UJI AKTIVITAS ANTIINFLAMASI EKSTRAK ETANOL DAUN JARAK MERAH ( Jatropha gossypifolia ) SECARA IN VITRO DENGAN METODE STABILISASI MEMBRAN HRBC (HUMAN RED BLOOD CELL)
PROPOSAL
ARYATI CAHYARAMDHANI G 701 15 049
PROGRAM STUDI FARMASI JURUSAN FARMASI FAKULTAS MATEMATIKA MATEMATIKA DAN IILMU LMU PENGET PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS TADULAKO
MARET 2018
UJI AKTIVITAS ANTIINFLAMASI EKSTRAK ETANOL DAUN JARAK MERAH ( Jatropha gossypifolia ) SECARA IN VITRO DENGAN METODE STABILISASI MEMBRAN HRBC (HUMAN RED BLOOD CELL) A. LATAR BELAKANG
Di indonesia penyakit yang melibatkan proses inflamasi di dalam tubuh angka kejadiannya cukup tinggi. Prevalensi nasional Penyakit Diabetes Melitus adalah 2,1%, Prevalensi nasional Penyakit Asma adalah 4,5%, Prevalensi nasional Dermatitis adalah 6,8%, Prevalensi nasional Infeksi Saluran Pernafasan Akut adalah 25,50%. Prevalensi nasional Pnemonia adalah 2,13%, Prevalensi nasional Penyakit Sendi adalah 24,7%, Prevalensi nasional Penyakit Tumor/Kanker adalah 0,4%, Prevalensi nasional Hepatitis adalah 1,2%, Prevalensi nasional Dermatitis adalah 6,8%, penyakit tersebut termasuk penyakit yang terdapat reaksi inflamasi (Dinkes, 2013).
Inflamasi merupakan suatu respon jaringan terhadap rangsangan fisik atau kimiawi yang merusak. Rangsangan ini menyebabkan lepasnya mediator inflamasi seperti histamin, serotonin, bradikinin, dan prostaglandin yang menimbulkan reaksi radang berupa panas, nyeri, merah, bengkak, dan disertai gangguan fungsi. Kerusakan sel yang terkait dengan inflamasi berpengaruh pada selaput membran sel yang menyebabkan leukosit mengeluarkan mengeluarkan enzimenzim lisosomal dan asam arakhidonat. Metabolisme asam arakhidonat menghasilkan prostaglandin-prostaglandin yang mempunyai efek pada pembuluh darah, ujung saraf, dan pada sel-sel yang terlibat t erlibat dalam inflamasi (Katzung, 2004). Obat antiinflamasi adalah golongan obat yang memiliki aktivitas menekan atau mengurangi peradangan. Aktivitas ini dapat dicapai melalui berbagai cara, yaitu menghambat pembentukan mediator radang, menghambat migrasi
1
UJI AKTIVITAS ANTIINFLAMASI EKSTRAK ETANOL DAUN JARAK MERAH ( Jatropha gossypifolia ) SECARA IN VITRO DENGAN METODE STABILISASI MEMBRAN HRBC (HUMAN RED BLOOD CELL) A. LATAR BELAKANG
Di indonesia penyakit yang melibatkan proses inflamasi di dalam tubuh angka kejadiannya cukup tinggi. Prevalensi nasional Penyakit Diabetes Melitus adalah 2,1%, Prevalensi nasional Penyakit Asma adalah 4,5%, Prevalensi nasional Dermatitis adalah 6,8%, Prevalensi nasional Infeksi Saluran Pernafasan Akut adalah 25,50%. Prevalensi nasional Pnemonia adalah 2,13%, Prevalensi nasional Penyakit Sendi adalah 24,7%, Prevalensi nasional Penyakit Tumor/Kanker adalah 0,4%, Prevalensi nasional Hepatitis adalah 1,2%, Prevalensi nasional Dermatitis adalah 6,8%, penyakit tersebut termasuk penyakit yang terdapat reaksi inflamasi (Dinkes, 2013).
Inflamasi merupakan suatu respon jaringan terhadap rangsangan fisik atau kimiawi yang merusak. Rangsangan ini menyebabkan lepasnya mediator inflamasi seperti histamin, serotonin, bradikinin, dan prostaglandin yang menimbulkan reaksi radang berupa panas, nyeri, merah, bengkak, dan disertai gangguan fungsi. Kerusakan sel yang terkait dengan inflamasi berpengaruh pada selaput membran sel yang menyebabkan leukosit mengeluarkan mengeluarkan enzimenzim lisosomal dan asam arakhidonat. Metabolisme asam arakhidonat menghasilkan prostaglandin-prostaglandin yang mempunyai efek pada pembuluh darah, ujung saraf, dan pada sel-sel yang terlibat t erlibat dalam inflamasi (Katzung, 2004). Obat antiinflamasi adalah golongan obat yang memiliki aktivitas menekan atau mengurangi peradangan. Aktivitas ini dapat dicapai melalui berbagai cara, yaitu menghambat pembentukan mediator radang, menghambat migrasi
1
sel leukosit ke daerah radang atau menghambat pelepasan prostaglandin dari sel tempat pembentukannya. pembentukannya. (Roberts & Morrow, 2001) Berdasarkan mekanisme mekanisme kerja obat antiinflamasi terbagi dalam dua golongan, yaitu obat antiinflamasi golongan steroid dan non steroid. Obat antiinflamasi yang banyak dikonsumsi oleh masyarakat adalah obat antiinflamasi non steroid (OAINS). Penggunaan OAINS berkaitan dengan sejumlah efek samping termasuk perubahan fungsi ginjal, efek pada tekanan darah, kerusakan hati dan inhibisi platelet yang dapat mengakibatkan resiko pendarahan. pendarahan. Efek samping yang paling penting dari OAINS adalah efek terhadap gastrointestinal dan kardiovaskular. kardiovaskular. (Ong et al, 2007) Indonesia merupakan salah satu negara dengan kekayaan hayati terbesar di dunia yang memiliki lebih dari 30.000 spesies tanaman tingkat tinggi. Hingga saat ini, tercatat 7000 spesies tanaman telah diketahui khasiatnya namun kurang dari 300 tanaman yang digunakan sebagai sebagai bahan baku industri farmasi secara regular. Sekitar 1000 jenis tanaman yang telah diidentifikasi dii dentifikasi dari aspek botani sistematik tumbuhan dengan baik. WHO pada tahun 2008 mencatat bahwa 68% penduduk dunia masih menggantungkan menggantungkan sistem pengobatan tradisional yang mayoritas melibatkan tumbuhan untuk menyembuhkan penyakit dan lebih dari 80% penduduk dunia menggunakan menggunakan obat herbal untuk mendukung kesehatan kesehatan mereka (Saifudin, et.al., 2011). Tanaman yang biasanya digunakan masyarakat untuk antiinflamasi antara lain daun jambu biji, kunyit, daun kumis kucing, daun dewa, dan biji kelabet. Pada tanaman jarak merah (Jatropha gossypifolia) masih jarang masyarakat indonesia yang menggunakan jarak merah sebagai obat traditional (Sampurno, 2007). Ada beberapa hasil penelitian terbukti daun jarak merah (Jatropha gossypifolia) dengan dosis 500 mg 2000 mg dengan ektrak air –
dapat menghambat inflamasi 14.2% - 38.6% (Yerramsetty, 2013). Bagian akar jarak merah (Jatropha gossypifolia) dengan dosis 100 mg/kg
200
–
mg/kg ektrak metanol dapat menghambat inflamasi 50.99% - 64.24% (Panda
2
B.B et.al, 2009). Kandungan yang diduga sebagai antiinflamasi pada daun jarak merah (Jatropha gossypifolia) adalah flavanoid (MS Khyade, 2011) Efek antiinflamasi telah diamati pada flavonoid dan tanin. Flavonoid seperti quercetin diketahui efektif dalam mengurangi peradangan akut. Flavonoid tertentu memiliki aktivitas penghambatan ampuh terhadap berbagai enzim seperti protein kinase C, tirosin kinase protein, fosfolipase A2, fosfodiesterase dan lainnya (Kumar et al, 2012) Sel darah merah (eritrosit) manusia telah banyak digunakan sebagai model studi interaksi obat dengan membran. Seperti obat yang memiliki efek anestesi dan obat antiinflamasi non steroid (OAINS) dapat mencegah lepasnya hemoglobin (Hb) dari sel darah merah (eritrosit) ketika terjadi kondisi hipotonik. Teori ini digunakan sebagai metode yang sangat berguna untuk menilai aktivitas anti inflamasi dari bermacam-macam senyawa secara in vitro (Kumar, 2012). Chowdhury et al, 2014 dalam penelitiannya
menggunakan metode ini untuk melakukan uji aktivitas antiinflamasi dari ekstrak Gardenia coronaria Leaves. Penelitian yang dilakukan oleh Prakatindih 2014 juga menggunakan metode ini untuk menguji aktivitas antiinflamasi kitosan yang telah diradiasi. Melihat metode ini cukup efektif untuk melihat efek antiinflamasi secara in vitro serta potensi yang dimiliki oleh tumbuhan jarak merah ( Jatropha gossypifolia) khususnya bagian daun sebagai anti inflamasi, maka pada penelitian ini akan dilakukan uji aktivitas antiinflamasi ekstrak etanol daun jarak merah secara in vitro dengan metode stabilisasi membran HRBC ( Human Red Blood Cell ).
3
B. RUMUSAN MASALAH
Berdasarkan latar belakang di atas, dapat dirumuskan masalah yaitu apakah ekstrak etanol daun jarak merah ( Jatropha gossypifolia) memiliki efek antiinflamasi ditinjau dari jumlah hemoglobin (Hb) yang dilepaskan oleh sel darah merah ? C. TUJUAN PENELITIAN
Adapun tujuan penelitian ini yaitu menguji efek antiinflamasi dari ekstrak etanol daun jarak merah ( Jatropha gossypifolia) ditinjau dari jumlah hemoglobin (Hb) yang dilepaskan oleh sel darah merah. D. MANFAAT PENELITIAN
Penelitian ini diharapkan dapat memberikan tambahan informasi dan ilmu pengetahuan, tentang antiinflamasi dan potensi daun jarak merah ( Jatropha gossypifolia) sebagai antiinflamasi alami, serta hasil penelitian ini diharapkan
dapat menjadi refrensi untuk penelitian lebih lanjut di masa yang akan datang. E. BATASAN MASALAH
Masalah pada penelitian ini dibatasi pada pengujian aktivitas antiiflamasi ekstrak etanol daun jarak merah ( Jatropha gossypifolia) secara in vitro dengan metode stabilisasi membran HRBC ( Human Red Blood Cell )
4
F. TINJAUAN PUSTAKA 1. Tinjauan Umum Tanama Famili Theaceae 1.1. Ciri Umum
Secara umum tanaman teh berakar dangkal, peka terhadap keadaan fisik tanah, dan cukup sulit untuk dapat menembus lapisan tanah. Pertumbuhan akar ke arah lateral, penyebarannya dibatasi oleh perdu di dekatnya. Ada dua varietas utama tanaman teh. Varietas berdaun kecil (Camellia sinensis) dan berdaun lebar (Camellia assamica). Mula mula berkilat, tetapi semakin tua bertambah suram dan kasar. –
Bijinya berwarna coklat beruang tiga. Berkulit tipis, berbentuk bundar di satu sisi dan datar di sisi lain. Biji berbelah dua dengan kotiledon (cotyledone) besar, yang jika dibelah akan secara jelas memperlihatkan embrio akar dan tunas. Buah yang masih muda, berwarna hijau, bersel tiga, dan berdinding tebal. Mula mula berkilat, tetapi semakin tua –
bertambah suram dan kasar. Bijinya berwarna coklat beruang tiga. Berkulit tipis, berbentuk bundar di satu sisi dan datar di sisi lain. Biji berbelah dua dengan kotiledon ( cotyledone) besar, yang jika dibelah akan secara jelas memperlihatkan embrio akar dan tunas (Wongso W. 2011). 1.2. Kandungan Kimia
Kandungan kimia daun teh sangat bervariasi tergantung pada jenis klon, musim dan kondisi tanah, perlakuan kultur teknis, umur daun, dan banyaknya sinar matahari yang diterima (Pusat Penelitian Teh dan Kina, 2008). Komposisi senyawa kimia yang terkandung dalam teh sangat kompleks, terdiri atas polifenol (katekin dan turunannya), senyawa-
5
senyawa ksantin (kafein, teofilin, dan teobromin), asam amino, karbohidrat, protein, klorofil, senyawa-senyawa volatil, fluor, mineral, dan senyawa-senyawa kelumit. Turunan polifenol terdapat dalam jumlah yang paling banyak dan memiliki potensi aktivitas antioksidan, baik in vitro maupun in vivo (Wu dan Wei, 2002). 1.3. Khasiat dan Manfaat
Katekin teh bersifat antimikroba (bakteri dan virus), antioksidan, antiradiasi, memperkuat pembuluh darah, melancarkan sekresi air seni, dan menghambat pertumbuhan sel kanker (Tariq & Reyaz, 2012; Aigbodion & Marcell, 2013). Khasiat yang dimiliki oleh komponen kimia dalam teh adalah sebagai anti-inflamasi, anti oksidasi, anti alergi, dan anti obesitas (Khan & Mukhtar, 2007). Beberapa penelitian menunjukkan bahwa senyawa aktif yang terdapat pada teh juga dapat mencegah berbagai penyakit, seperti mengurangi kadar kolesterol dan mencegah penyakit jantung (Rathee et al 2012), berpotensi sebagai antioksidan (Jang et al ., 2007; Izzreen & Fadzelly, 2013), dan dapat menjadi salah satu alternatif dalam menangani penyakit infeksi bakteri (Tariq & Reyaz, 2012). 2. HIV / AIDS
Gambar 1. Struktur HIV
6
Virus HIV ( Human Immunodeficiency Virus) adalah retrovirus yang termasuk dalam famili lentivirus. Retrovirus mempunyai kemampuan menggunakan RNA-nya dan DNA penjamu untuk membentuk Virus DNA dan dikenali selama periode inkubasi yang panjang dan utamanya menyebabkan munculnya tanda dan gejala AIDS. HIV menyebabkan beberapa kerusakan sistem imun dan menghancurkannya. Hal tersebut terjadi dengan menggunakan DNA dari manusia dimana CD4+ dan limfosit digunakan untuk mereplikasikan diri, dalam proses ini, virus tersebut menghancurkan CD4+ dan limfosit (Ninuk & Nursalam, 2008). Sampai dengan saat ini dikenal dua serotip HIV yang menginfeksi manusia, yaitu HIV tipe1 (HIV-1) dan HIV tipe 2 (HIV-2). HIV-1 lebih mematikan dan lebih mudah masuk kedalam tubuh. HIV-1 maupun HIV-2 mempunyai struktur yang hampir sama, HIV-1 mempunyai gen vpu (protein u virus) tetapi tidak mempunyai vpx (protein x virus), sedangkan sebaliknya HIV-2 mempunyai vpx tetapi tidak mempunyai vpu. Perbedaan struktur genom ini walaupun sedikit, diperkirakan mempunyai peranan dalam menentukan patogenitas dan perbedaan perjalanan penyakit diantara kedua tipe HIV tersebut, karena HIV-1 yang lebih sering ditemukan, maka penelitian penelitian klinis dan laboratoris lebih sering dilakukan terhadap HIV-1 (Boisee et al, 2008). Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS) adalah kumpulan gejala
penyakit akibat menurunnya sistem kekebalan tubuh. Penyebabnya adalah HIV. Sesudah terjadi infeksi HIV, penderita awalnya tidak memperlihatkan gejala gejala khusus. Setelah beberapa minggu, orang yang terinfeksi akan –
sering menderita penyakit ringan sehari hari seperti flu dan diare. Pada –
periode 3 sampai 4 tahun kemudian penderita penyakit memperlihatkan gejala khas atau disebut periode tanpa gejala. Pada saat ini penderita sehat dan dari luar juga nampak sehat. Sesudahnya, tahun ke 5 atau 6 mulai timbul diare berulang, penurunan berat badan secara mendadak, sering sariawan di mulut, serta terjadi pembengkakan di kelenjar getah bening dan pada
7
akhirnya bisa terjadi berbagai penyakit infeksi, kanker, dan bahkan kematian (Efendi F. & Makhfudli, 2009).
3. Antiretrovirus (Anti-HIV)
Mekanisme kerja obat antiretrovirus yaitu, inhibitor transkriptase balik nukleosida, inhibitor transkriptase balik nonnukleosida, dan inhibitor protease. Enzim transkriptase balik mengonversi RNA virus menjadi DNA provirus sebelum penggabungannya ke dalam kromosom sel inang. Karena obat obat ini mencegah infeksi akut pada sel sel yang rentan tetapi efeknya –
–
kecil pada sel yang terinfeksi HIV. Inhibitor transkriptase balik nonnukleosida merupakan golongan senyawa senyawa sintetik yang –
berbeda secara kimia yang bekerja memblokir aktivitas enzim transkriptase balik dengan berikatan di dekat sisi aktif enzim, sehingga menginduksi perubahan konformasi di sisi ini. Obat obat ini tidak hanya memiliki –
mekanisme kerja yang sama tetapi juga mempunyai beberapa profil toksisitas dan resisten yang sama (Goodman & Gilman, 2015). Mekanisme kerja inhibitor protease HIV 1 adalah dimer yang terdiri dua –
monomer 99 asam amino: tiap monomer menyumbangkan satu asam –
aspartat untuk membentuk sisi katalitik. Sebaliknya protease manusia hanya memiliki satu rantai polipeptida. Perbedaan struktur semacam ini memungkinkan inhibitor protease HIV untuk memiliki afinitas terhadap protease HIV 1000 kali lebih besar dari pada terhadap aspartil protease manusia. Protease HIV penting untuk kemampuan infeksi virus dan mencegah poliprotein virus menjadi enzim enzim virus aktif dan protein –
–
protein struktur (Goodman & Gilman, 2015).
4. Kimia Komputasi
Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat
–
8
sifat molekul dan perubahannya. Kimia komputasi dapat pula melakukan simulasi terhadap sistem sistem besar (atau banyak molekul protein gas, –
cairan, padatan, dan kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata (Priyanto B, 2007). 5. Moleculer Docking
Moleculer docking merupakan suatu teknik yang digunakan untuk
mempelajari interaksi yang terjadi dari suatu kompleks molekul. Moleculer docking dapat memprediksikan orientasi dari suatu molekul ke molekul yang
lain ketika berikatan membentuk kompleks yang stabil (funkhouser, 2007). Dalam bidang pemodelan molekul, docking adalah metode untuk memprediksi orientasi yang lebih diutamakan dari suatu molekul ketika terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil. Informasi ulang orientasi ini digunakan untuk memprediksi kekuatan hubungan atau afinitas ikatan antara dua molekul yang digunakan misalnya fungsi penilaian. Hubungan antara molekul biologis yang relavan seperti protein, asam nukleat, karbohidrat, dan lipid memainkan peran sentral dalam transduksi sinyal. Selanjutnya, orientasi relative dari dua pasangan yang berinteraksi dapat mempengaruhi jenis sinyal yang dihasilkan. Docking berguna untuk memprediksi baik kekuatan dan jenis sinyal yang dihasilkan. Docking sering digunakan untuk memprediksi orientasi ikatan kandidat obat
bermolekul kecil terhadap target proteinnya untuk memprediksi afinitas dan aktivitas molekul kecil. Maka docking memaikan peran penting dalam desain obat secara rasional (mukesh & Rakesh, 2011). 6. Skirining Virtual
Skrining virtual telah menjadi bagian integral dari proses penemuan obat. Sebagian besar telah berfokus pada pertanyaan seperti bagaimana kita bisa menyaring ruang kimia yang sangat besar dari lebih dari 10 senyawa yang dapat dikompromikan ke nomor yang dapat dikelola yang dapat disintesis dan diuji. Skrining virtual lebih praktis berfokus pada perancangan dan 9
optimalisasi perpustakaan kombinatorial yang ditargetkan dan memperkaya perpustakaan senyawa yang tersedia dari gudang senyawa atau penawaran vendor. Tujuan skrining virtual adalah untuk menghasilkan struktur kimia baru yang mengikat target makromolekul serta pengurangan ruang kimia maya yang sangat besar dari molekul organik kecil, untuk mensintesis protein target khusus, ke senyawa yang menghambat atau memiliki kesempatan tertinggi sebagai obat (Mannhold R. dkk, 2011). 7. Autodock
Autodock merupakan program penambahan molekul yang efektif yang secara cepat dan akurat dapat memprediksi konformasi dan energi dari suatu ikatan antara ligan dan target makromolekul. Autodock terdiri dari dua program utama, yatu autodock dan autodock grid. Autodock untuk melakukan penambahan molekul ligan dan protein target dengan set grid yang telah terdiskripsi. Pendiskripsian ini dilakukan sebelumnya dengan autogrid.
Untuk
memungkinkan
pencarian
konformasi,
autodock
membutuhkan ruang pencarian dalam sistem koordinat dimana posisi ligan dianggap akan terikat (Morris et al, 2009). 8. PyMOL
PyMOL merupakan salah satu program visualisasi molekuler open source yang cukup powerful saat ini. Program ini dapat ditingkatkan kinerjanya dengan menggunakan bantuan script Python untuk menampilkan efek-efek tertentu. Namun terkadang, ada berbagai fitur yang jarang diketahui pengguna awam, yang dapat digunakan untuk meningkatkan efek suatu hasil visualisasi molekuler agar lebih berkualitas (Hidayat, A. N., 2010).
9. Cygwin
Cygwin adalah kumpulan besar GNU dan Open Source yang meyediakan fungsionalitas yang serupa dengan distribusi Linux di Windows. Cygwin juga menyediakan fungsionalitas POSIX API yang subtansial (Cygwin,
10
2016).
10. ChemDraw
ChemDraw adalah alat gambar lengkap yang memungkinkan membuat gambar cerdas ilmiah yang siap pakai untuk digunakan di ELN, database, dan publikasi
serta untuk database kimia, termasuk SciFinder®.
(Chemdraw, 2016). 11. Protein Data Bank
Protein Data Bank (PDB; http://www.rcsb.org/pdb/) adalah sebuah dokumen atau kumpulan data eksperimen struktur tiga dimensi dari makromolekul biologis, yang sekarang berjumlah lebih dari 32.500 (Berman, at al., 2000). Termasuk protein dari asam nukleat. Molekulmolekul tersebut adalah molekul yang ditemukan di semua organisme termasuk bakteri, ragi, tanaman, lalat, hewan lain, dan manusia. Informasi ini dapat digunakan untuk membantu menyimpulkan peran struktur dalam kesehatan manusia dan penyakit, dan dalam pengembangan obat. Struktur yang terdapat dalam arsip ini mulai dari protein dan potongan potongan –
DNA sampai molekul kompleks seperti ribosom. (RCSB, 2014). 12. YASARA
YASARA adalah program grafis, pemodelan dan simulasi molekul untuk Windows, Linux, Mac OS X dan Android yang dikembangkan sejak tahun 1993, yang akhirnya membuat sangat mudah untuk menjawab pertanyaan Anda. Dengan antarmuka pengguna yang intuitif, grafis fotorealistik dan dukungan
untuk
kacamata
shutter
yang
terjangkau,
display
autostereoscopic dan perangkat input, YASARA menciptakan tingkat
interaksi baru dengan 'realitas buatan', yang memungkinkan peneliti untuk
11
berfokus pada tujuan peneliti dan melupakan detail dari program (Yasara, 2013). YASARA didukung oleh PVL ( Portable Vector Language), kerangka pengembangan baru yang memberikan kinerja jauh di atas perangkat lunak tradisional. PVL memungkinkan peneliti untuk memvisualisasikan bahkan protein terbesar dan memungkinkan simulasi real – time interaktif sejati dengan medan gaya yang sangat akurat pada PC standar, memanfaatkan GPU jika tersedia. Anda dapat mendorong dan menarik molekul di sekitar dan bekerja dengan model dinamis, bukan gambar statis (Yasara, 2013).
12
G. METODE PENELITIAN 1. Lokasi dan Waktu Penelitian 1.1. Lokasi Penelitian
Penelitian ini akan dilaksanakan di Laboraturium Terpadu Jurusan Farmasi Fakultas Matematika dan Ilmu Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Tadulako. 1.2. Waktu Penelitian
Penelitian ini akan dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan Februari 2018. 2. Bahan Penelitian
Model enzim protease pada virus HIV-1 yang di download dari situs Protein Data Bank (www.rscb.org/pdb/home).
Selain itu, diperlukan juga data struktur senyawa kimia dari tanaman famili Theaceae yang diambil dari website KNApSAcK dengan kata kunci Camelia sejumlah 249 senyawa, Gordonia sejumlah 10 senyawa dan Thea sinensis 12 senyawa (lihat di lampiran 1).
3. Alat yang digunakan
Perangkat lunak yang digunakan yaitu, Sistem Operasi Windows 10 Pro, chemdraw digunakan untuk membangun struktur senyawa metabolit Theaceae, YASARA digunakan untuk mempreparasi protein atau enzim protease yang akan digunakan, Autodock digunakan untuk men docking ,
13
PyMol digunakan untuk perhitungan RMSD dan Cygwin digunakan dalam analisis senyawa yang telah di docking. Perangkat keras yang digunakan pada penelitian ini adalah Laptop merek Acer dengan processor Intel (R) Core (TM) i5-5200U CPU @ 2.20 GHz, memory 4 GB RAM.
4. Populasi, Sampel dan Teknik Pengambilan Sampel 4.1. Populasi
Populasi pada penelitian ini adalah senyawa metabolit yang terdapat pada famili Theaceae (genus Apterosperma, Camellia, Dankia, Franklinia, Gordonia Polyspora, Pyrenaria, Schima, dan Stewartia). 4.2. Sampel
Sampel pada penelitian yang digunakan adalah senyawa metabolit yang terdapat pada famili Theaceae yang terdapat pada situs KNApSAcK. 4.3. Teknik Pengambilan Sampel
Pengambilan sampel dilakukan secara purposive sampling dimana sampel
yang
digunakan
diambil
(http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/).
dari Alasan
website KNApSAcK
dipilihnya
website
KNApSAcK dalam pengambilan sampel yaitu, karena website tersebut mempunyai data senyawa metabolit yang luas dan lengkap. 5. Prosedur Kerja 5.1. Penyiapan Senyawa Metabolit
Senyawa metabolit yang terdapat pada famili Theaceae yang telah diketahui (sebanyak 241 senyawa metabolit) diuduh pada website knapsack (http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/) selanjutnya yang
14
dilakukan yaitu, mengubah dimensi senyawa metabolit
tersebut
menjadi 3D dan dioptimasi strukturnya dengan metode PM3 menggunakan aplikasi YASARA.
5.2. Penyiapan Enzim Protease
Mengunduh Enzim Protease HIV-1 melalui website www.pdb.org. Kemudian, digunakan perangkat lunak YASARA untuk memisahkan ligan native dari enzim sehingga memperoleh berkas ligan native, disimpan enzim (tanpa ligan) dengan mengabaikan keberadaan H 2O dalam ekstensi pdb. Ligan native yang telah disimpan dalam format pdb. dibuka kembali dalam perangkat lunak ADT, untuk menambahkan hidrogen (H) pada ligan, dan disimpan dalam ekstensi .pdbqt sedangkan enzim disimpan dalam ekstensi .pdbqt tanpa ditambahkan hidrogen (H). 5.3. Redocking Molekul Ligan dengan Autodock
Dibuat folder baru yang berisi file ligand.pdbqt dan enzim.pdbqt. Setelah folder dibuat disiapkan file parameter grid (GPF) dan docking file parameter (DPF) dengan menggunakan Autodocktools (ADT).
Semua file yang ada disatukan dalam satu folder. Kemudian, dilakukan stimulasi docking dengan aplikasi Autodock di cygwin. 5.4. Analisis dan Visualisasi Penambatan Molekul
Posisi dan orientasi ligan native pada makromolekul, serta asam
–
asam amino yang terikat pada ligan divisualisasikan dengan perangkat lunak PyMOL. Kemudian, dihitung nilai dari RMSD ( Root Mean Square Deviantion). Bila nilai RMSD <2Å, maka protokol redocking
dinyatakan sudah valid. 5.5. Docking Senyawa Metabolit
15
Enzim yang tersimpan dalam format .pdbqt di copy ke dalam folder Autodock, bersama dengan file GPF dan DPF sebelumnya serta file molekul senyawa uji. Selanjutnya, dilakukan stimulasi docking dengan aplikasi Autodock pada cygwin. 5.6. Analisis dan Visualisasi Penambatan Molekul Senyawa Metabolit
Nilai docking dari masing masing senyawa uji tersebut kemudian –
dibandingkan dengan skor docking native ligand yang diperoleh dari protokol yang dipilih. Hasil docking dianalisis dan divisualisasi mode interaksi ligand – reseptornya dengan menggunakan software PyMol.
16
H. DAFTAR PUSTAKA Aigbodion, O.B., & Marcell, I. (2013). Microbiological characteristics and phytochemical screening of some herbal teas in Nigeria. European Scientific Journal, 9(8), 149-160. Berman, H. M., et al. (2000). The Protein Data Bank. Oxford University Press. Boisee L., Gill J., & Power C. (2008). HIV infection of the central nervous system clinical features and neuropathogenesis. Neurol Clin. Chemdraw. (2016). Chemdraw : diperoleh dari website chemdram : https://ist.mit.edu/chemdraw. Diakses pada 20 Agustus 2017. Curtis BM, Scharnowske S, Watson AJ (1992). "Sequence and expression of a membrane-associated C-type lectin that exhibits CD4-independent binding of human immunodeficiency virus envelope glycoprotein gp120". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89 (17 ): 8356 – 60. PMC 49917 . PMID 1518869. doi:10.1073/pnas.89.17.8356. Cygwin. (2016). Cygwin : Get that Linux feeling on windows : diperoleh –
dari website cygwin : https://www.cygwin.com/ . Diakses pada 20 Agustus 2017. Dalgleish AG, Beverley PC, Clapham PR, Crawford DH, Greaves MF, Weiss RA (1984). "The CD4 (T4) antigen is an essential component of the
17
receptor for the AIDS retrovirus". Nature. 312 (5996): 763 7. –
PMID 6096719. doi:10.1038/312763a0. de Witte L, Bobardt M, Chatterji U, Degeest G, David G, Geijtenbeek TB, Gallay P (2007). "Syndecan-3 is a dendritic cell-specific attachment receptor for HIV-1". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (49): 194649 .PMC 2148312 .PMID 18040049 .doi:10.1073/pnas.0703747104 Goodman & Gilman. (2015). Dasar Farmakologi Terapi Vol. 3. Jakarta : EGC. Gupta R., Hill A., Sawyer A.W., and Pillay D. Emergence of drug resistance in HIV type 1-infected patients after receipt of first-line highly active antiretroviral therapy: a systematic review of clinical trials. Clinical Infectious Diseases 47: 712-722. September 1, 2008. Hidayat, A. N. (2010). Bioinformatika Indonesia : Visualisasi gambar menggunakan pymol. Diperoleh dari website Bioinformatika : http://www.bioinformatika.org/tutorial/bioinformatika-struktural/visuali sasi-molekuler/visualisasigambarmenggunakanpymol.
Diakses
07
November 2017. Horn, T. (2012). Transmitted HIV Drug Resistance on the Rise in U.S., http://www.aidsmeds.com/articles/hiv_drug_resistance_1667_221 18.shtml. Diakses tanggal 07 November 2017. Izzren, N.Q.M.N., & Fadzelly, M.A.B. (2013). Phytochemicals and antioxidant properties of different parts of Camellia sinensis leaves from Sabah tea plantation in Sabah, Malaysia. International Food Research Journal , 20(1), 307-312.
18
Jang, H.D., Chang, K.S., Huang, Y.S., Hsu, C.L., Lee, S.H., & Su, M.S. (2007). Principal phenolic phytochemicals and antioxidant activities of three Chinese medicinal plants. Food Chemistry , 103, 749-756. Khan, N., & Mukhtar, H. (2007). Tea polyphenols for health promotion. Life Science, 81, 519-533. Liu S, Lu H, Zhao Q, He Y, Niu J, Debnath AK, Wu S, Jiang S. (2005). Theaflavin derivatives in black tea and catechin derivatives in green tea inhibit HIV-1 entry by targeting gp41. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-General Subjects.;1723(1):270-81. Mannhold R., Kubinyi H., Folkers G. (2011). Virtual Screening, principles, challenges, and practical guidelines volume 48. WILEY-VCH. Germany. Mbisa JL et al. Evidence of self-sustaining drug resistant HIV-1 lineages among untreated patients in the UK. Clinical Infectious Diseases, advance online publication. doi: 10.1093/cid/civ393. 2015. Morris, G. M., dkk. (2009). AutoDock Version 4.2 : Automated Docking of flexible ligands to flexible reseptors. La Jolla, California, U.S.A. the scripps research institute. Murni S., Green C. W., Djauzi S. Setiyanto A., Okta S. (2016). Hidup dengan HIV-AIDS. Yayasan Spiritia. Yogyakarta. Nakamura Y., et al. (2017). KNApSAcK : A Comprehensive SpesiesMetabolite Reactionship Database : Diperoleh dari website : Kanaya.naist.jp/knapsack/. Diakses pada 28 Desember 2017.
19
Nance CL, Siwak EB, Shearer WT. (2009). Preclinical development of the green tea catechin, epigallocatechin gallate, as an HIV-1 therapy. Journal of Allergy and Clinical Immunology.123(2):459-65. Pusat Penelitian Teh dan Kina. (2008). Petunjuk teknis pengelolaan teh (p. 109). Gambung: Pusat Penelitian Teh dan Kina. Prianto B. (2007). Pemodelan Kimia Komputasi. Peneliti Bidang Material Dirgantara. LAPAN. Jakarta. Rathee, J.S., Hassarajani, S.A., & Chattopadhyay, S. (2007). Antioxidant activity of Nyctanthes arbortristis leaf extract. Food Chemistry , 103, 1350-135. RCSB. (2014). About the PDB archive and the RCSB PDB. Diperoleh dari website Protein Data Bank : http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_informasi/about_pdb/inde x.html Setyamidjaja D. (2000). Teh Budidaya dan Pengolahan Pasca Panen. Gramedia. Jakarta. Tariq, A.L., & Reyaz, A.L. (2012). Phytochemical analysis of Camellia sinensis leaves. Int. J. of Drug Development and Research, 4 (4), 311-
316. Yunuar A. (2012). Penambatan molekuler: penambatan molekular praktek dan aplikasi pada virtual screening. Depok. Wongso W. W. (2011). Kisah dan Khasiat Teh. Gramedia. Jakarta.
20
Wu, C. D., & Wei, G., (2002). Tea as a functional Food for Oral Health 18, 443-444. Yasara. (2013). YASARA : Yet Another Scientific Artificial Reality Application : diperoleh dari website YASARA : www.yasara.org/. Diakses pada 26 Oktober 2017.
I.
LAMPIRAN 1. Senyawa Metabolit dari Famili Theaceae
No
Metabolite
Molecular formula
Organisme
1
Gibberellin A1
C19H24O6
Camellia sinensis
2
Gibberellin A3
C19H22O6
Camellia sinensis
3
Gibberellin A12
C20H28O4
Camellia sinensis
4
Gibberellin A15
C20H26O4
Camellia sinensis
5
Gibberellin A19
C20H26O6
Camellia sinensis
6
Gibberellin A20
C19H24O5
Camellia sinensis
7
Gibberellin A38
C20H26O6
Camellia sinensis
8
Gibberellin A51
C19H24O5
Camellia sinensis
9
Gibberellin A53
C20H28O5
Camellia sinensis
(-)-Jasmonic acid
C12H18O3
Camellia sinensis,
10
Camellia japonica, Camellia sasanqua 11
Methyl jasmonate
C13H20O3
Camellia sinensis, Camellia japonica, Camellia sasanqua
21
12
Dihydroquercetin
C15H12O7
Camellia sinensis
13
(+)-Catechin
C15H14O6
Camellia sinensis
14
(-)-Epicatechin
C15H14O6
Camellia sinensis, Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE, Camellia japonica 15
(+)-Epicatechin
C15H14O6
Camellia sinensis
16
epi-Gallocatechin 3-O-gallate
C22H18O11
Camellia sinensis
17
Theasinensin A
C44H34O22
Camellia sinensis
18
cis-Jasmone
C11H16O
Camellia sinensis
19
Indole
C8H7 N
Camellia sinensis
20
Caffein
C8H10 N4O2
Camellia sinensis, Camellia sinensis
var. Sinensis, Camellia irawadiensis, Camellia taliensis, Camellia kissi 21
Theobromine
C7H8 N4O2
Camellia sinensis, Camellia irawadiensis, Camellia taliensis, Camellia ptilophylla
22
Theophylline
C7H8 N4O2
Camellia sinensis
23
3-O-Galloylquinic acid
C14H16O10
Camellia sinensis
24
3-O-Caffeoylquinic acid
C16H18O9
Camellia sinensis, Thea sinensis
25
Epigallocatechin-(4beta->8)epicatechin-3-O-gallate
C37H30O17
Camellia sinensis
26
Prodelphinidin B4
C30H26O14
Camellia sinensis
27
Procyanidin B4
C30H26O12
Camellia sinensis
22
28
(E)-Citral
C10H16O
Camellia sinensis
29
Barringtogenol C
C30H50O5
Camellia sinensis
30
Theasaponin
C59H92O27
Camellia sinensis
31
Kaempferol
C15H10O6
Camellia sinensis
32
Pollenitin
C16H12O7
Camellia sinensis
33
Trifolin
C21H20O11
Camellia sinensis, Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE 34
Astragalin
C21H20O11
Camellia sinensis
35
Camelliaside C
C27H30O16
Camellia sinensis
Nicotiflorin
C27H30O15
Camellia sinensis
37
Kaempferol 3-glucosyl-(1->3)rhamnosyl-(1->6)-galactoside
C33H40O20
Camellia sinensis
38
Kaempferol 3-(3Rhaglucosylrutinoside)
C33H40O20
Camellia sinensis
39
Camelliaside B
C32H38O19
Camellia sinensis
40
Camelliaside A
C33H40O20
Camellia sinensis
41
Herbacetin 7-methyl ether 3glucoside
C22H22O12
Camellia sinensis
42
Hirsutrin
C21H20O12
Camellia sinensis
43
Quercetin 3-glucosyl-(1->3)rhamnosyl-(1->6)-galactoside
C33H40O21
Camellia sinensis
44
Quercetin 3-(3R-glucosylrutinoside)
C33H40O21
Camellia sinensis
45
Myricetin 3-O-galactoside
C21H20O13
Camellia sinensis
46
Isomyricitrin
C21H20O13
Camellia sinensis
47
Meloside A
C27H30O15
Camellia sinensis
48
6,8-Di-C-beta-Darabinopyranosylapigenin
C25H26O13
Camellia sinensis
49
Vicenin 3
C26H28O14
Camellia sinensis
50
Tricetinidin
C15H11O6
Camellia sinensis
51
Id aein
C21H21O11
Camellia sinensis,
36
Camellia spp. 52
Empetrin
C21H21O12
Camellia sinensis
53
(+)-Dihydrokaempferol
C15H12O6
Camellia sinensis
23
54
Leucocyanidin
C15H14O7
Camellia sinensis
55
Epiafzelechin
C15H14O5
Camellia sinensis
56
(+)-Gallocatechin
C15H14O7
Camellia sinensis
57
(-)-Epigallocatechin
C15H14O7
Camellia sinensis
58
(-)-Epicatechin 3-O-gallate
C22H18O10
Camellia sinensis
59
Epicatechin 3-O-(3-O-methylgallate)
C23H20O10
Camellia sinensis
60
Epicatechin 3,5-di-O-gallate
C29H22O14
Camellia sinensis
61
Gallocatechin 3-O-gallate
C22H18O11
Camellia sinensis
62
Epigallocatechin 3-O-(3-Omethylgallate)
C23H20O11
Camellia sinensis
63
Gallocatechin 3'-O-gallate
C22H18O11
Camellia sinensis
64
Epigallocatechin 3,5,-di-O-gallate
C29H22O15
Camellia sinensis
65
Epigallocatechin 3,3',-di-O-gallate
C29H22O15
Camellia sinensis
66
Epigallocatechin 3,4',-di-O-gallate
C29H22O15
Camellia sinensis
67
Epigallocatechin 3-O-p-coumarate
C24H20O9
Camellia sinensis
68
Epigallocatechin 3-O-caffeate
C24H20O10
Camellia sinensis
69
Theasinensin B
C37H30O18
Camellia sinensis
70
Procyanidin B2
C30H26O12
Camellia sinensis
71
Procyanidin C1
C45H38O18
Camellia sinensis
72
Gallocatechin-(4alpha->8)epicatechin
C30H26O13
Camellia sinensis
73
3-O-Galloylepicatechin-(4beta->6)epicatechin-3-O-gallate
C44H34O20
Camellia sinensis
74
Catechin-(4alpha->8)-epicatechin-3O-gallate
C37H30O16
Camellia sinensis
75
Epicatechin-(4beta->8)-epicatechin3-O-gallate
C37H30O16
Camellia sinensis
76
3-O-Galloylepicatechin-(4beta->8)epicatechin-3-O-gallate
C44H34O20
Camellia sinensis
77
3-O-Galloylepigallocatechin-(4beta>6)-epigallocatechin-3-O-gallate
C44H34O22
Camellia sinensis
78
Gallocatechin-(4alpha->8)epigallocatechin-3-O-gallate
C37H30O18
Camellia sinensis
79
Epigallocatechin-(4beta->8)epigallocatechin-3-O-gallate
C37H30O18
Camellia sinensis
24
80
3-O-Galloylepigallocatechin-(4beta>8)-epigallocatechin-3-O-gallate
C44H34O22
Camellia sinensis
81
Theaflavin
C29H24O12
Camellia sinensis
82
Theaflavin 3-O-gallate
C36H28O16
Camellia sinensis
83
Theaflavin 3'-O-gallate
C36H28O16
Camellia sinensis
84
Theaflavin 3,3'-di-O-gallate
C43H32O20
Camellia sinensis
85
Delphinidin 3-O-beta-D-(6-O-(E)-pcoumaryl)galactopyranoside
C30H27O14
Camellia sinensis
86
trans-p-Feruloyl-beta-Dglucopyranoside
C16H20O9
Camellia sinensis
87
Theadibenzotropolone A
C50H38O21
Camellia sinensis
88
Kaempferol 3-rhamnosyl-(1->3)rhamnosyl-(1->6)-glucoside
C33H40O19
Camellia sinensis
89
Kaempferol 3-rhamnosyl-(1->3)(4'''acetylrhamnosyl)(1->6)-glucoside
C35H42O20
Camellia sinensis
90
Xanthine
C5H4 N4O2
Camellia sinensis
91
1-(R)-Phenylethyl beta-Dglucopyranoside
C14H20O6
Camellia sinensis
92
1-(S)-Methylbutyl-beta-Dglucopyranoside
C11H22O6
Camellia sinensis
93
alpha-Terpineol
C10H18O
Camellia sinensis
94
Chakaflavonoside A
C48H56O27
Camellia sinensis
95
Chakanoside I
C14H18O7
Camellia sinensis
96
Chakasaponin I
C59H92O26
Camellia sinensis
97
Chakasaponin II
C62H92O27
Camellia sinensis
98
Chakasaponin III
C59H92O27
Camellia sinensis
99
Chakasaponin V
C63H98O27
Camellia sinensis
100
Chakasaponin VI
C59H92O26
Camellia sinensis
101
Floratheasaponin B
C62H96O27
Camellia sinensis
102
Floratheasaponin C
C62H98O27
Camellia sinensis
103
Floratheasaponin D
C60H94O26
Camellia sinensis
104
Floratheasaponin E
C63H98O27
Camellia sinensis
105
Floratheasaponin F
C63H100O27
Camellia sinensis
106
Floratheasaponin G
C60H94O26
Camellia sinensis
25
107
Floratheasaponin H
C62H96O27
Camellia sinensis
108
Floratheasaponin I
C60H94O26
Camellia sinensis
109
Salicylaldehyde
C7H6O2
Camellia sinensis
110
Theasaponin A1
C57H90O26
Camellia sinensis
111
Theasaponin A2
C59H92O27
Camellia sinensis
112
Theasaponin A3
C61H94O28
Camellia sinensis
113
Theasaponin A4
C58H92O27
Camellia sinensis
114
Theasaponin A5
C60H94O28
Camellia sinensis
115
Theasaponin C1
C57H90O25
Camellia sinensis
116
Theasaponin E1
C59H90O27
Camellia sinensis
117
Theasaponin E2
C59H90O27
Camellia sinensis
118
Theasaponin E3
C57H88O26
Camellia sinensis
119
Theasaponin E4
C59H90O27
Camellia sinensis
120
Theasaponin E5
C61H92O28
Camellia sinensis
121
Theasaponin E6
C57H88O26
Camellia sinensis
122
Theasaponin E7
C59H90O27
Camellia sinensis
123
Theasaponin E8
C59H90O27
Camellia sinensis
124
Theasaponin E9
C61H92O28
Camellia sinensis
125
Theasaponin F1
C58H90O27
Camellia sinensis
126
Theasaponin F2
C60H92O28
Camellia sinensis
127
Theasaponin F3
C60H92O28
Camellia sinensis
128
Theasaponin G1
C57H88O25
Camellia sinensis
129
Theasaponin H1
C58H90O26
Camellia sinensis
130
trans-p-Coumaroyl beta-Dglucopyranoside
C15H18O8
Camellia sinensis
Neotheaflavin 3-O-gallate
C36H28O16
Camellia sinensis
132
Theaflavate B
C36H28O15
Camellia sinensis
133
3-Keto-beta-ionone
C13H18O2
Camellia sinensis
134
Isotheaflavin
C29H24O12
Camellia sinensis
135
Methyl phenyl carbinol
C8H10O
Camellia sinensis
136
Camelliasaponin B1
C58H90O26
Camellia sinensis,
131
Camellia
26
japonica 137
Camelliasaponin C1
C58H92O26
Camellia sinensis, Camellia japonica
138
Isovitexin
C21H20O10
Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE 139
Vitexin
C21H20O10
Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE 140
Isoschaftoside
C26H28O14
Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE 141
Benzyl beta-D-glucopyranoside
C13H18O6
Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE 142
Floratheasaponin A
C59H92O26
Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE 143
Icariside B5
C19H32O8
Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE 144
L-Theanine
C7H14 N2O3
Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE, Camellia oleifera 145
Theasaponin B1
C65H94O27
Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE, Camellia sinensis
var. Sinensis 146
Naringenin
C15H12O5
Camellia sinensis
var. assamica 147
Epiafzelechin 3-O-gallate
C22H18O9
Camellia sinensis
var. Assamica 148
Epicatechin 3-O-(4-O-methylgallate)
C23H20O10
Camellia sinensis
var. Assamica 149
Epicatechin 3-O-p-hydroxybenzoate
C22H18O8
Camellia sinensis
var. Assamica 150
Epigallocatechin 3-O-cinnamate
C24H20O8
Camellia sinensis
var. Assamica 151
Desgalloyl theasinensin F
C30H26O13
Camellia sinensis
var. Assamica 152
Theasinensin F
C44H34O21
Camellia sinensis
var. assamica 153
Desgalloyl theaflavonin
C36H32O20
Camellia sinensis
var. assamica
27
154
Theaflavonin
C43H36O24
Camellia sinensis
var. assamica 155
Assamicain A
C44H36O22
Camellia sinensis
var. assamica 156
Assamicain C
C44H36O22
Camellia sinensis
var. assamica 157
Procyanidin B3
C30H26O12
Camellia sinensis
var. Assamica, Camellia japonica 158
Catechin-(4alpha->8)epigallocatechin
C30H26O13
Camellia sinensis
var. Assamica, Camellia sinensis
var. Viridis 159
Theogallinin
C36H32O21
Camellia sinensis
var. Assamica 160
Theaflagallin
C20H16O9
Camellia sinensis
var. Assamica 161
Epitheaflagallin 3-O-gallate
C27H20O13
Camellia sinensis
var. Assamica, Camellia sinensis
var. Viridis 162
TR-Saponin A
C51H76O20
Camellia sinensis
var. Assamica 163
TR-Saponin B
C51H78O20
Camellia sinensis
var. Assamica 164
TR-Saponin C
C51H80O21
Camellia sinensis
var. Assamica 165
Isotheasaponin B1
C63H92O26
Camellia sinensis
var. Sinensis 166
Isotheasaponin B2
C63H92O26
Camellia sinensis
var. Sinensis 167
Theasinensin C
C30H26O14
Camellia sinensis
var. Viridis 168
169
170
8-C-Ascorbyl epigallocatechin 3-Ogallate
C28H24O17
Epicatechin-(4beta->8)-epicatechin3-O-glucoside
C36H36O17
3-O-Galloylepiafzelechin-(4beta->6)epigallocatechin-3-O-gallate
C44H34O20
Camellia sinensis
var. Viridis Camellia sinensis
var. Viridis Camellia sinensis
var. Viridis
28
171
172
173
174
175
176
177
3-O-Galloylepicatechin-(4beta->6)epigallocatechin-3-O-gallate
C44H34O21
Catechin-(4alpha->8)epigallocatechin-3-O-gallate
C37H30O17
3-O-Galloylepicatechin-(4beta->8)epigallocatechin-3-O-gallate
C44H34O21
3-O-Galloylepigallocatechin-(4beta>6)-epicatechin-3-O-gallate
C44H34O21
3-O-Galloylepigallocatechin-(4beta>8)-epicatechin-3-O-gallate
C44H34O21
Epigallocatechin-(2beta->7,4beta>8)-epigallocatechin-3-O-gallate
C37H28O18
Oolongtheanin
C36H28O17
Camellia sinensis
var. Viridis Camellia sinensis
var. Viridis Camellia sinensis
var. Viridis Camellia sinensis
var. Viridis Camellia sinensis
var. Viridis Camellia sinensis
var. Viridis Camellia sinensis
var. Viridis 178
Oolonghomobisflavan A
C45H36O22
Camellia sinensis
var. Viridis 179
Oolonghomobisflavan B
C45H36O22
Camellia sinensis
var. Viridis 180
Assamsaponin A
C57H88O25
Camellia sinensis
var. assamica PIERRE 181
Assamsaponin B
C61H92O28
Camellia sinensis
var. assamica PIERRE 182
Assamsaponin C
C59H90O27
Camellia sinensis
var. assamica PIERRE 183
Assamsaponin D
C59H92O27
Camellia sinensis
var. assamica PIERRE 184
Assamsaponin E
C59H92O26
Camellia sinensis
var. assamica PIERRE 185
Assamsaponin F
C62H94O29
Camellia sinensis
var. assamica PIERRE 186
Assamsaponin G
C60H92O28
Camellia sinensis
var. assamica PIERRE 187
Assamsaponin H
C60H92O28
Camellia sinensis
var. assamica PIERRE
29
188
Assamsaponin I
C60H92O28
Camellia sinensis
var. assamica PIERRE 189
Theacrine
C9H12 N4O3
Camellia assamica var.
kucha 190
Pedunculagin
C34H24O22
Camellia japonica
191
Tellimagrandin I
C34H26O22
Camellia japonica
192
Camellidin I
C55H86O25
Camellia japonica
193
Camellidin II
C53H84O24
Camellia japonica
194
Cyanidin 3-arabinoside
C20H19O10
Camellia japonica
195
Hyacinthin
C30H27O13
Camellia japonica, Camellia sasanqua, Camellia hiemalis
196
Camelliatannin F
C48H34O26
Camellia japonica
197
Camelliatannin G
C49H34O29
Camellia japonica
198
Camelliatannin C
C49H38O28
Camellia japonica
199
Camelliatannin E
C49H38O28
Camellia japonica
200
Camelliatannin A
C49H36O27
Camellia japonica
201
Camelliatannin B
C49H36O27
Camellia japonica
202
Camelliasaponin A1
C58H92O25
Camellia japonica
203
Camelliasaponin A2
C58H92O25
Camellia japonica
204
Camelliasaponin B2
C58H90O26
Camellia japonica
205
Camelliasaponin C2
C58H92O26
Camellia japonica
30
206
Camellioside A
C53H84O24
Camellia japonica, Camellia sasanqua
207
Camellioside B
C55H86O25
Camellia japonica, Camellia sasanqua
208
Camellioside C
C53H82O23
Camellia japonica, Camellia sasanqua
209
Camellioside D
C54H88O24
Camellia japonica
210
Maragenin II
C29H44O2
Camellia japonica
211
Sasanquol
C30H52O
Camellia sasanqua
212
3-O-(2-O-beta-Xylopyranosyl-6-O(Z)-p-coumaroyl)-betagalactopyranoside
C35H35O17
Camellia reticulata
213
Cyanidin 3-O-(2-O-betaxylopyranosyl)-betagalactopyranoside
C26H29O15
Camellia reticulata
Cyanidin 3-O-(2-O-betaxylopyranosyl-6-O-(E)-caffeoyl) beta-galactopyranoside
C35H35O18
Camellia reticulata
215
Cyanidin 3-O-(2-O-betaxylopyranosyl-6-O-(E)-pcoumaroyl)-beta-galactopyranoside
C35H35O17
Camellia reticulata
216
Cyanidin 3-O-(2-O-betaxylopyranosyl-6-O-acetyl)-betagalactopyranoside
C28H31O16
Camellia reticulata
217
Cyanidin 3-O-(2-O-betaxylopyranosyl-6-O-acetyl)-betaglucopyranoside
C28H31O16
Camellia reticulata
218
Kaempferol 3-(2Gglucosylrutinoside)
C33H40O20
Camellia oleifera
219
Cyanin
C27H31O16
Camellia sp.
220
Quercetin 3-xylosyl-(1->2)rhamnosyl-(1->6)-glucoside
C32H38O20
Camellia saluenensis,
214
Camellia
31
saluensis 221
Gordonoside H
C53H84O20
Gordonia chrysandra
222
Gordonoside B
C54H86O18
Gordonia chrysandra
223
Gordonoside C
C54H86O18
Gordonia chrysandra
224
Gordonoside E
C54H86O17
Gordonia chrysandra
225
Gordonoside F
C54H86O17
Gordonia chrysandra
226
Gordonoside G
C54H86O17
Gordonia chrysandra
227
Gordonoside D
C53H84O17
Gordonia chrysandra
228
Gordonoside A
C26H38O5
Gordonia chrysandra
229
3beta,11alpha-Diacetoxy-13betahydroxyolean-12-one
C34H54O6
Gordonia ceylanica
230
3beta-Acetoxy-11alpha,13betadihydroxyolean-12-one
C32H52O5
Gordonia ceylanica
231
Brassinolide
C28H48O6
Thea sinensis
232
Castasterone
C28H48O5
Thea sinensis
233
Typhasterol
C28H48O4
Thea sinensis
234
Teasterone
C28H48O4
Thea sinensis
235
28-Norcastasterone
C27H46O5
Thea sinensis
236
28-Homocastasterone
C29H50O5
Thea sinensis
237
trans-2-Hexenal
C6H10O
Thea sinensis
238
(Z)-3-Hexenal
C6H10O
Thea sinensis
239
cis-3-Hexen-1-ol
C6H12O
Thea sinensis
240
Hexanal
C6H12O
Thea sinensis
241
Linalyl oxide
C10H18O2
Thea sinensis
32
2. Skema Kerja a.
Penyiapan Senyawa Metabolit Senyawa metabolit (241 senyawa) - diunduh Senyawa metabolit 2D - diubah dimensi menggunakan Chem3D Senyawa metabolit 3D - dioptimasi menggunakan YASARA Senyawa metabolit 3D (.pdbqt)
b. Penyiapan Enzim Protease Enzim protease HIV-1 - diunduh Enzim protease HIV-1 (.pdb) - dipisahkan ligan native dari enzim menggunakan YASARA
Enzim (tanpa ligan) - dihapus H2O menggunakan ADT Enzim (.pdbqt)
Ligan native (.pdb) + Hidrogen (H) menggunakan ADT Ligan native (.pdbqt)
33
c.
Redocking Molekul Ligan dengan Autodock Ligand.pdbqt dan enzim.pdbqt - disimpan dalam folder baru file parameter grid (gpf) dan file parameter docking (dpf)
- disiapkan menggunakan ADT - disimpan dalam folder yang berisi ligand.pdbqt dan enzim.pdbqt Folder siap docking - distimulasi docking menggunakan Autodock di cygwin Hasil docking (.pdbqt)
d. Analisis dan Visualisasi Penambatan Molekul Hasil docking (.pdbqt) - divisualisasikan menggunakan PyMOL - dihitung nilai RMSD pada PyMOL Bila RMSD <2Å, maka protokol redocking yang digunakan sudah vaild
e. Docking Senyawa Metabolit enzim.pdbqt, senyawa metabolit (.pdbqt), file parameter grid (gpf) dan file parameter docking (dpf) - dicopy dalam satu folder baru Folder siap docking - distimulasi docking menggunakan Autodock di cygwin Hasil docking (.pdbqt)
34
