Tugas 5a

Tugas 5A

Guiding Question

1) Apa yang dimaksud dengan marka fenotipik dan marka molekuler ? 2) Apa perbedaan antara marka molekuler, gen, dan primer ? 3) Pada generasi mana marka dapat diaplikasikan? Mengapa? 4) Apa syarat suatu marka itu dikatakan berkualitas ? 5) Apa perbedaan marka molekuler berbasis PCR dan non PCR ? 6) Bagaimana cara mencari kandidat marka yang bersesuaian dengan karakter target ? 7) Apa yang dimaksud dengan polimorfisme ? 8) Apa yang dimaksud dengan marka co-dominant dan dominant ? 9) Apa yang harus diperhatikan dalam memilih marka molekuler ? 10) Jika karakter target yang akan diidentifikasi adalah karakter akar, bagaian tanaman yany manakah yang bisa digunakan untuk isolasi DNA-nya ? Mengapa ?

TTS

Mendatar 1. Marka ini merupakan mutasi titik di mana satu nukleotida disubstitusi oleh nukleotida lain pada lokus tertentu (SNP) 2. Basa nukleotida sederhana 18-25 pasang basa yang berasosiasi dengan suatu karakter tertentu (primer) 3. Prosedur-prosedur yang digunakan untuk mendapatkan informasi posisi gen, memperlihatkan perbedaan gen secara , mengetahui kemiripan dan mengindikasikan seberapa jauh lokasi dari satu gen dengan lainnya (mapping) 4. Metode marka dalam pemuliaan tanaman yang mengacu sebagai metode seleksi backcross pada tanaman dan dapat menggabungkan MAS dengan fenotyping (MAB) 5. Suatu teknik atau metode replikasi DNA secara enzimatik tanpa menggunakan organisme (PCR) 6. A specific place on a chromosome where a gene is located (locus) 7. Metode yang dilakukan untuk menentukan urutan yang tepat dari beberapa untuaian untaian DNA (sequence) 8. A recognizable quality or attribute resulting from the interaction of a gene or group of genes with the environment meth gene character (traits) 9. DNA fragments amplified by the PCR using specific 15-30 bp primers, designed from nucleotide sequences established from cloned RAPD fragments linked to a trait of interest (SCAR) 10. Salah satu bentuk dominansi dengan pasangan allel yang heterozygote terekspresikan dengan baik sehingga menghasilkan keturunan berfenotipe tidak dominan atau resesif (codominant) 12. The process of bringing together several disease resistance or agronomi- cally important genes from different sources into one genetic background (genotype) biot meth gene (pyramiding) 14. Marka molekuler yang didasarkan adanya amplifikasi yang selektif berasal dari potongan DNA (AFLP) 15. Penampilan suatu individu hasil interaksi dari genotype dengan lingkungan (Phenotyping) 17. Sekuens DNA yang akan ditranskripsikan dan ditranslasikan / dikodekan (exon) 18. Teknik pemisahan komponen/molekul DNA bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik (Elektroforesis) 19. Proses dalam pemuliaan tanaman untuk mendapatkan individu dengan karakter yang diinginkan dan mengeliminasi karakter yang tidak diinginkan (Selection)

21. Jenis marka yang hanya mengungkap alel dominan tunggal pada lokus yang sama (dominan) 22. A biomolecule that holds the blueprint for how living organisms are built (DNA) 27. Gen pada lokus yang sama pada kromosom homolognya yang mengendalikan sifat dan karakteristik atau variasi gen pada lokus yang sama (Allele) Menurun 1. Marka yang banyak dipilih peneliti karena sifatnya sangat polimorfik, disebut juga marka mikrosatelit (SSR) 2. Marka yang menunjukkan perbedaan pola pita DNA pada genotype yang diuji (Polymorfism) 4. A DNA-histone protein thread, usually associated with RNA, occurring in the nucleus of a cell; it bears the genes that constitute hereditary material (Cromosome) 11. The hereditary unit that occupies a fixed position on the chromosome, which through transcription has a specific effect upon phenotype gene; it may mutate to various allelic forms; in molecular biology, a segment of DNA including regulatory sequences (promoter, operator, terminator) that encodes an RNA and/or protein molecule (gene) 13. Marka kodominan yang dalam prosesnya memerlukan DNA dalam jumlah cukup besar untuk proses pemotongan dengan enzim restriksi (RFLP) 16. Proses penempelan sekuen nukleotida sederhana yang menginisiasi pemanjangan DNA dengan pemanasan (Annealing) 20. Penampilan suatu individu yang dipengaruhi oleh konstitusi genetic (genotyping) 23. Marka dominan berbasis PCR yang digunakan untuk mendeteksi adanya suatu polimorfisme DNA dalam suatu populasi atau antar populasi (RAPD) 24. Sekuens DNA yang tidak dikodekan (Introne) 25. Fragments of mRNA sequences derived through single sequencing reactions performed on randomly selected clones from cDNA libraries (EST) 26. A section of DNA (the locus) which correlates with variation in a phenotype (the quantitative trait) (QTL)

 5    .  P   7    .  S  

 6    .L  

 C 

 4   E    M  O   S    O   M  O   R   H   .  C  2    6    .  Q 

 C 

 R   U 

 U 

2    7    .  A 

 S  

L  

 8   L    .  T  

1   2    .  P 

 A 

 Y  

 I     N 

 C 

L  

 R 

 T    C 

1    A   0    .  C 

E  

 A 

 4   2    M  S    I     F    R   O   M  .  Y   L    O   .  P 

 M  I   

 9    .  S  

E  

 N  E    N 

D   A 

1   E    .1    G 

 O 

 R   S    .1    S  

E  

B 

 I   

 N   P 

D 

 M

1    4    .  A 

 M

 I   

 I   

 F  

E  

 N 

1    8    .E  

 N 

1   1    G   N   I    L    A   7    N   N   6    .  .E    A 

1   1    5   L    F    3    .  .  P   R 

 3    .  M

 H   P 

 A 

E  

 X 

 N 

E  

 P 

 C 

 O 

 T  

 N 

1    9    P   .  S  

 T  

 N 

 O 

E    I   

2   2    .D 

 R   O  2    C   I     7    .  P 

 T  

2   1    .D 

 G   N   I     P   Y    T    O   N  2   D   P   A   3    .  R 

L    N  2   E    0    .  G 

 P 

 M

 C 

 H 

 I   

 I   

 T  

 O 

 N 

 N 

 I   

 G 

 A 

 O 

E  

 N 

 N 

2    T    S    5    .E  

 T  

2    N   O   R   T    N   4    .  I   

 I     S