp, Salmonella spp dan Proteus spp lebih sering berupa plasmid-mediated. Isolat menghasilkan enzim yang resisten terhadap aminopenisilin, oxyimino-sefalosporin, sefamisin dan inhibitor beta laktamase. Juga resisten terhadap sefalosporin spectrum luas yang meliputi sefotaksim, seftazidim, dan seftriakson dan infeksi khususnya disebabkan oleh E.aerogenes dan E.cloacae. Enzim AmpC sangat buruk dalam menghidrolisis sefepim dan dihambat oleh kloksasilin, oksasilin dan aztreonam. 4) Beta Laktamase Kelas C
Enzim ini awalnya dikategorikan sebagai oksasilinase karena kemampuannya untuk menghidrolisis okasilin pada kecepatan minimal 50% dari benzyl penisilin. Sehingga enzim ini disebut beta laktamase tipe OXA. Pertama dilaporkan di Turki pada tahun 1991, enzim ini juga resisten terhadap penisilin dan sefalosporin. OXA-type ESBL (OXA-11, -15) resisten terhadap oxyimino-sefalosporin. OXA-type carbapenemase (OXA-23, -48) dapat menghidrolisis karbapenem. Sebagian besar enzim OXA resisten terhadap asam klavulanat, sulbaktam dan tazobaktam. Meskipun begitu terdapat pengecualian pada OXA-2 dan OXA-32 yang dihambat tazobaktam namun tidak sulbaktam dan asam klavulanat, dan OXA-53 dihambat oleh asam klavulanat. Klasifikasi molekuler oleh Ambler ini lebih luas diterima dibandingkan dengan klasifikasi fenotipik Bush karena lebih sederhana dan memiliki hubungan filogenetik diantara enzimnya.
2.2.2 Klasifikasi Bush-Jacoby Medeiros
Klasifikasi Bush-Jacoby Medeiros berdasarkan kesamaan fungsional (substrat dan profil inhibitor). Skema klasifikasi ini lebih relevan untuk dokter atau ahli mikrobiologi dalam
21
diagnostik laboratorium karena mempertimbangkan beta-laktamase inhibitor dan substrat beta-laktam yang relevan secara klinis. Tabel 3. Klasifikasi beta laktamase berdasarkan Bush-J acoby Medeiros5, 21, 34 Functional
Substrate
Molecular Inhibitor
group
profile
Representative
Class
1
Cephalosporinase
C
OXA
AmpC, MIR-1
2a
Penicilinase
A
Clav
S.aureus
2b
Broad spectrum
A
Clav
Tem-1/2, SHV-1
2be
Extended
A
Clav
Tem-3-29,
Tem-46,
Tem- 104, SHV-228, CTX-M types 2br
Inhibitor resistant
A
-
Tem-30-41(IR 1-12)
2c
Carbenicilinase
A
-
AER-1 (C), CARB-3
2d
Oxacilinase
D
Clav
PSE-1
2e
Cephalosporinase
A
Clav
OXA-1, OXA-2, 10
2f
Carbapenemase
Clav
IPM-1, NmcA, Smc1-3
3
Metalloenzymes
A
-
S.maltophilia
4
Penicilinase
B
-
B.cepacia (c)
TEM: Temorina E -coli variant, SHV: Sulfhydryl variant, ESBLs: Extended spectrum b-laktamases. OXA: Oxacillanase
Golongan 1 adalah sefalosporinase yang tidak dapat dihambat oleh asam klavulanat, yang berhubungan dengan kelas C. Golongan 2 adalah penisilinase, sefalosporinase, dapat dihambat oleh asam klavulanat, analogis dengan kelas molekul A dan D menunjukkan gen TEM dan SHV. Selain itu, banyak kelas A TEM beta-laktamase dihambat oleh protein beta-Laktamase inhibitor (BLIP). Karena meningkatnya jumlah 22
betalaktamase TEM dan SHV, kelas molekul ini dibagi menjadi dua subkelas yaitu 2a dan 2b. Subkelompok 2a hanya mengendalikan penisilinase. Dalam resistensinya terhadap 2a dan 2b yang meruakan beta-laktamase spektrum luas, mereka mampu menonaktifkan penicillin dan sefalosporin dengan mekanisme yang sama. Bahkan, subkelompok terbagi menjadi subkelompok 2b. Subkelompok 2be, dengan huruf "e" untuk spektrum aktivitas yang diperluas, mewakili ESBLs, mereka mampu menginaktivasi ceftazidime generasi ketiga, sefotaksim, dan sefpodoksim juga aztreonam. Enzim 2br, dengan huruf "r" mnunjukkan penurunan ikatan terhadap asam klavulanat dan sulbaktam, ini juga disebut sebagai enzim TEM-derivatif resisten inhibitor, mereka umumnya masih sensitif terhadap tazobactam, di mana substitusi asam amino ada pada posisi met69. Subkelompok 2c dipisahkan dari kelompok 2 karena enzim ini menonaktifkan karbenisilin lebih dari benzyl penicillin, dengan beberapa efek pada Kloksasilin. Subgroup 2d enzim menonaktifkan Kloksasilin lebih besar dari benzyl penicillin, serta beberapa aktivitas melawan karbenisilin dan enzim-enzim ini tidak banyak dihambat oleh asam klavulanat, beberapa dari mereka adalah ESBL istilah yang tepat adalah "Oksasillinase". Enzim ini berkapasitas untuk menginaktivasi oksazolilpenisilin sebagai oksasillin, kloksasillin. Enzim-enzim milik kelas molekuler D bukan kelas molekuler A. Subkelompok 2e enzim adalah sefalosporinase yang juga dapat menghidrolisis monobaktam, dan mereka dihambat oleh asam klavulanat. Subkelompok 2f ditambahkan karena merupakan serine
berbasis
karbapenemase, dalam melawan ikatan zink karbapenemases termasuk dalam kelompok 3. Kelompok 3 adalah zinc-based atau metallo beta-lactamase, sesuai dengan kelas molekul B, yang merupakan satu-satunya enzim yang bekerja dengan zinc ion logam. Metallo beta-laktamase mampu menghidrolisis penisilin, sefalosporin, juga carbapenem maka carbapenems dihambat oleh kedua kelompok 2f (mekanisme berbasis serin) dan
23
kelompok 3 (mekanisme berbasis seng). Kelompok 4 adalah penisilinase yang tidak mampu dihambat dengan asam klavulanat, dan mereka tidak memiliki kelas molekuler yang sesuai.34
2.3 Epidemiologi ESBL Extended-spectrum beta laktamase (ESBL)
Ketika ESBL pertama kali ditemukan pada tahun 1980-an, para peneliti menemukan enzim mutasi TEM dan SHV, yang menghasilkan resistensi terhadap antibiotik golongan β-laktam.35 Mutasi dalam gen menghasilkan aktivitas katalitik yang tinggi untuk beta-laktam karena afinitasnya yang tinggi untuk senyawa jenis TEM dan SHV yang telah diakui di seluruh dunia dengan lebih dari 100 mutasi yang dilaporkan bertanggung jawab terhadap terjadinya resistensi spektrum luas cephalosporins.36 Di seluruh dunia, pada 150 juta penderita infeksi saluran kemih per tahun dan sekitar 35% dari mereka juga menderita infeksi nosokomial. Prevalensi bakteri yang memproduksi ESBL bervariasi secara global di seluruh dunia. 37 1. Amerika Serikat
Laporan pertama ESBLs di Amerika Serikat pada akhir 1980-an didapatkan TEM-type dan enzim tipe TEM dan SHV, dengan angka resistensi tipe CTX-M yang masih rendah. 2. Eropa.
Di Eropa, Enterobacteriaceae penghasil ESBL telah menyebar pada tingkat yang berbahaya. Terdapat perbedaan prevalensi secara geografis di negara-negara Eropa. Isolat pertama ditemukan di Jerman dan Inggris; Namun, wabah besar pertama terlihat di Perancis pada tahun 1986, di mana lebih dari 50 pasien di unit perawatan intensif (ICU) terinfeksi melalui penyebaran dari bangsal lain di rumah sakit. 24
3. Timur Tengah (negara-negara Arab)
Studi di Timur Tengah mengungkapkan prevalensi ESBL lebih tinggi daripada di bagian dunia yang lain. Sebuah survei pada E.coli penghasil ESBL di Mesir yang dilakukan pada tahun 1999 hingga 2000, menunjukkan bahwa 38% dari E. coli dinyatakan positif ESBL. Dalam studi lain di Iran, yang dilakukan pada tahun 2007 dan 2008, 45% dari K.pneumoniae diisolasi dari infeksi saluran kemih ditemukan penghasil ESBL. Dalam penelitian yang sama, terdeteksi bahwa 59,2% dari K. pneumoniae dari isolat klinis dari infeksi saluran pernafasan yang diuji menunjukkan hasil positif penghasil ESBL. Pada 2007 dalam sebuah penelitian pada K. pneumonia menunjukkan perbedaan berbagai produksi ESBL di berbagai kota. Di Arab Saudi, sekitar 26% K. pneumniae diisolasi pada tahun 2008 menghasilkan ESBL. Pada sebagian besar isolat, gen SHV-12, CTX-M-15 dan TEM-1 bertanggung jawab atas terjadinya resistensi terhadap generasi ketiga cephalosporin.37 4. Australia
Laporan pertama ESBL strain positif dari Klebsiella spp ditemukan di Australia pada (resistensi gentamicin) sebuah penelitian yang dilakukan pada tahun 1986 hingga 1988. Mereka menemukan bahwa SHV terdapat pada ESBL di Klebsiella spp. Dalam dekade terakhir, strain positif ESBL juga diidentifikasi di semua wilayah di Australia. Diperkirakan bahwa 5% dari isolat di Australia positif memproduksi ESBL. 38 5. Asia
Isolat pertama K. pneumoniae dari SHV-2 dilaporkan di Cina pada tahun 1988. 39 Akhir-akhir ini studi tentang ESBLs di Asia menunjukkan prevalensi yang tinggi di antara strain klinis lainnya. Pada tahun 2001, strain positif CTX-M pertama
25
dilaporkan di New Delhi. Beberapa penelitian tentang isolasi terbatas yang dikumpulkan pada tahun 1998 hingga 1999, menunjukkan bahwa 30,7% dari K. pneumoniae dan 24,5% dari isolat E.coli adalah penghasil ESBL. Di Cina, antara tahun 1997 hingga 1999, 27% E. coli dan K.pneumonia diidentifikasi sebagai produsen ESBL. Diperkirakan bahwa 5 hingga 8% dari E. coli isolat dari negaranegara di Asia seperti Korea, Jepang, Malaysia dan Singapura positif ESBL, dimana 12 hingga 24% di Thailand, Taiwan, Filipina, dan Indonesia. Namun, produsen ESBL pada K. pneumoniae kurang dari 5% sementara di negara-negara Asia lainnya berkisar antara 20 hingga 50%. 38 Predileksi ESBLs untuk K. pneumoniae belum dilaporkan secara jelas. Perlu diperhatikan bahwa enzim utama ESBL, yaitu TEM-1, tersebar luas dibandingkan jenis enzim lainnya. Hampir semua isolat K. pneumoniae nonESBL memiliki kromosom yang dimediasi SHV-1 beta-laktamase Di Indonesia sendiri, terutama di RSUP Dr. Kariadi Semarang, selama kurun waktu 2004-2005 didapatkan proporsi bakteri penghasil ESBL sebesar 50,6% berdasarkan tes skrining awal.12 Hasil penelitian Antimicrobial Resistance in Indonesia: prevalence and prevention (AMRIN Study) di RS dr Soetomo Surabaya tahun 2010-2011 menemukan bahwa kejadian ESBL cukup ti nggi yakni 29% pada E. coli dan 36% pada K. pneumonia. Penelitian di Medan, tahun 2012 oleh Mayasari melaporkan dari 282 sampel urin dengan kultur positif, diperoleh kejadian ESBL E.coli 18,7%. Dari data di bagian Mikrobiologi RS H Adam Malik Medan, dijumpai kejadian infeksi ESBL yang cukup tinggi. Pada tahun 2012 kejadian ESBL 16,9% (12% ESBL K. pneumoniae dan 4,9% ESBL E.coli) meningkat menjadi 19,51% (12,24% ESBL K. pneumoniae dan 7,17% ESBL E.coli) pada tahun 2013.
26
2.4 Jenis Extended-spectrum beta laktamase (ESBL) 1. SHV
ESBL SHV merupakan tipe yang sering ditemukan pada isolat klinis jika dibandingkan jenis enzim ESBL lainnya. SHV mengacu pada variabel sulfhydril (sulfhydril variable) dan termasuk dalam grup 2be. SHV-1 sering ditemukan dalam K. pneumoniae. Sekitar 20% plasmid-mediated ampicillin resistance disebabkan oleh organisme
ini.
Saat
ini
telah
ditemukan
ESBL
golongan
SHV
pada
Enterobacteriaceae, Pseudomonas aeruginosa dan Acinetobacter spp. Terdapat lebih dari 100 jenis variasi dari tipe SHV. SHV-1 dan TEM-1 memiliki struktur yang mirip, 68 % asam amino yang ada di SHV-1 juga terdapat di TEM-1.
21
2. TEM
Klasifikasi TEM berdasarkan perbedaan perubahan kombinasi asam amino. ESBL golongan ini merupakan turunan dari TEM-1 dan TEM-21 . TEM-1 sering dijumpai pada bakteri Gram negatif seperti E coli, H influenza, N gonorrhoeae dan K pneumonia. TEM-1 dihasilkan oleh bakteri Gram negatif dan umumnya resisten terhadap ampicillin.21 TEM-1 ini berasal dari isolat E. coli di Athena, Yunani dan disebut ―Temoneira” sehingga sejak itu digunakan istilah TEM. TEM-1 memiliki daya hidrolisis yang sangat kuat terhadap ampicillin, namun lemah terhadap carbenicilin, oxasilin, cephalotin, atau cephalosporin. Kemampuan hidrolisis enzim ini dihambat oleh asam klavulanat.
21
TEM-2 memiliki profil hidrolitik yang sama seperti TEM-1. Letak perbedaan kedua TEM ini yaitu pada TEM-1 memiliki kemampuan alamiah yang lebih aktif dan berbeda dalam titik isoelektrik. Saat ini telah dilaporkan lebih dari 100 TEM-type beta laktamase dengan titik isoelektrik berkisar 5,2 – 6,5. Sebagian besar dari enzim ini adalah ESBL. ESBL TEM juga telah ditemukan pada Enterobacter aerogenes, 27
Proteus mirabilis, Morganella morganii dan Salmonella species, P.aeruginosa Khusus P.aeruginosa, organisme ini memproduksi TEM-42. 21 3. CTX-M
Enzim ini memiliki aktivitas hidrofilik terhadap cefotaxime dibandingkan terhadap oxyimino-beta-lactam lainnya, seperti ceftazidime, ceftriaxone atau cefepime. Mutasi enzim ini memiliki hubungan erat dengan gen plasmid beta laktamase yang ditemukan pada spesies Kluyvera (grup organisme komensal), misalnya kromosom yang mengkode beta laktamase s Kluyvera georgiana juga mengkode ESBL KLUG-1, ternyata jenis ESBL ini memiliki 99% kesamaan asam amino dengan CTX-M-8. Enzim ini banyak ditemukan di Salmonella enterica serovar typhimurium dan E. coli, juga dapat ditemukan di spesies lain golongan Enterobacteriaceae. Tipe ini banyak ditemukan di Amerika selatan. CTX-M-type beta laktamase s memiliki kesamaan dengan ESBL TEM dan SVH, namun kesamaan ini biasanya < 40 %. Saat ini ESBL jenis ini memiliki banyak tipe dan sudah terdeteksi hampir di seluruh belahan dunia. 4. OXA
OXA mampu menghidrolisis antibiotik golongan
oxacillin. Enzim β
lactamases ini termasuk grup 2d dan class D karena struktur molekul dan fungsinya berbeda jika dibandingkan dengan golongan TEM dan SHV. OXA-1 adalah jenis yang sering ditemukan. OXA sering ditemukan Pseudomonas aeruginosa, namun telah dilaporkan bahwa ESBL golongan ini juga terdeteksi di bakteri Gram negatif lainnya. Saat ini telah dilaporkan bahwa sekitar 10 % dari E. coli dapat menghasilkan ESBL golongan ini. Kebanyakan OXA β lactamases tidak menghidrolisis antibiotik golongan cephalosporin, sehingga sering tidak dianggap sebagai ESBL, namun kini
28
telah dilaporkan bahwa OXA-10 ternyata mampu menghidrolisis cefotaxime, ceftriaxone, dan aztreonam, walaupun kemampuan hidrolisisnya lemah. 5. PER
PER-type ESBL adalah ESBL yang memiliki kesamaan dengan TEM dan SHV sebanyak 25 – 27 %. PER-1 beta laktamase mampu menghidrolisis penicillin dan cephalosporin, namun sensitif terhadap inhibisi clavulanic acid . PER-1 pertama kali terditeksi dari isolat Pseudomonas aeruginosa, namun kini telah ditemukan di isolat Salmonella enterica serovar Typhimurium dan Acinetobacter . Saat ini PER-1 baru dilaporkan di Turki, Prancis, Itali, Belgia dan Korea (khusus Korea, PER-1 berasal dari isolat Acinetobacter ). PER-2 memiliki 86 % kesamaan dengan PER-1 dan ditemukan di S. enteric serovar Typhimurium .
2.5 Pemeriksaan Laboratorium E xtended-spectrum beta lactamase (ESBL) Rekomendasi Metode Deteksi ESBL menurut CLSI. 40
Untuk mendeteksi bakteri penghasil ESBL, CLSI merekomendasikan metode disk diffusion dan dilution method . Disk Diffusion digunakan sebagai tes penyaring untuk bakteri penghasil ESBL seperti Klebsiella, E. coli, dan Proteus mirabilis. dimana kecurigaan ESBL ditentukan berdasarkan perubahan zona diameter tertentu. Antibiotik yang digunakan adalah
cefpodoxime, ceftazidime, aztreonam, cefotaxime,
atau
ceftriaxone. Jika salah satu diameter zona menunjukkan kecurigaan adanya produksi ESBL, maka harus dilakukan phenotypic confirmatory test. CLSI merekomendasikan zona diameter ≤ 22 mm untuk 10 ug disk cefpodoxime sebagai tes penyaring yang cocok untuk bakteri penghasil ESBL. Namun tes ini kurang spesifik bila digunakan untuk E.coli, oleh karena itu kini CLSI merekomendasikan batas penyaring cefpodoxime adalah ≤ 17 mm. Uji disk cefpodoxime memiliki sensitivitas hampir 100%.
40
29
CLSI juga merekomendasikan metode dilusi sebagai uji penyaring bakteri penghasil ESBL seperti E. coli dan klebsiella. Antibiotik yang digunakan adalah ceftazidime, aztreonam, cefotaxime, atau ceftriaxone dengan konsentrasi 1 ug/ml. Pertumbuhan bakteri pada konsentrasi ini {MIC cephalosporin (ceftazidime, cefotaxime, ceftriaxone, azteronam ) ≥ 2 ug/ml dan cefpodoxime ≥ 8 ug/ml} dapat dianggap sebagai penghasil ESBL. Jika bakteri diduga menghasilkan ESBL maka harus dilakukan uji konfirmasi ( phenotypic conformation test). 21 Uji Konfirmasi Fenotip ESBL
The Canadian External Quality Assessment Advisory Group for Antibiotic Resistance, The Indian Journal of Medical Microbiology, The British Society for Antimicrobial Chemotherapy dan NCCLS (CLSI) merekomendasikan tes konfirmasi ESBL adalah phenotypic conformation test dengan menggunaan disk cefotaxime (30 ug) atau ceftazidime (30 ug) dengan atau tanpa clavulanate (10 ug) pada bakteri Klebsiellae dan E. coli. 21 Cara membuat disk ini yaitu larutan clavulanic acid ditambahkan pada disk cephalosporin, kemudian diinkubasi selama 1 jam, setelah itu baru dapat digunakan. Tes ini dilakukan pada agar Mueller- Hinton. Dikatakan phenotypic conformation ESBL positif jika terjadi perbedaan diameter ≥ 5 mm antara disk cephalosporin (tanpa clavulanate) dengan disk cephalosporin /clavulanate. 21 Penting untuk menggunakan cefotaxime dan ceftazidime dengan dan tanpa clavulanate dalam melakukan phenotypic conformation test . Salah satu alasannya adalah bahwa penggunaan ceftazidime secara tunggal tidak mampu mendeteksi organisme penghasil CTX-M.
40
Phenotypic conformation test juga dapat dilakukan dengan microdilution
assay.
Vi tek E SB L test
30
FDA ( Food and Drug Administration) telah menyetujui sebuah kartu khusus yang ditujukan untuk menditeksi bakteri penghasil ESBL. The Vitek ESBL test (bioMerieux Vitek, Hazelton, Missouri) menggunakan cefotaxime dan ceftazidime (0,5 ug/ml) secara tunggal, serta kombinasi cefotaxime dengan clavulanic acid (4 ug /ml) dan ceftazidime dengan clavulanic acid (4 ug /ml). Cara inokulasi kartu ini sama dengan cara yang dilakukan untuk kartu Vitek biasa. Analisis seluruh sumur dilakukan secara otomatis setelah pertumbuhan bakteri telah mencapai ambang batas yang telah ditetapkan (setelah inkubasi 4 – 15 jam). Hasil positif ditetapkan jika terjadi penurunan dalam pertumbuhan bakteri di sumur yang berisi cefotaxime atau ceftazidime yang mengandung clavulanic acid, dibandingkan dengan pertumbuhan sumur yang mengandung cephalosporin saja. Sensitivitas dan spesifisitas metode ini dapat melebihi 90 %. Sanders dkk melaporkan sensitivitas metode ini dapat mencapai 99 %, namun sebaliknya Tzelepi dkk melaporkan bahwa metode ini dapat gagal menditeksi ESBL yang dihasilkan oleh Enterobacter spesies. Keunggulan Vitek ESBL Cards adalah dapat digunakan / diintegrasikan ke dalam alur kerja laboratorium yang sudah menggunakan sistem Vitek Pemeriksaan molekuler
Lebih dari 800 jenis beta laktamase telah ditemukan, sehingga para ahli mulai merancang dan mengimplementasikan protokol molekuler untuk mendeteksi gen beta laktamase. Saat ini tes PCR telah tersedia dan dapat digunakan untuk menditeksi bakteri penghasil ESBL
2.6 Faktor Risiko Kolonisasi dan infeksi bakteri penghasil E xtended-spectrum beta
lactamase (ESBL) Pasien yang berisiko tinggi untuk mengalami kolonisasi atau infeksi organisme penghasil ESBL adalah pasien sakit parah yang dirawat inap dalam waktu yang lama di
31
rumah sakit dan menggunakan perangkat medis invasif (kateter urin, tabung endotrakeal, saluran vena sentral) untuk durasi yang lama. faktor risiko lain telah ditemukan dalam studi individu, termasuk penggunaan tabung nasogastrik, gastrostomi atau tabung jejunostomi, pemberian total nutrisi parenteral, operasi, hemodialisis, ulkus dekubitus, dan status gizi buruk. Faktor paling banyak penyebab resistensi adalah penggunaan antibiotik yang tidak rasional. Beberapa penelitian telah menemukan hubungan antara penggunaan sefalosporin generasi ketiga dan strain penghasil ESBL.41-43 Tabel 4. Faktor risiko kolonisasi bakteri penghasil ESBL Risk factors for acquisition of ESBL-producing Enterobacteriaceae
Tingkat keparahan penyakit Lama rawat inap Lama rawatan unit intensif Prosedur invasif Kateter intravascular Kateter arterial Kateter vena sentral Nutrisi parenteral total Penggunaan ventilator Kateter urin Gastrostomi, yeyunostomi, atau NGT Usia Hemodialisis Ulkus dekubitus Status nutrisi yang jelek Berat lahir rendah Pemberian antibiotik Sefalosporin spektrum luas Aztreonam Florokuinolon Kotrimoksazol Aminoglikosida Metronidazol
32
2.7 Terapi infeksi Organisme penghasil E xtended-spectrum beta lactamase (ESBL)
Eliminasi sumber infeksi merupakan manajemen penting dari infeksi. Jika sumber infeksi merupakan benda invasif seperti alat prostetik, penggantian atau pengeluaran alat prostetik itu menjadi sangat penting. Hal ini disebabkan karena infeksi ESBL dihubungkan dengan tindakan operasi implan atau alat-alat lainnya, dengan terbentuknya biofilm. Pertumbuhan bakteri yang lambat, yang diikuti dengan penetrasi antibiotik yang terhalang oleh biofilm ini menyebabkan efektivitas terapi menurun. Apabila pasien menggunakan alat invasif yang dicurigai menjadi salah satu sumber infeksi, maka perlu penggantian jalur intravaskular yang terkolonisasi.Hal ini menunjukkan bahwa pemberian antibiotik saja dalam infeksi ESBL yang terkait dengan alat-alat invasif tidak memberikan hasil klinis yang baik. Pasien yang terinfeksi dengan Enterobacteriaceae penghasil ESBL memiliki outcome yang buruk jika tidak diberikan terapi yang adekuat. Cephamycin (misalnya cefoxitin, cefotetan) secara struktural lebih stabil daripada sefalosporin lainnya untuk hidrolisis yang dimediasi ESBL dan beberapa Enterobacteriaceae penghasil ESBL tetap sensitive untuk cephamycins dalam tes in vitro. Namun, masih terbatas informasi klinis pengobatan infeksi serius karena organisme penghasil ESBL organisme terhadap penggunaan sefamisin.
Pilhan Terapi pada ESBL
Terapi pada infeksi serius yang disebabkan ESBL merupakan tantangan karena sebagian besar isolate resisten terhadap beberapa obat /multi drug resistant (terutama CTX-M-15). Masing-masing ESBL memiliki variabilitas pada profil substratnya. Isolat yang menghasilkan ESBL juga dapat memproduksi beta laktamase lain dan mutasi pada gen protein yang dapat menyebabkan penurunan sensitivitas.
33
Tabel 4. Rekomendasi terapi untuk infeksi Organisme penghasil ESBL Infection type
Therapy of choice
Secong-line therapy
Urinary tract infection
Quinolone
Amoxicilin/clavulanat
Bacteremia
Carbapenem
Quinolone
Hospital-acquired pneumonia
Carbapenem
Quinolone
Intra-abdominal infection
Carbapenem
Quinolone (+metronidazole)
Meningitis
Meropenem
Intrathecal polymyxin B
Beta-laktamase Inhibitor
Beta-laktamase Inhibitor merupakan antibiotik yang ideal untuk ESBL karena memiliki kemampuan menghambat enzim beta laktamase, namun banyaknya mutasi yang terjadi pada enzim beta laktamase mengakibatkan berkurangnya efektivitas antibiotik ini. Oleh karena itu, antibiotik beta lactam/beta lactamase inhibitor dapat digunakan untuk ESBL yang tidak berat.
Gambar 2. Struktur Antibiotik beta laktamase inhibitor
Tiga jenis beta laktamase inhibitor yang digunakan dalam klinis adalah asam klavulanat, sulbaktam dan tazobaktam. Ketiga antibiotik ini memiliki sttruktur yang sama dengan penisilin. Golongan ini efektif untuk beta laktamase kelas A. a) Asam klavulanat Merupakan “ suicide inhibitor ”, merupakan inhibitor beta laktamase yang pertama kali digunakan di praktek klinis. Amoksisilin/Klavulanat merupakan inhibitor beta lakatamase bentuk ombinasi yang pertama kali digunakan. efektif untuk infeksi saluran kemih komunitas
34
akibat ESBL, dan efektif melawan penisilinase yang dihasilkan oleh S.aureus, H.influenzae, Moraxella catarrhalis, Bacteroides spp., N.gonorrhoeae, E.coli, Klebsiella spp., dan P.mirabilis, biasa diberikan dalam bentuk peroral, untuk bentuk parenteral sering diberikan untuk bacteremia karena E.coli penghasil ESBL. Klavulanat merupakan obat yang poten terhadap AmpC beta laktamase dimediasi kromosom pada isolate seperti Enterobacter spp dan Morganella morganii. Beberapa literatur menyarankan untuk menggunakan klavulanat dikombinasi dengan sefalosporin generasi keempat seperti sefepim dan sefpirom karena sefalosporin golongan ini lebih stabil melawan enzim AmpC. Keuntungan penggunaan sefepim klavulanat adalah sefepim tidak dihidrolisis enzim AmpC dan klavulanat menghambat ESBL. β-laktam / β-laktamase kombinasi inhibitor telah dipertimbangkan untuk pengobatan infeksi karena organisme penghasil ESBL. Model in vitro dan in vivo menunjukkan potensi kemampuan β-laktam / β-laktamase inhibitor kombinasi. Namun, organisme yang mengekspresikan beberapa β-laktamase serta porin deficient mutants dilaporkan frekuensinya meningkat. Sebagai tambahan, aktivitas agen-agen ini tampaknya dipengaruhi oleh inokulum, regimen pemberian dosis dan jenis enzim. Beberapa TEM β-laktamase resisten terhadap β-laktamase inhibitor. Penelitian Rodriquez-Bano dkk, penggunaan amoksisilin/klavulanat selama 5-7 hari pada indeksi saluran kemih tanpa komplikasi memiliki angka kesembuhan 84%. Adapun dosis standar pada dewasa amoxicillin-clavulanat 625 mg/1,2 mg /8 jam baik oral maupun intravena. b) Sulbaktam
35
Sulbaktam merupakan inhibitor penisilinase dan ESBL yang lebih baik dibandingkan dengan sefalosporinase, namun sedikit lebih sensitive terhadap sefalosporinase daripada asam klavulanat. Sulbaktam tidak diabsorbsi dengan baik bila diberikan secara peroral dan harus diberikan dalam bentuk parenteral. Ampisilin-sulbaktam sangat berguna untuk beta laktamase yang dihasilkan oleh S.aureus, H.influenzae, M.catarrhalis, E.coli, Proteus spp., Klebsiella spp., dan bakteri anaerob. Sefaperzon-sulbaktam merupakan kombinasi yang popular digunakan. Salah satu kelebihan sulbaktam yang diberikan secara kombinasi adalah,
mampu
menghambat
aktivitas
Acinetobacter
baumanii.
Bila
dibandingkan dengan asam klavulanat, sulbaktam tidak poten dalam menginduksi AmpC kromosomal beta laktamase pada Enterobacteriaceae. c) Tazobaktam
Tazobaktam lebih efektif terhadap ESBL CTX-M dibandingkan beta lactam lainnya dan sulbaktam lebih baik terhadap SHV dan TEM, namun pada labolatorium sederhana pemeriksaan fenotif ini sulit dilakukan. Piperasilintazobactam memiliki kerentanan yang bervariasi terhadap ESBL. Penelitian Muharrmi dkk memperoleh 64,4% sensitif terhadap ESBL E.coli dan 43,6% terhadap ESBL K.pneumonia. DiAmerika Serikat dari hasil MYSTIC Study diperoleh 72,5% sensitif ESBL E.coli dan 38,5% terhadap ESBL K.pneumonia, sedangkan di Eropa 80% ESBL E.coli dan 42,1 % terhadap ESBL K.pneumonia. Kemampuan eradikasinya meningkat dengan mengkombinasi-kannya dengan obat lain seperti dengan amikasin atau gentamisin. Piperasilin-tazobactam dikombinasikan dengan amikasin 98,1% sensitif terhadap ESBL E.coli dan 93,1 % terhadap ESBL K.pneumonia. Sedangkan kombinasi Piperasilin-tazobactam dengan gentamisin 73,1% sensitif terhadap ESBL E.coli dan 61,4% terhadap
36
ESBL K.pneumonia. Penelitian Aminzadeh dkk, Piperasilin-tazobactam 100% sensitif terhadap ESBL. Adapun dosis standar pada dewasa 4,5 gr setiap 8jam intravena
Karbapenem
Saat ini, karbapenem umumnya dianggap sebagai agen pilihan utama untuk pengobatan infeksi yang disebabkan oleh organisme penghasil ESBL Carbapenems resisten terhadap hidrolisis yang dimediasi ESBL dan menunjukkan aktivitas in vitro yang sangat baik terhadap strain Enterobacteriaceae yang menghasilkan ESBL. Data klinis mendukung penggunaan carbapenems untuk pengobatan infeksi karena organisme penghasil ESBL. Penelitian yang membandingkan kombinasi karbapenem dengan antibitik golongan lain dibandingkan karbapenem tunggal diperoleh hasil yang tidak berbeda. Penelitian oleh Paterson, penggunaan karbapenem sebagai terapi inisial untuk ESBL selama 5 hari memiliki angka mortalitas yang lebih rendah Golongan karbapenem meliputi imepenem, meropenem, ertapenem, dan doripenem. Pemilihan antara imipenem dan meropenem sukar dilakukan karena memiliki profil yang hampir sama. Pada meningitis meropenem merupakan pilihan. Ertapenem pada beberapa penelitian lebih baik dari pada meropenem dan imipenem dan penggunaannya hanya sekali sehari. Doripenem merupakan golongan karbapenem terbaru yang lebih poten dan dapat digunakan untuk infeksi Pseudomonas aeruginosa. Dari penelitian oleh Muharrmi dkk, diperoleh karbepenem (imipenem dan meropenem) 100% sensitif terhadap ESBL. Hasil serupa juga diperoleh pada penelitian oleh Kulkarni dkk, Aminzadeh dkk, imepenem 100% sensitif terhadap ESBL.23,25 Chien Lye dkk meneliti pada 47 pasien ESBL dengan sumber infeksinya saluran kemih, hepatobilier dan akses vaskular yang diterapi dengan ertapenem, memiliki respon yang
37
baik pada 96% pasien.26 Penelitian Auer dkk, ertapenem 100% sensitif terhadap infeksi saluran kemih ESBL E.coli. Adapun dosis standar pada dewasa meropenem 1 gram setiap 8 jam intravena, imipenem 500 mg 4 kali sehari intravena, ertapenem 1 gr setiap 24 jam intravena. Resistensi terhadap karbapenem mulai muncul dengan nama Klebsiella Producing Carbapenemases (KPC) dan New Delhi Metalo Beta Lactamase (NDM) sehingga penggunaannya haruslah rasional.
Aminoglikosida
Aminoglikosida yang sering digunakan untuk indeksi bakteri ESBL adalah gentamisin dan amikasin. Gentamisin memiliki kerja bakterisidal yang cepat, namun penggunaan sebagai monoterapi ESBL dihindari. Gentamisin memiliki kerentanan yang bervariasi. Penelitian Muharrmi dkk, memperoleh 38,3% sensitif terhadap ESBL E.coli dan 37,6% terhadap ESBL K.pneumonia. Penelitian Kulkarni dkk, gentamisin 19,4% sensitif terhadap ESBL.25 Penelitian Aminzadeh dkk, gentamisin 85,2% resisten terhadap ESBL.Adapun dosis standar pada dewasa 5 mg/KgBB perhari intravena. Amikasin memiliki kerentanan yang bervasriasi. Penelitian Muharrmi dkk memperoleh kerentanan 94% terhadap ESBL (95,2% sensitif terhadap ESBL E.coli dan 90,1% terhadap ESBL K.pneumonia). Penelitian Kulkarni dkk, amikasin 70,4% sensitif terhadap ESBL.26Penelitian Aminzadeh dkk, amikasin 81,1% sensitif te rhadap ESBL.23 Adapun dosis standar pada dewasa 15 mg/KgBB perhari terbagi dalam dua dosis intravena.
Sefalosporin
Beberapa studi menunjukkan bahwa E.coli penghasil CTX-M sensitive terhadap seftazidim dan dapat digunakan sebagai agen terapi yang efektif. Meskipun
38
beberapa isolate ESBL sensitive terhadap sefalosporin generasi keempat seperti sefepim, studi klinis tidak banyk menggunakan golongan ini. Cefepime tidak boleh digunakan sebagai lini pertama terapi terhadap organism penghasil ESBL, jika digunakan harus dengan dosis tinggi (minimal 2 g tiap 12 jam). 21 Secara umum sefalosporin tidak direkomendasikan sebagai pengobatan ESBL. Antibiotik golongan ini yang masih mungkin digunakan adalah cefepime, tetapi data klinis tidak mendukung hal ini dengan angka kegagalan lebih tinggi dibandingkan dengan karbapenem. Penggunaan
sefalosporin generasi 3 untuk infeksi ESBL
memberikan hasil yang buruk walaupun hasil kultur masih sensitif, sehingga tidak direkomendasikan digunakan sebagai pilihan pertama. Penelitian Kulkarni dkk, cepefime hanya 17,2% sensitif terhadap ESBL
39
BAB III KERANGKA TEORI DAN KERANGKA KONSEP
3.1 Kerangka Teori
Swab rektal pasien
Deteksi Enterobacteriaceae
disk diffusion dan dilution method Fenotip
Genotip
Molekular
Uji Konfirmasi Fenotip PCR VItek ESBL test
Gen SHV
Non ESBL
ESBL
Gen TEM
Gen CTX-M
Gen OXA
Gen PER
40
3.2 Kerangka Konsep
Swab rektal pasien
Deteksi Enterobacteriaceae
Fenotip
Genotip
Vitek2
HYBRISPOT 24
Gen SHV
Non ESBL
ESBL
Gen TEM Gen CTX-M
41
BAB IV METODE PENELITIAN
4.1
Ruang Lingkup Penelitian
Penelitian ini melingkupi bidang Mikrobiologi Klinik dan Infeksi. 4.2
Tempat dan Waktu Penelitian 4.2.1
Tempat Penelitian
Penelitian ini dilakukan di Laboratorium mikrobiologi RSUP Dr Kariadi Semarang 4.2.2
Waktu Penelitian
Penelitian dilakukan pada Desember 2018 - Maret 2019, dengan menggunakan data primer pasien pada 1 Desember 2018 – 31 Februari 2019. 4.3
Jenis dan Rancangan Penelitian
Jenis penelitian ini adalah observasional analitik dengan desain Cross Sectional . 4.4
Populasi dan Sampel Penelitian 4.4.1
Populasi Penelitian
Populasi penelitian ini adalah pasien rawat inap di RS Dr Kariadi Semarang yang terinfeksi Enterobacteriaceae penghasil ESBL. 4.4.2
Sampel Penelitian
Sampel penelitian adalah populasi yang memenuhi kriteria inklusi dan tidak tereksklusi dari kriteria yang ditetapkan Kriteria Inklusi
Semua hasil pemeriksaan Vitek2 didapatkan Enterobacteriaceae penghasil ESBL 42
Kriteria Eksklusi
Hasil pemeriksaan vitek2 menunjukkan bakteri selain Enterobacteriaceae penghasil ESBL Hasil eror dari pemeriksaan vitek2???? Besar Sampel Penelitian
Besar sampel minimal yang dibutuhkan ditentukan dengan menggunakan rumus besar sampel untuk penelitian diagnostik, yaitu 1. Menentukan besar sampel yang didiagnosis positif oleh baku emas Besar sampel dihitung dengan rumus besar sampel untuk uji diagnostik dengan interval kepercayaan 95%. Sensitivitas metode uji vitek2 95,9%. Untuk uji sensitivitas diperlukan jumlah sampel minimal : 2
= Z
PQ
2
d N= besar sampel minimal
P= sensitivitas yang diinginkan 95,9% = 96% Q =1-P, yaitu 0,19 d =presisi penelitian, yaitu 10% Zα=deviat baku alpha, yaitu 1,96 Sehingga, = (1,96)20,960,19 (0,1) 2 = 70,1 2. Menghitung besar sampel keseluruhan dengan melakukan koreksi prevalensi kasus, dengan besar sampel untuk uji diagnostik : ′
= N
N’ : Besar sampel untuk uji diagnostik
43
N : Besar sampel yang didiagnosis positif oleh baku emas Pr : Prevalensi kasus ESBL ′
=70,1 0.79
′
= 88,7 = 89
Sehingga jumlah sampel minimal yang dibutuhkan adalah 89 sampel.
Cara pengambilan Sampel
Pemilihan
subjek
penelitian
adalah
secara
consecutive
sampling
yaitu
menetapkan subjek yang memenuhi kriteria inklusi dimasukkan sebagai subjek penellitian sampai jumlah sampel terpenuhi.
4.5
Variabel Penelitian Variabel Prediktor
Variabel prediktor dalam vitek 2 untuk
penelitian ini adalah pemeriksaan menggunakan
deteksi gen CTX-M, SHV dan TEM pada Enterobacteriaceae
penghasil ESBL dengan skala variabel nominal. Variabel Hasil Akhir atau Outcome
Variabel hasil akhir dalam penelitian ini adalah pemeriksaan menggunakan vitek 2 untuk
deteksi gen CTX-M, SHV dan TEM pada Enterobacteriaceae
penghasil ESBL dengan skala variabel nominal. 4.6
Definisi Operasional No
1
Variabel
Sensitivitas
Deskripsi
Sensitivitas Proporsi hasil pemeriksaan Enterobacteriaceae penghasil ESB yang menunjukan hasil positif baik pada metode
Skala
Numerik
44
4.7
2
Spesifisitas
3
Nilai prediksi positif
4.
Nilai prediksi negatif
baku emas maupun pada metode yang diuji dibandingkan dengan seluruh hasil positif pada metode baku emas saja Proporsi hasil pemeriksaan Enterobacteriaceae Numerik penghasil ESBL yang menunjukkan hasil negatif baik pada metode baku emas maupun pada metode yang diuji dibandingkan dengan seluruh hasil negatif pada metode baku emas saja Probabilitas pasien pembawa ESBL pada Numerik pasien yang memiliki hasil positif pada metode diagnosis vitek2 Probabilitas pasien tidak pembawa ESBL Numerik pada pasien yang memiliki hasil positif pada metode diagnosis vitek2
Alat dan Bahan 4.7.1
Alat
Alat yang digunakan pada penelitian ini adalah 4.7.2
Bahan
Sampel diambil dari swab rectal responden, kemudian dilakukan pemeriksaan identifikasi dan tes kepekaan antibiotik menggunakan Vitek-2 Compact System (Biomerieux.USA) dan Hybri spot 24.
45
4.8
Alur Penelitian
Pengambilan swab rectal pasien
Pemeriksaan fenotip vitek2 Compact System
Enterobacteriaceae penghasil ESBL
Pemeriksaan genotip Hybrispot 24
Analisis Data
4.9
Etika Penelitian
Sebelum penelitian dilaksanakan prosedur penelitian akan diminta persetujuan Komite Etik Penelitian Kesehatan (KEPK) Fakultas kedokteran Universitas Diponegoro/ RSUP Dr Kariadi Semarang dan izin penelitian kepada Direktur RSUP
Dr
Kariadi
Semarang.
Data
pribadi
pasien
akan
ditanggung
kerahasiaannya dan kepentingan pasien tetap diutamakan. 4.10
Analisis Data
46
DAFTAR PUSTAKA
1. Staf pengajar fakultas kedokteran universitas indonesia. buku ajar mikrobiologi kedokteran edisi revisi. jakarta: binarupa aksara, 1994. 2. B. E. Bali, L. Acik and N. Sultan, "Phenotypic and Molecular characterization of SHV, TEM, CTX-M and exteded spectrum beta laktamases produced by Esherichia coli, Acinetobacter baumanii, and Klebsiella isolates in Turkish Hospital," African Journal of Microbiology Research, vol. 8, no. 4, pp. 650-654, 2010. 3. T. Sana KR, B. Racha, D. Fouad, A. Marcel, M. Hasan, H. Sani and H. Monzer. Detection of genes TEM, OXA, SHV, and CTX-M in 73 clinical isolates of Escherichia coli producers of extended spectrum beta laktamases and determination of thieir suscpectibility to antibiotics. iMedPub Journals 2011; 1. 4. Pitout JD, Laupland KB. Extended-spectrum beta-laktamase-producing enterobacteriaceae: an emerging public-health concern. Lancet Infect Dis. 2008;8(3):159 – 166. doi: 10.1016/S1473-3099(08)70041-0. 5. chamberlain NR. The big Picture Medical Microbiology. united states: Mc Graw Hill Lange, 2009. 6. Mangeney N, Niel P, Paul G, Faubert E, Hue S, Dupeyron C, Louarn F, Leluan G. A 5-year epidemiological study of extended-spectrum beta-laktamase-producing Klebsiella pneumoniae isolates in a medium- and long-stay neurological unit. J Appl Microbiol. 2000;88:504 – 511. . 7. Giske CG, Monnet DL, Cars O, Carmeli Y. Clinical and economic impact of common multidrug-resistant gram-negative bacilli. Antimicrob Agents Chemother. 2008;52(3):813 – 821. . 8. Forbes BA, Sahm DF, Weissfeld AS. Bailey & Scott's Diagnostic Microbiology, 12 ed. united states: Elsevier, 2009. 9. Jan N, Kulkarni A, Meshram SU. Plasmid profile analysis of multidrug resistant E. coli isolated from UTI patients of Nagpur City, India. Romanian Biotechnological Letters 2009;5 10. Kluytmans JA1 OI, Willemsen I, Kluytmans-van den Bergh MF, van der Zwaluw K, Heck M, Rijnsburger M, Vandenbroucke-Grauls CM, Savelkoul PH, Johnston BD, Gordon D, Johnson JR. Extended-spectrum beta laktamase-producing Escherichia coli from retail chicken meat and humans: comparison of strains, plasmids, resistance genes, and virulence factors. Clinical Infectious Disease 2013;4. 11. Voets GM, Fluit AC, Scharringa J, Schapendonk C, van den Munckhof T, Leverstein-van Hall MA, et al.Identical plasmid AmpC beta-laktamase genes and plasmid types in E. coli isolates from patients and poultry meat in the Netherlands. Int J Food Microbiol. 2013; 167: 359±362. 12. Pajariu A. Infeksi oleh Bakteri Penghasil Extended-Spectrum Beta-Laktamase (ESBL) di RSUP Dr Kariadi Semarang : Faktor Risiko terkait Penggunaan Antibiotik. Semarang: Universitas Diponegoro, 2010. 13. Lautenbach E, Patel JB, Bilker WB, Edelstein PH, Fishman NO. Extended-spectrum betalaktamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae: risk factors for infection and impact of resistance on outcomes. Clin Infect Dis. 2001;32:1162 – 1171. 14. National Nosocomial Infections Surveillance (NNIS) System Report, data summary from January 1992 through June 2003, issued August 2003.
47
15. Munday C. J., Xiong J., Li C., Shen D., Hawkey P. (2004). Dissemination of CTX-M type beta laktamases in Enterobacteriaceae isolates in the people's republic of China. Int. J. Antimicrob. Agents. 23, 175 – 180. . 16. Hawkey, P. M. 2008. Prevalence and clonality of extended-spectrum beta-laktamases in Asia. Clin. Microbiol. Infect. 14(Suppl. 1):159-165. 17. Vidhya Natarajan SSS. Prevelance of bla TEM gene in uropathogenic Escherichia coli isolated from tertiary care hospitals in Coimbator, South India. . International Journal of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences 2013;Vol 5, , Suppl 3. 18. Karim MH, Md S, Alam D, Yeasmin T. Molecular Identification of TEM and SHV Genes in Extended Spectrum Beta-laktamase Producing Escherichia coli and Klebsiellae pneumoniae Isolates in a Tertiary Care Hospital, Bangladesh. Journal of Pure and Applied Microbiology 2017; 11(2):1189-1198. 19. Severin JA1 LE, Kloezen W, Lemmens-den Toom N, Mertaniasih NM, Kuntaman K, Purwanta M, Duerink DO, Hadi U, van Belkum A, Verbrugh HA, Goessens WH; “Antimicrobial Resistance in Indonesia, Prevalence and Prevention” (AMRIN) study group. Faecal carriage of extended-spectrum beta laktamase-producing Enterobacteriaceae among humans in Java, Indonesia, in 2001-2002. Trop Med Int Health 2012 Apr;17(4):455-61. 20. Grover S. S, Sharma M, Chattopadhya D, Kapoor H, Pasha ST, Singh G. Phenotypic and genotypic detection of ESBL mediated cephalosporins resistance in Klebsiella pneumoniae:Emergence of high resistance against cefepime, the fourth generation cephalosporins. J Infect 2006; 54: 279-88. . 21. Paterson DL, Bonomo RA. Extended-spectrum beta-laktamases: a clinical update. Clin Microbiol Rev 2005;18:657-86. 22. Colodner R, Raz R. Extended-spectrum beta-laktamases: the end of cephalosporins? Isr Med Assoc J 2005;7:336-8. 23. Tumbarello M, Spanu T, Sanguinetti M, et al. Bloodstream infections caused by extendedspectrum-beta-laktamase-producing Klebsiella pneumoniae: risk factors, molecular epidemiology, and clinical outcome. Antimicrob Agents Chemother 2006;50:498-504. 24. Chaudhary U, Aggarwal R. Extended spectrum -laktamases (ESBL) - an emerging threat to clinical therapeutics. Indian J Med Microbiol 2004;22:75-80. 25. Canadian Committee on Antibiotic R. Antimicrobial resistance: An update from the Canadian Committee on Antibiotic Resistance. Can J Infect Dis Med Microbiol 2005;16:309-11. 26. Dakh F; Mutation frequency of non-ESBL phenotype SENTRY(Asia-Pasific) Isolates of Klebsiella pneumonia Conversion to ESBL Positive Phenotype; Queensland University of Technology School of Life Science; QUT December 2008; downloaded at http://eprints.qut.edu.au/28413/1/Farshid_Dakh's_Thesis.pdf; 05.01-2010. 27. Taslima Y. Prevalence of ESBL among E. coli and Klabsiella Sp in a Tertiary Care Hospital and Molecular Detection of Important ESBL Producing Genes by Multipex PCR.Departement Microbiology and Immunology Mymensingh Medical College. Mymensingh Banglades 2012: 66-85. 28. Rani S, .I.Jahnavi, K.Nagamani. Phenotypic and Molecular Characterization of ESBL producing Enterobacteriaceaein A Tertiary Care Hospital. IOSR Journal of Dental and Medical Sciences (IOSR-JDMS) 2016;15:27-34. 29. Biedenbach DJ BS, Hoban DJ, Hackel M, Phuong DM, Nga TT, Phuong NT, Phuong TT, Badal RE. Antimicrobial susceptibility and extended-spectrum beta-laktamase rates in aerobic gram-negative bacteria causing intra-abdominal infections in Vietnam: report from
48
