Laporan Bioinformatika Lidya Fix

LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI “BIOINFORMATIKA”

Dosen : Bawon Triatmoko, S. Farm., M. Sc., Apt.

Disusun Oleh: Nama

: Maulida Ba!i"a#ul I$#i#ah

NIM

: %&''%(%(%(%&

Kel)m*)" : A+'

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI BAGIAN BIOLOGI FARMASI FAKULT FAKULTAS AS FARMASI UNI,ERSITA UNI,ERSI TAS S -EMBER  '(%. KATA KATA PENGANTAR  PENG ANTAR 

Puji syukur kehadirat Tuhan Ya Yan Maha !sa atas rahmat dan hidayah"#ya yan te$ah di%erikan di%erikan kepada kepada penu$is, penu$is, sehina dapat dapat menye$esaik menye$esaikan an $aporan $aporan  praktikum yan %erjudu$ %erjudu$ &Bioin'ormatika( ini sesuai denan denan yan direncanakan. direncanakan. Penyusunan $aporan ini diunakan diunakan untuk untuk me$enkapi me$enkapi tuas mata mata ku$iah  praktikum %iotekno$oi 'armasi.

Penu$is menyadari %ahwa masih %anyak 

kekuranan da$am penu$isan penu$isan $aporan ini. )$eh karena itu, semua %entuk %entuk saran dan kritik yan mem%anun senantiasa penu$is harapkan. Penu$is menucapkan %anyak terima kasih kepada pak Bawon Triatmoko., S. Farm., M. Sc., Apt. dan pihak"pih pihak"pihak ak yan mem%erikan mem%erikan %antuan %antuan %aik secara $ansun maupun tidak $ansun se$ama proses penyusunan penyusunan $aporan ini. Akhirnya, Akhirnya, penu$is penu$is %erharap %erharap semoa semoa penyusun penyusunan an

$aporan $aporan ini %anya %anyak  k 

mem%awa man'aat %ai semua pem%aca.

*em%er, + Mei -/

Tim Penu$is

BAB I PENDA/ULUAN



%0%

La#a! Bela"an1

Perkem%anan tekno$oi D#A rekom%inan memainkan peranan pentin da$am $ahirnya %ioin'ormatika. Tekno$oi D#A rekom%inan memuncu$kan suatu  penetahuan %aru da$am rekayasa enetika oranisme yan dikena$ denan  %iotekno$oi. Perkem%anan Perkem%anan %iotekno$oi dari %iotekno$oi tradisiona$ ke  %iotekno$oi modren sa$ah satunya ditandainya denan kemampuan manusia da$am me$akukan ana$isis D#A oranisme, sekuensin D#A dan manipu$asi D#A. 0emampuan untuk memahami dan memanipu$asi kode enetik D#A ini sanat sanat didukun didukun o$eh tekno$oi tekno$oi in'ormasi in'ormasi me$a$ui me$a$ui perkem%a perkem%anan nan hardware dan  software. Baik pihak pa%rikan  software dan hardware maupun pihak ketia da$am

 produksi perankat $unak. Sa$ah satu contohnya dapat di$ihat pada upaya 1e$era 2enomics, perusahaan %iotekno$oi Amerika Serikat yan me$akukan pem%acaan sekuen enom manusia yan secara maksima$ meman'aatkan tekno$oi in'ormasi sehina %isa me$akukan pekerjaannya da$am waktu yan sinkat. 0emajuan teknik %io$oi mo$eku$er da$am menunkap sekuens %io$oi  protein 3sejak awa$ 45-an6 dan asam nuk$eat 3sejak 47-an6 menawa$i  perkem%anan  perkem%anan panka$an data dan teknik teknik ana$isis sekuens %io$oi. %io$oi. Panka$an data sekuens sekuens protein protein mu$ai mu$ai dikem%an dikem%ankan kan pada tahun tahun 47-an 47-an di Amerika Amerika Serikat, Serikat, sementara panka$an data sekuens D#A dikem%ankan pada akhir 4/-an di Amerika

Serikat

dan *erman pada

8a%oratorium

Bio$oi

(European Molecular Biology Laboratory) . Mo$eku$er !ropa (European

Penemuan Penemuan teknik teknik sekuensi sekuensin n D#A yan $e%ih cepat cepat pada pertenah pertenahan an 4/-an menjadi $andasan terjadinya $edakan jum$ah sekuens D#A yan dapat diunkapkan pada 4+-an dan 44-an. 9a$ ini menjadi sa$ah satu pem%uka ja$an  %ai proyek"proyek penunkapan penunkapan enom, yan meninkatkan ke%utuhan akan  pene$o$aan dan ana$isis sekuens dan pada akhirnya menye%a%kan menye%a%kan $ahirnya  %ioin'ormatika. Perk Perkem em%a %an nan an jari jarin nan an inte intern rnet et jua jua mend menduk ukun un %erk %erkem em%a %an nny nyaa  %ioin'ormatika. Panka$an data %ioin'ormatika yan terhu%unkan me$a$ui



internet memudahkan i$muwan da$am menumpu$kan hasi$ sekuensin ke da$am  panka$an data terse%ut serta mempero$eh sekuens %io$oi se%aai %ahan ana$isis. Se$ain itu, penye%aran proram"proram ap$ikasi %ioin'ormatika me$a$ui internet memu memuda dahk hkan an i$muw i$muwan an da$a da$am m men menak akse sess pro prora ram" m"pr pro ora ram m ters terse% e%ut ut dan dan kemudian memudahkan penem%anannya. Bioin'ormatika merupakan i$mu terapan yan $ahir dari perkem%anan tekno$oi in'ormasi di%idan mo$eku$ar. Pem%ahasan di%idan %ioin'ormatik ini tidak tidak ter$ep ter$epas as dari dari perkem perkem%an %anan an %io$o %io$oii mo$eku mo$eku$ar $ar modern modern,, sa$ah sa$ah satun satunya ya  peninkatan pemahaman manusia da$am %idan enomic yan terdapat da$am mo$eku$ D#A. Mempe$ajari penerapan teknik komputasi untuk mene$o$a dan men menan ana$ a$is isis is in'o in'orm rmas asii haya hayati ti.. Bida Bidan n ini ini menc mencak akup up pene penera rapa pann meto metode de"" metode metode matematika matematika,, statistika statistika,, dan in'ormatika in'ormatika untuk memecahk memecahkan an masa$ah" masa$ah" masa$ah

%io$oi,

terutama

yan

terkait

denan

penunaan

sekuens D#Adan asam amino. %0'

Tu2uan P!a"#i"um

.. .. Mahasiswa Mahasiswa menetahu menetahuii dan dan mampu mampu me$akuka me$akukann pene$ pene$usura usurann  %ioin'ormatika di internet .. Mahasiswa dapat menentukan menentukan D#A, sekuen sekuen en, dan dan protein, protein, serta  ja$ur yan %erperan da$am proses transduksi transduksi sinya$ yan yan me$i%atkan  protein terse%ut

BAB II TIN-AUAN PUSTAKA

Bioin'ormatika merupakan %idan i$mu da$am %io$oi yan menunakan tekno$oi komputer untuk penerapannya da$am i$mu %io$oi. Bioin'ormatika ini

;

$e%ih ditekankan da$am %idan khusus i$mu %io$oi, yaitu %iomo$eku$er. #amun  %i$a penerapannya tekno$oi komputer da$am i$mu %io$oi $e%ih dikena$ denan komputasi %io$oi.Perkem%anan %ioin'ormatika menye%a%kan pesatnya i$mu  %io$oi khusunya %idan %io$oi mo$eku$er, denan menunakan tekn$oi memudahkan da$am pene$itian, dan menhasi$kan keakuratan da$am penerjaan. Bioin'ormatika merupakan suatu metode yan memadukan antara tekno$oi komputasi denan %io$oi mo$eku$er yan memunkinkan kita untuk  me$akukan se%uah simu$asi mo$eku$er denan akurasi hasi$ yan cukup tini. Metode ini te$ah %anyak dikem%ankan untuk kepentinan %er%aai %idan, sa$ah satunya untuk desain
Ilmu

ini

mengajarkan

aplikasi,

analisis,

dan

mengorganisir miliaran bit informasi genetik dalam sel mahluk hidup.

tudi

bioinformatika

terutama

didukung

uleh

studi

genomik, biologi komputasi, dan teknologi komputer. !enurut "oderi#k $lihat %ieter & Boguski, '(()*, genomik adalah studi yang berhubungan dengan pemetaan, sekuen, dan analisis genom. +alaupun belum jelas, se#ara umum enomik bisa diartikan

sebagai

penggunaan

informasi

genom

se#ara

sistematis, dengan data eksperimental baru untuk menjawab permasalahan biologis, medis, maupun industri $ordan, '(((*.

5

 #1B> 3 National Centre for Biotechnology Information 6 merupakan suatu institusi yan menyediakan sum%er in'ormasi terkait perkem%anan %io$oi mo$eku$er. #1B> mem%uat data%ase yan dapat diakses o$eh pu%$ik dan menem%ankan so'tware  penana$isis data enom. Biotechno$oy sanat mem%antu da$am kehidupan manusia, mu$ai dari proses %io"yan sederhana sampai kepada tinkat yan $e%ih canih. #1B>  jua mendoron komunikasi i$miah pada %idan komputer. #1B> jua menem%ankan dan mempromosikan standar untuk data%ase, deposisi data dan pertukaran, serta tata" nama %io$oi. Berikut merupakan Data %ase and So'tware dari #1B> 3#ationa$ 1entre 'or  Biotechno$oy >n'ormation6 : 3Dhiantika, --6. %0 En#!e3

!ntre? merupakan sistem pencarian in'ormasi da$am #1B> yan menyediakan akses terinterasi untuk me$akukan sekuensin, pemetaan 3mappin6 , taksonomi dan data struktura$. !ntre? jua menyediakan am%aran ra'is untuk mappin sekuen dan kromosom. 1iri khas dan keunu$an !ntre? ada$ah kemampuan untuk pencarian in'ormasi terkait sekuen, struktur dan re'erensi. 8iteratur jurna$ yan tersedia dapat diakses me$a$ui Pu%Med. Pu%Med merupakan a$at penhu%un pencarian di we% yan menyediakan akses ke $e%ih dari  juta sitasi jurna$ di M!D8>#!. !ntre? 2ene adapat diakses pada www.nc%i.n$m.nih.o<@ene. 3Dhiantika, --6. '0 Nu4le)#ide Da#a5ase

Data%ase nuk$eotida merupakan suatu ko$eksi sekuen dari %e%erapa sum%er, termasuk diantaranya 2enBank, =e'erence Seuence 3=e'Se6, Third Party Annotation 3TPA6 dan Protein Data Bank 3PDB6. 2enBank merupakan data%ase sekuen enetik dari  #>9 3#ationa$ >nstitutes o' 9ea$th6, %erupa ko$eksi sekuen D#A yan dapat diketahui o$eh pu%$ik. Data%ase 2enBank di%iayai dan didistri%usi #1B>. Data sekuen dikirim ke 2enBank o$eh pene$iti dari se$uruh dunia. 60 BLAST 7Dhian#i"a8 '(%(90

B8AST 3Basic 8oca$ A$inment Search Too$6 merupakan suatu proram untuk   pencarian kemiripan sekuen 3seuence simi$arity6 dan merupakan a$at da$am identi'ikasi en dan karakter enetik. B$ast dapat me$akukan pencarian sekuen me$a$ui per%andinan denan data%ase D#A da$am waktu sinkat 3kuran dari 5 detik6. Ada 5 proram utama da$am B8AST, yaitu : a.nuc$eotide %$ast 3%$astn6 : mem%andinkan suatu sekuen nuk$eotida meraukan 3ueryseuence6 yan kita mi$iki denan data%ase sekuen nuk$eotida.  %. protein %$ast 3%$astp6 : mem%andinkan suatu sekuen asam amino yan kita mi$iki denan data%ase sekuen protein.

7

c. %$ast : mem%andinkan produk trans$asi konsep 7 'rame se%uah sekuen nuk$eotida 3trans$ated nuc$eotide6 yan kita mi$iki denan data%ase sekuen protein. d. t%$astn : mem%andinkan suatu sekuen protein yan kita mi$iki denan data%ase sekuen nuk$eotida yan secara dinamis ditrans$asi pada semua pem%acaan 7 'rame. e. t%$ast : mem%andinkan suatu trans$asi 7 'rame dari nuk$eotida 3Dhiantika, --6. Be%erapa journa$ pene$itian dapat diakses pada data%ase #1B> me$a$ui Pu%med maupun Pu%med centra$. Pu%Med ada$ah se%uah $ayanan dari #ationa$ 8i%rary o'  Medicine, yan menyertakan $e%ih dari - juta kutipan untuk artike$"artike$ %iomedis sejak tahun 45-"an hina kini. 0utipan"kutipan itu dari M!D8>#! dan tam%ahan dari  jurna$"jurna$ sains kehidupan. PuMed menyertakan $ink ke %anyak situs yan menyediakan teks $enkap dari artike$ terse%ut dan sum%er"sum%er yan %erhu%unan. Pu%Med 1entra$ 3PM16 ada$ah tempat arsip diita$ jurna$ %e%as@ratis yan disediakan o$eh >nstitut 0esehatan #asiona$ AS 3#ationa$ >nstitutes o' 9ea$th"#>96 yan menyediakan $iteratur i$miah di %idan %iomedik dan i$mu hayat 3Berke$ey 8i%rary, -6.  #1B> 3#ationa$ 1enter 'or Biotechno$oy >n'ormation6 3=e'Se6 data%ase dapat diakses me$a$ui a$amat 3http:@@www.nc%i.n$m.nih.o<@=e'Se@6 menyediakan ko$eksi non" redundant urutan enom yan mewaki$i data, transkrip dan protein. Meskipun tujuannya ada$ah untuk menyediakan dataset komprehensi' mewaki$i in'ormasi urutan $enkap untuk setiap spesies tertentu, data%ase pramatis termasuk data urutan yan saat ini tersedia untuk umum da$am data%ase arsip. Basis data mena%unkan data dari $e%ih dari ;-- oranisme dan mencakup $e%ih dari satu juta protein yan mewaki$i keraaman taksonomi yan sini'ikan mencakup prokariota, eukariota dan dan 2ene. Seuen dianotasikan untuk masuk daerah  penkodean, domain, n'ormation 3#1B>6 se%aai %aian dari kerjasama internasiona$ denan 8a%oratorium Bio$oi Mo$eku$er  !ropa 3!MB86 , Perpustakaan Data dari !ropa Bioin'ormatics >nstitute 3!B>6 dan D#A Data Bank o' *apan 3DDB*6. 2enBank dan ko$a%orator menerima urutan diproduksi di

/

$a%oratorium di se$uruh dunia dari $e%ih dari --.--- oranisme yan %er%eda. 2enBank  terus tum%uh pada tinkat eksponensia$, dua ka$i $ipat setiap - %u$an. =i$is ;, diproduksi pada %u$an Fe%ruari --, %erisi $e%ih dari 4, mi$iar %asa nuk$eotida di $e%ih dari ,- juta urutan. 2enBank di%anun denan peniriman $ansun dari $a%oratorium indi, --46. Seuen Protein awa$nya dikem%ankan se%aai suatu seuen %er%asis windows editor denan %e%eraa kemamuan ana$isis D#A po$imorpism untuk sin$e en data set. Cersi ter%aru tersedia untuk windows dan $inu dan dapat menanani dataset %esar  denan ri%uan en. ukuran dataset di%atasi o$eh memori dan denan niai maksima$  %it.  proram ini akan diunakan untuk menedit seuen, enananan outut dari suatu seuen, dapat %ekerja ada pencarian %$ast serta untuk ana$isis popu$asi %er%aai en, mendukun dan mem'asi$itasi semua $ankah a$ur kerja sekuensin 3Fi$ato<, --46.

BAB III

+

METODE KER-A

60%

Ala# dan Bahan

A$at yan diunakan pada praktikum ini ada$ah seperankat $enkap komputer denan assesorisnya dan koneksi internet. Sedankan %ahan yan diunakan ada$ah en tertentu dari manusia se%aai %ahan pem%e$ajaran.

60' P!)sedu!Ke!2a

. Mencari skuens D#A, asam amino, struktur protein dan domain 'unsiona$

Dmk $iai%ksup$kianadkns pit$ruaosmtewainpsruweon.pttueirknt mye anmmtrepeas.kowrraon$.edhkniecm,a rued.nika%enamn uk d, i#an1 kB $>ik skc$irko $in ke p%raowteaihn, >aDk e m u nd ci aun$ kta$mikp i$akn 1e nDtre ?S eanrh ,=ke$isnuk t$uin ktup a th w a y s u n tu k m e n  e ta h u i kpSin$re'ioAkoture%mianacysieia nC$ s%eediwahire$ncrah,ni).jnukMta. n>M. $me % inh e$ tanhju ti deonmt a in p'au nh ws iaoynsa $ ro te in 4

. Mencari struktur sekunder suatu protein

p%$ a i u$ ki uh ak sias an $t aup h se Pnsaw Dc wta uB rw i daS. apn  r di M eh . noa dsr ia $ n mp pe a nrsuoc ta e r aii nan n , m a k a a k a n m u n c u $ pswy twra u onw k t. e wui i%nrn i ky. iua n nac rd. tuie ick n a@ ert riih n ,do pard rnii $cti asho run isa$a" t u p r o t e i n sr<@data%ase@d%sum. . Mencari tranduksi sinya$ terkait denan protein

%k $u i k a 2p sa )i t hu, wsh a sy is $ st ae ma r pc ih $ ea rn , am k a sn u km a e n nu an mj u ak a n % e % e r a p a t r a n d u k s i p i $ i h t a n d a 3 9 6 hpu tnr to put e:k i@ n@m c y e a$ nip h . an tac ikt r. a n i hd .ui c k oa s
-

BAB I, /ASIL PENGAMATAN

Tampi$an situs www.enename.or untuk mencari protein yan diininkan

%asil yang ditampilkan dari pen#arian protein yang diinginkan. /alu memilih protein yang diinginkan, misal A".



Menk$ik %aian protein yan dicari misa$ &entre? en( yan %er'unsi untuk menetahui in'ormasi menenai en.



Tampi$an entre? ene yan dihasi$kan. 8a$u menk$ik $ink protein pada re$ated in'ormation untuk mempero$eh in'ormasi $e%ih $anjut menenai sekuens protein tertentu.



Di scro$$ ke %awah. 0emudian menk$ik sa$ah satu $ink pathways untuk menetahui pathways suatu protein. >ni merupakan tampi$an pathway dari sa$ah satu protein

;

Tampi$an en %ank 

5

7

/

Menandai daerah start kodon dan stop kodon

+

Menk$ik $ink protein >D, se$anjutnya k$ik $ink 1DD searh resu$t untuk  meneetahui domain 'unsiona$ protein. 4

9asi$ k$ik 1DD Search =esu$t untuk me$ihat domain 'unsiona$ dari protein taret, tampi$annya ada$ah se%aai %erikut, se$anjutnya k$ik pada anak panah 3super 'ami$y6

-

9asi$ tampi$an super 'ami$y. Banyak $ink yan dapat dik$ik untuk mempero$eh in'ormasi $e%ih $anjut

Menk$ik #1B> seuence


Tampi$an #1B> Seuence
Menk$ik )M>M



Tampi$an )M>M

Mencari struktur sekunder suatu protein denan mem%uka situs pd% di www. Pd%. )r $a$u memasukkan protein yan inin dicari



Memi$ih sa$ah satu hasi$ pencarian denan cara menk$ik $ink terse%ut

Dipero$eh struktur kuarterner suatu protein

;

Mem%uka situs PDB sum di www. !%i. Ac. k@thorton"sr<@data%ases@pd%sum 8a$u me$akukan search protein yan inin dicari, pi$ih Sa$ah satu kode akses yan te$ah dipero$eh se%e$umnya pada PDB.

5

9asi$ tampi$an 'ind pada pd%sum

Menk$ik protein chain untuk mempero$eh struktur sekunder. 9asi$nya dapat menetahui moti' dari suatu protein.

7

Mencari transduksi sinya$ terkait denan protein tertentu denan mem%uka situs http:@@cap.nci.nih.o<@pathways

Menk$ik pathway searcher, masukkan nama protein yan akan dicari  pathwaynya 3protein uery6 pada ko$om key%oard.

/

9asi$ tampi$an pathway searcher, k$ik 2o

Memi$ih 9 39uman6 untuk me$ihat transduksi sinya$ di manusia +

Tampi$an transduksi sinya$ di manusia

Pathway yan %erkaitan denan protein terse%ut dapat dije$askan denan me$ihat keteraan pada $eend

4

BAB , PEMBA/ASAN

&0%

Des"!i*si P!)#ein AR 

=eseptor androen 3 A= 6, jua dikena$ se%aai #=1; 3 su%'ami$i reseptor  nuk$ir , ke$ompok 1, anota ;6, ada$ah sejenis reseptor nuk$ir yan diakti'kan denan menikat hormon androenik , testosteron , atau dihidrotestosteron Di sitop$asma dan kemudian trans$okasi ke da$am nuk$eus. =eseptor androen pa$in erat kaitannya denan reseptor proesteron , dan proestin da$am dosis tini dapat menham%at reseptor androen. Funsi utama reseptor androen ada$ah se%aai 'aktor transkripsi menikat D#A yan menatur ekspresi en. #amun, reseptor androen memi$iki 'unsi $ain jua.2en androen yan diatur sanat  pentin untuk penem%anan dan peme$iharaan 'enotip seksua$ pria. 2en reseptor androen $e%ih dari 4- k% panjan dan kode untuk protein yan memi$iki  domain 'unsiona$ utama: #"termina$ domain, domain D#A" menikat, dan domain androen"%indin. Funsi protein se%aai steroid"hormon diakti'kan 'aktor transkripsi. Sete$ah menikat $ian hormon, reseptor %erdisosiasi dari protein aksesori, trans$ocates ke inti, dimeri?es, dan kemudian menstimu$asi transkripsi en responsi' androen. 2en ini menandun  semen trinuc$eotide -

u$ani po$imor'ik yan menyandi Po$y$utamine dan po$y$ycine traktat di #" termina$ domain transactiS6. 9asi$ sp$icin a$ternati' di %e%erapa transkrip
Berikut merupakan sekuen protein dari protein A= 3androen reseptor6:

Sekuen



Ta%e$ sim%o$ asam amino

Ta%e$ diatas diunakan untuk mem%aca sekuen protein. Dimana sekuen protein menunjukan sym%o$ protein denan satu huru'. &0'0' Se"uen Gen

Sekuensin D#A atau penurutan D#A ada$ah proses atau teknik   penentuan urutan %asa nuk$eotida pada suatu mo$eku$ D#A. rutan terse%ut dise%ut denan sekuens D#A yan merupakan in'ormasi pa$in mendasar suat en atau enom karena menandun instruksi yan di%utuhkan untuk   pem%entukan tu%uh makh$uk hidup. Sekuensin D#A dapat diman'aatkan untuk  menentukan identitas maupun 'unsi en atau 'ramen D#A $ainnya denan cara mem%andinkan sekuensnya denan sekuens D#A $ain yan sudah diketahui.



Sekuens D#A atau sekuens enetika ada$ah se%uah seri huru'"huru' yan mewaki$kan struktur primer dari mo$eku$ D#A. 9uru' yan diunakan ada$ah A, 1, 2, dan T, mewaki$i empat nuk$eotida yan merupakan su% unit dari untai D#A 3adenin, sitosin, uanin dan timin6.

Start 0odon

1DS

Sto 0odon 

&06

S#!u"#u! Gen dan P!)#ein &060% S#!u"#u! "ua!#ene!

Struktur kuarterner merupakan am%aran dari penaturan su%"unit atau  promoter protein da$am ruan. Struktur ini memi$iki dua atau $e%ih dari su%"unit  protein denan struktur tersier yan akan mem%entuk protein komp$eks yan 'unsiona$. ikatan yan %erperan da$am struktur ini ada$ah ikatan nonko
&060'

S#!u"#u! se"unde!

Struktur sekunder merupakan kom%inasi antara struktur primer yan $inear dista%i$kan o$eh ikatan hidroen antara uus H1) dan H#9 di sepanjan tu$an %e$akan po$ipeptida. Sa$ah satu contoh struktur sekunder ada$ah I"he$iks dan J"p$eated. Struktur ini memi$iki semen"semen da$am po$ipeptida yan ter$i$it atau ter$ipat secara %eru$an. 31amp%e$$ et al ., --4G 1onn, --+6. Struktur I"he$iks ter%entuk antara masin"masin atom oksien kar%oni$  pada suatu ikatan peptida denan hidroen yan me$ekat ke uus amida pada suatu ikatan peptida empat residu asam amino di sepanjan rantai po$ipeptida 3Murray et al , --46. Pada struktur sekunder J"p$eated ter%entuk me$a$ui ikatan hidroen antara daerah $inear rantai po$ipeptida. J"p$eated ditemukan dua macam  %entuk, yakni antiparare$ dan parare$. 0eduanya %er%eda da$am ha$ po$a ikatan

;

hidroennya. Pada %entuk kon'ormasi antiparare$ memi$iki kon'ormasi ikatan se%esar / K, sementara kon'ormasi pada %entuk parare$ $e%ih pendek yaitu 7,5 K 38ehniner et al , --;6. *ika ikatan hidroen ini dapat ter%entuk antara dua rantai  po$ipeptida yan terpisah atau antara dua daerah pada se%uah rantai tuna$ yan me$ipat sendiri yan me$i%atkan empat struktur asam amino, maka dikena$ denan isti$ah J turn 3Murray et al , --46.

Gam5a! . Struktur sekunder J"p$eated 31amp%e$$ et al ., --46.

2am%ar. Struktur sekunder I" he$iks 3Murray et al , --46.

5

Berikut ini merupakan tampilan bentuk sekunder dari protein 0%A.

5.4 Motif Protein

!otif merupakan karakteristik struktural, yaitu pengaturan tertentu asam amino

atau struktur sekunder

yang dapat

ditemukan di protein atau lain $tidak harus e1olusioner terkait*. !otif tidak dapat digunakan untuk memprediksi fungsi biologis. 2ntuk protein 0%A sendiri memiliki 3 motif yaitu beta turn dan beta hairpin. Beta turn ditetapkan untuk 4 residu berturut-turut $dilambangkan dengan i, i 5', i 53 dan i 56* jika jarak antara atom 7alpha pada residu i 56 kurang dari )A jika pusat dua residu tidak heliks $/ewis et al, '()6*.

7

&0& D)main P!)#ein

Domain merupakan suatu unit dari protein yan independent secara struktura$ yan memi$iki karakteristik %erupa protein $o%u$ar keci$. Diamana domain %ertanun jaawa% untuk 'unsi @ interaksi tertentu dan %erkontri%usi terhadap peran kese$uruhan protein. 2en Bank Data%ase dapat diman'aatkan untuk me$acak ke%eradaan moti' dan domain terse%ut. Dari data%ase terse%ut dapat diketahui protein yan %er%eda yan memi$iki moti' dan domain yan sama, dan mereka dio$onkan da$am satu FAM>8Y. Berikut ini merupakan tampi$aan domain pada protein 529A:

/

&0 N;BI Se"uen ,ie
+

2am%ar di atas merupakan tampi$an dari #1B> seuence
&0. Fun1si dan Me"anisme Ke!2a 7-alu! Si1nallin19 &G/A

4

&0.0' Me"anisme "e!2a 72alu! si1nalin1 9 AR

2am%ar tampi$an pathway dari www.nc%i.or

;-

2am%ar tampi$an pathway dari http:@@cap.nci.nih.o< ntuk mekanisme pathway atau ja$ur sina$$in dapat di$ihat dari dua situs seperti di atas. #amun ka$i ini akan dije$askan menenai ja$ur sina$in yan  %erasa$ dari situs http:@@cap.nci.nih.o<. Adapun mekanismenya ada$ah se%aai  %erikut: Androen, terutama testosteron dan 5a$pha"dihidrotestosteron 3D9T6 memi$iki peran pentin da$am pertum%uhan dan perkem%anan oran reproduksi  pria. 9ormon"hormon steroid mem%awa 'unsi %io$ois mereka me$a$ui asosiasi mereka denan reseptor androen 3A=6, - 0Da $ian 'aktor transkripsi terantun yan %erada di %awah ke$ompok super'ami$i reseptor nuk$ir. D9T menikat reseptor denan a'initas tini di%andinkan denan testosteron. 2en A= ter$etak di kromosom L di situs L". A= ada$ah protein sitoso$, yan di $ian neara terikat, hadir se%aai komp$eks denan %er%aai protein 9eat shock  terutama 9sp/-, 4- dan 57 serta P. Sete$ah $ian menikat, itu %erdisosiasi dari komp$eks. A= ditemukan untuk diekspresikan da$am sejum$ah jarinan dan se$ termasuk prostat, testis,
;

hati dan sistem sara' pusat. Protein memi$iki empat 'unsiona$ domains" domain termina$ # 3#TD6, D#A menikat domain 3DBD6, daerah ense$ dan 8ian menikat Domain 38BD6. DBD merupakan asam wi$ayah residu 75+ amino yan memi$iki #F moti' yan memunkinkan menikat D#A. Sisa dari domain yan ter$i%at da$am dimerisasi dan $ian menikat. Dua peristiwa 'os'ori$asi diusu$kan untuk memainkan peran yan sanat  pentin da$am aktiS6. Amp$i'ikasi a%norma$ dari en androen serta dereu$asi ekspresi en A= te$ah ter%ukti  %erhu%unan

denan

kanker

prostat.

*a$ur

ini

dapat

diakses

di

Ehttp:@@www.netpath.or@[email protected]$ #etS$im %asis data. *ika menunakan ja$ur ini, harus menutip kertas %erikut: 0andasamy, 0., Mohan, SS, =aju, =., 0eerthikumar, S., 0umar, 2SS, Cenuopa$, A0, Te$ikicher$a, D.,  #a
;

1onstantinescu, S#, )hara, )., 9irano, T., 0u%o, M., Sinh, S., 0hatri, P., Drahici, S., Bader, 2D, Sander, 1., 8eonard, N* dan Pandey, A. 3--6 .  #etpath: Se%uah sum%er daya pu%$ik ja$ur transduksi sinya$ curated. 2enome Bio$oy. : =.

&0= Pena"i# an1 5e!hu5un1an den1an *!)#ein AR

2am%ar di atas merupakan tampi$an dari )M>M. Dimana pada $ink ini kita dapat menetahui penyakit"penyakit yan %erhu%unan denan protein yan dicari. Adapun penyakit yan %erhu%unan denan protein A= antara $ain seperti  %e%erapa jenis sindrom, hepatitis B, kanker prostat dan $ain"$ain.

;

BAB ,I PENUTUP

0% Kesim*ulan

Berdasarkan praktikum yan te$ah di$akukan dipero$eh kesimpu$an se%aai %erikut: . Bioin'ormatika merupakan i$mu terapan yan $ahir dari perkem%anan tekno$oi in'ormasi di%idan mo$eku$ar. Pem%ahasan di%idan  %ioin'ormatik ini tidak ter$epas dari perkem%anan %io$oi mo$eku$ar  modern, sa$ah satunya peninkatan pemahaman manusia da$am %idan enomic yan terdapat da$am mo$eku$ D#A . =eseptor androen 3A=6 merupakan sejenis reseptor nuk$ir yan diakti'kan denan menikat hormon androenik , testosteron , atau dihidrotestosteron di sitop$asma dan kemudian trans$okasi ke da$am nuk$eus. . Adapun penyakit yan %erhu%unan denan protein A= seperti yan sudah ditampi$kan pada hasi$ penamatan )M>M ia$ah antara $ain penyakit hepatitis B, %e%erapa jenis sindrom, kanker prostat dan $ain"$ain.

0' Sa!an

Se%aiknya disediakan koneksi internet yan %aik dan waktu yan ke%ih e'ekti' aar %isa mendapatkan hasi$ yan $e%ih maksima$. Sehina mahasiswa mampu memahami $ankah"$ankah ana$isis %ioin'ormatika dan menap$ikasikannya D#A.

;;